Merge branch 'master' into 1.04.26

src/ecoparasite/input/DataParsing.java

@@ -9,7 +9,21 @@ import java.util.HashSet;
  */
 public interface DataParsing {
 
-    public static HashSet<Poisson> parse(RawData data) throws RawDataOverflow {
+    /**
+     * Permet de parser un élément à partir d'un objet RawData.
+     * @param data l'objet RawData
+     * @param parseTypeId Permet d'indiquer le type de Parsing que l'on veut.
+     * @return Un HashSet de données T retourné.
+     * @param <T> Notre paramètre générique adaptable à plusieurs classes.
+     * @throws RawDataOverflow Si on dépasse la taille de l'objet RawData.
+     * @throws InvalidParsingException Si le type de parsing n'existe pas.
+     */
+    public static <T> HashSet<T> parse(RawData data, int parseTypeId ) throws RawDataOverflow, InvalidParsingException {
         return null;
     }
+
+    public static <T> HashSet<T> parse(RawData data) throws RawDataOverflow, InvalidParsingException {
+        return null;
+    }
+
 }

src/ecoparasite/input/InvalidParsingException.java

@@ -0,0 +1,37 @@
+package ecoparasite.input;
+
+/**
+ * Gère une exception lorsque qu'un type de parsing n'existe pas ou bien
+ * qu'une erreur est survenue durant le parsing d'une donnée.
+ */
+public class InvalidParsingException extends Exception {
+
+    /**
+     * L'ID du parsing voulant être réalisé.
+     */
+    private int parsingId;
+
+    /**
+     * De quel classe provient ce parsing.
+     */
+    private String parsingSource;
+
+    /**
+     * Constructeur.
+     * @param parsingId ID du parsing
+     * @param parsingSource La classe d'où provient ce parsing.
+     */
+    public InvalidParsingException(int parsingId, String parsingSource) {
+        this.parsingId = parsingId;
+        this.parsingSource = parsingSource;
+        super();
+    }
+
+    public int getParsingId() {
+        return parsingId;
+    }
+    public String getParsingSource() {
+        return parsingSource;
+    }
+
+}

src/ecoparasite/input/RawData.java

@@ -99,7 +99,7 @@ public class RawData {
      * Permet d'obtenir tous les champs d'une entrée.
      * @param index Entrée que vous voulez obtenir, le minimum est l'entrée 1. Le maximum dépend du Dataframe.
      * @return Une HashMap <colonne, valeur>.
-     * @throws RawDataOverflow Si vous avez dépasses le maximum d'entrées du DataFrame.
+     * @throws RawDataOverflow Si vous avez dépassé le maximum d'entrées du DataFrame.
      */
     public HashMap<String,String> getEntry(int index) throws RawDataOverflow {
 

src/ecoparasite/poisson/Mackerel.java

@@ -1,6 +1,7 @@
 package ecoparasite.poisson;
 
 import ecoparasite.input.DataParsing;
+import ecoparasite.input.InvalidParsingException;
 import ecoparasite.input.RawData;
 import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
 
@@ -24,10 +25,25 @@ public class Mackerel extends Poisson implements DataParsing {
         super(id, length, null, infestation);
     }
 
+    /**
+     * Implémentation de la fonction parse de DataParsing.
+     * Renvoie un tableau de poissons à partir d'un RawData.
+     *
+     * @param data Notre RawData
+     * @param parseTypeId L'ID du type de parsing, ignoré ici.
+     * @return Le tableau de poissons.
+     * @throws RawDataOverflow Si on a un dépassement de données dans notre RawData.
+     * @throws InvalidParsingException
+     */
+    public static HashSet<Poisson> parse(RawData data, int parseTypeId) throws RawDataOverflow, InvalidParsingException {
+        return Mackerel.parse(data);
+    }
+
     /**
      * Implémentation de la fonction parse de Dataparsing
-     * @param data
+     * @param data Notre RawData.
      * @return tableau des poissons
+     * @throws RawDataOverflow Si on a un dépassement de données dans notre RawDataOverflow.
      */
     public static HashSet<Poisson> parse(RawData data) throws RawDataOverflow {
 
@@ -39,11 +55,27 @@ public class Mackerel extends Poisson implements DataParsing {
         for (int i = 0; i < data.getData().getFirst().size(); i++) {
             temp = data.getEntry(i);
             Poisson newP = new Mackerel(temp.get("Sample_code"),valueOf(temp.get("StandardLength")),valueOf(temp.get("NParasitesViscera")));
-
+            newP.setFishParts( Mackerel.parsePartiePoisson(temp) );
             fishSet.add(newP);
         }
 
 
         return fishSet;
     }
+
+    private static HashSet<PartiePoisson> parsePartiePoisson(HashMap<String,String> entry){
+
+        HashSet<PartiePoisson> response = new HashSet<>();
+
+        for( String k: entry.keySet() ){
+            if( k.contains( "Anisakis_" ) ){
+                String bodyPart = k.split( "Anisakis_" )[1];
+                Double value = valueOf(entry.get(k));
+                PartiePoisson p = new PartiePoisson(bodyPart, value);
+                response.add(p);
+            }
+        }
+
+        return response;
+    }
 }

src/ecoparasite/poisson/Merlu.java

@@ -1,6 +1,7 @@
 package ecoparasite.poisson;
 
 import ecoparasite.input.DataParsing;
+import ecoparasite.input.InvalidParsingException;
 import ecoparasite.input.RawData;
 import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
 
@@ -24,10 +25,24 @@ public class Merlu extends Poisson implements DataParsing {
         super(id, length, null, infestation);
     }
 
+    /**
+     * Implémentation de la fonction parse de DataParsing.
+     * Renvoie un tableau de poissons à partir d'un RawData.
+     *
+     * @param data Notre RawData
+     * @param parseTypeId L'ID du type de parsing, ignoré ici.
+     * @return Le tableau de poissons.
+     * @throws RawDataOverflow Si on a un dépassement de données dans notre RawData.
+     */
+    public static HashSet<Poisson> parse(RawData data, int parseTypeId) throws RawDataOverflow, InvalidParsingException {
+        return Mackerel.parse(data);
+    }
+
     /**
      * Implémentation de la fonction parse de Dataparsing
-     * @param data
+     * @param data Notre RawData
      * @return tableau des poissons
+     * @throws RawDataOverflow Si on a un dépassement des données de notre objet RawData.
      */
     public static HashSet<Poisson> parse(RawData data) throws RawDataOverflow {
 

src/ecoparasite/poisson/PartiePoisson.java

@@ -1,4 +1,61 @@
 package ecoparasite.poisson;
 
-public abstract class PartiePoisson {
+/**
+ * Permet d'illustrer une partie d'un poisson.
+ */
+public class PartiePoisson {
+
+    /**
+     * Nom de la partie du poisson.
+     */
+    private String name;
+
+    /**
+     * Le taux d'infestation de cette partie du poisson.
+     */
+    private Double infestation;
+
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Génère une partie complète.
+     *
+     * @param name Le nom de la partie.
+     * @param infestation Le taux d'infestation de la partie du poisson.
+     */
+    public PartiePoisson(String name, Double infestation) {
+        this.name = name;
+        this.infestation = infestation;
+    }
+
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Génère une infestation de null comme non communiqué.
+     *
+     * @param name Le nom de la partie.
+     */
+    public PartiePoisson(String name){
+        this.name = name;
+        this.infestation = null;
+    }
+
+    /*
+        GETTERS / SETTERS
+     */
+
+    public String getName() {
+        return name;
+    }
+
+    public void setName(String name) {
+        this.name = name;
+    }
+
+    public Double getInfestation() {
+        return infestation;
+    }
+
+    public void setInfestation(Double infestation) {
+        this.infestation = infestation;
+    }
+
 }

src/ecoparasite/poisson/Poisson.java

@@ -61,6 +61,22 @@ public class Poisson{
         return infestation;
     }
 
+    /**
+     * Getter de l'attribut des parties de poisson.
+     * @return Le HashSet des parties de poisson.
+     */
+    public HashSet<PartiePoisson> getFishParts() {
+        return fishParts;
+    }
+
+    /**
+     * Setter de l'attribut des parties de poisson.
+     * @param fishParts Un hashset de parties de poisson.
+     */
+    public void setFishParts(HashSet<PartiePoisson> fishParts) {
+        this.fishParts = fishParts;
+    }
+
     /**
      * Permet d'afficher les informations de notre poisson
      * @return La string contenant les informations

src/ecoparasite/population/Population.java

@@ -1,50 +1,118 @@
-    package ecoparasite.population;
+package ecoparasite.population;
 
-    import java.util.HashMap;
-    import java.util.HashSet;
+import ecoparasite.input.DataParsing;
+import ecoparasite.input.InvalidParsingException;
+import ecoparasite.input.RawData;
+import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
 
-    public class Population {
+import java.util.HashMap;
+import java.util.HashSet;
 
-        private String id;
-        private PopulationArgs total;
-        private HashMap<Integer,PopulationArgs> perYear;
+/**
+ * Permet de gérer une population selon les années.
+ */
+public class Population implements DataParsing {
 
-        public Population(String id, PopulationArgs total, HashMap<Integer,PopulationArgs> perYear) {
-            this.id = id;
-            this.total = total;
-            this.perYear = perYear;
-        }
+    /**
+     * Espèce de la population.
+     */
+    private String id;
 
-        public Population(String id, PopulationArgs total) {
-            this.id = id;
-            this.total = total;
-            this.perYear = new HashMap<>();
-        }
+    /**
+     * Les informations de la population sur le total.
+     */
+    private PopulationArgs total;
 
-        public Population(String id) {
-            this.id = id;
-            this.total = null;
-            this.perYear = new HashMap<>();
-        }
-
-        public String getId() {
-            return id;
-        }
-
-        public PopulationArgs getTotal() {
-            return total;
-        }
-
-        public HashMap<Integer,PopulationArgs> getPerYear() {
-            return perYear;
-        }
-
-        public void setTotal(PopulationArgs total) {
-            this.total = total;
-        }
-
-        public void setPerYear(HashMap<Integer,PopulationArgs> perYear) {
-            this.perYear = perYear;
-        }
+    /**
+     * Les informations de la population par année.
+     * Clé : Année, Valeur : Informations de la population.
+     */
+    private HashMap<Integer,PopulationArgs> perYear;
 
+    /**
+     * Constructeur.
+     * @param id Espèce
+     * @param total Les informations totales.
+     * @param perYear  Les informations par année.
+     */
+    public Population(String id, PopulationArgs total, HashMap<Integer,PopulationArgs> perYear) {
+        this.id = id;
+        this.total = total;
+        this.perYear = perYear;
     }
+
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Pour les informations par année, crée une HashMap vide. Devra être rempli après coup.
+     * @param id Espèce de la population.
+     * @param total Les informations totales.
+     */
+    public Population(String id, PopulationArgs total) {
+        this.id = id;
+        this.total = total;
+        this.perYear = new HashMap<>();
+    }
+
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Pour les informations du total, sont remplacés par null.
+     * Pour les informations par année, crée une HashMap vide. Devra être rempli après coup.
+     * @param id Espèce de la population.
+     */
+    public Population(String id) {
+        this.id = id;
+        this.total = null;
+        this.perYear = new HashMap<>();
+    }
+
+    /*
+        GETTERS / SETTERS
+     */
+
+    public String getId() {
+        return id;
+    }
+
+    public PopulationArgs getTotal() {
+        return total;
+    }
+
+    public HashMap<Integer,PopulationArgs> getPerYear() {
+        return perYear;
+    }
+
+    public void setTotal(PopulationArgs total) {
+        this.total = total;
+    }
+
+    public void setPerYear(HashMap<Integer,PopulationArgs> perYear) {
+        this.perYear = perYear;
+    }
+
+    /**
+     * Raccourci vers les méthodes de DataParsing.
+     * @param data Notre objet RawData.
+     * @param parseTypeId L'ID de parsing.
+     * @return
+     */
+    public static HashSet<Population> parse(RawData data, int parseTypeId ) throws RawDataOverflow, InvalidParsingException {
+        switch (parseTypeId) {
+            case 1:
+                return PopulationParsing.parseParasitesPeru(data);
+            default:
+                throw new InvalidParsingException(parseTypeId, Population.class.getSimpleName() );
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Raccourci vers les méthodes de DataParsing.
+     * Va par défaut faire ceux des parasites du Perou.
+     *
+     * @param data Notre objet RawData.
+     * @return Notre tableau de populations.
+     */
+    public static  HashSet<Population> parse(RawData data){
+        return PopulationParsing.parseParasitesPeru(data);
+    }
+
+}

src/ecoparasite/population/PopulationArgInterval.java

@@ -1,17 +1,44 @@
 package ecoparasite.population;
 
+/**
+ * Classe qui permet de gérer un intervalle de données issues d'un CSV.
+ *
+ * Trois données : minimum, maximum et moyenne entre minimum et maximum.
+ */
 public class PopulationArgInterval {
 
+    /**
+     * Valeur minimale.
+     */
     private Double min;
+
+    /**
+     * Valeur maximale.
+     */
     private Double max;
 
+    /**
+     * Moyenne entre la valeur minimale et maximale.
+     */
     private Double mean;
 
+    /**
+     * Constructeur. La moyenne doit être précisée.
+     * @param min Valeur minimale
+     * @param max Valeur maximale
+     * @param mean Moyenne
+     */
     public PopulationArgInterval(Double min, Double max, Double mean) {
         this.min = min;
         this.max = max;
         this.mean = mean;
     }
+
+    /**
+     * Constructeur. La moyenne est calculé automatiquement.
+     * @param min Valeur minimale
+     * @param max Valeur maximale.
+     */
     public PopulationArgInterval(Double min, Double max) {
         this.min = min;
         this.max = max;
@@ -28,12 +55,26 @@ public class PopulationArgInterval {
         return this.mean;
     }
 
+    /**
+     * Permet de transformer un intervalle en double.
+     * Si le minimum est égal au maximum, cette valeur est retourné.
+     * Sinon la moyenne est retourné.
+     *
+     * @return La valeur transformée en Double.
+     */
     public Double transformToDouble(){
         if( this.min == this.max )
             return this.min;
         return this.mean;
     }
 
+    /**
+     * Permet de transformer une String (Extraite d'un fichier CSV) et de la transformer en Intervalle.
+     * Gère les séparateurs +/- ainsi que l'entre deux. Sinon, elle sera juste convertie avec minimum = maximum.
+     *
+     * @param rawValue La valeur brute.
+     * @return La valeur en tant qu'intervalle.
+     */
     public static PopulationArgInterval fromString( String rawValue ){
 
         if( rawValue.contains( "±" ) ){ // Plus ou moins.

src/ecoparasite/population/PopulationArgs.java

@@ -1,9 +1,19 @@
 package ecoparasite.population;
 
+/**
+ * Permet de stocker les paramètres d'une population pour une année spécifique.
+ * Par convention, si on est sur le total, on mettra comme année 0.
+ */
 public class PopulationArgs {
 
+    /**
+     * Année de référence pour ces paramètres.
+     */
     private int year;
 
+    /**
+     * Le nombre d'individus analysés.
+     */
     private int number;
     private PopulationArgInterval length;
     private PopulationArgInterval width;
@@ -12,6 +22,19 @@ public class PopulationArgs {
     private Double intensity;
     private Double abondance;
 
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Toutes les données peuvent être préremplis dans ce constructeur sauf l'année.
+     * L'année sera par défaut à zéro.
+     *
+     * @param N
+     * @param length
+     * @param width
+     * @param prevalence
+     * @param ic
+     * @param intensity
+     * @param abondance
+     */
     public PopulationArgs(
             int N,
             PopulationArgInterval length,
@@ -31,6 +54,19 @@ public class PopulationArgs {
         this.abondance = abondance;
     }
 
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Toutes les données ainsi que l'année peuvent être préremplis.
+     *
+     * @param year
+     * @param N
+     * @param length
+     * @param width
+     * @param prevalence
+     * @param ic
+     * @param intensity
+     * @param abondance
+     */
     public PopulationArgs(
             int year,
             int N,
@@ -51,16 +87,30 @@ public class PopulationArgs {
         this.abondance = abondance;
     }
 
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Permet de remplir tout d'abord l'année, les autres paramètres seront remplis par les setters.
+     *
+     * @param year
+     */
     public PopulationArgs(
             int year
     ){
         this.year = year;
     }
 
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Initialise l'objet avec une année par défaut (0).
+     */
     public PopulationArgs(){
         this.year = 0;
     }
 
+    /*
+      GETTERS / SETTERS
+     */
+
     public int getYear() {
         return year;
     }

src/ecoparasite/population/PopulationParsing.java

@@ -6,9 +6,18 @@ import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
 import java.util.HashMap;
 import java.util.HashSet;
 
+/**
+ * Permet de parser une population spécifique via les schémas fournis.
+ */
 public class PopulationParsing {
 
-    public static HashMap<String,Population> parseParasitesPeru(RawData peruRawData ){
+    /**
+     * Permet, à partir d'un objet RawData, de parse les données tel que le fichier parasitesPeru est structuré.
+     *
+     * @param peruRawData
+     * @return Une liste des populations incluses.
+     */
+    public static HashSet<Population> parseParasitesPeru(RawData peruRawData ){
 
         HashMap<String,Population> response = new HashMap<>();
 
@@ -19,9 +28,9 @@ public class PopulationParsing {
                 HashMap<String,String> fields = peruRawData.getEntry(index);
 
                 String espece = fields.get("Espèce");
-                System.out.println(espece);
                 String parametre = fields.get("Paramètre");
 
+                // Récupère la population si elle existe déjà.
                 Population population = null;
                 if( response.containsKey( espece ) ){
                     population = response.get(espece);
@@ -59,13 +68,20 @@ public class PopulationParsing {
                 response.put( espece, population );
                 index++;
             }
-        } catch (RawDataOverflow e){
+        } catch (RawDataOverflow e){ // Débordement, on a atteint la fin de l'objet RawData.
             // Stop.
         }
 
-        return response;
+        return new HashSet<Population>( response.values() );
     }
 
+    /**
+     * Permet d'appliquer la valeur au paramètre respectif en se basant sur le nom de la colonne.
+     *
+     * @param populationArgs Les paramètres de la population actuelle.
+     * @param column Le nom de la colonne dans le fichier CSV
+     * @param value La valeur a affecter
+     */
     private static void applyValueForParasitesPeru( PopulationArgs populationArgs, String column, String value ){
         switch( column ){
             case "N":