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5ebe7d0449 Merge remote-tracking branch 'origin/27.04.26-2' into 27.04.26-2 2026-04-29 10:07:11 +02:00
577a8652ec Update UML + Update Comments 2026-04-29 10:07:05 +02:00
d227208578 Merge branch 'master' into 27.04.26-2 2026-04-29 07:23:59 +00:00
9c006f94fb Merge remote-tracking branch 'origin/27.04.26-2' into 27.04.26-2 2026-04-29 09:23:25 +02:00
d0a5315ca2 Fix Nettoyage longueur 2026-04-29 09:23:17 +02:00
7b3e3f8829 Merge pull request 'Tracé des points et de la regression' (#16) from 27.04.26-2 into master
Reviewed-on: #16
2026-04-27 13:19:34 +00:00
3fd7ef15b4 Merge branch 'master' into 27.04.26-2 2026-04-27 13:19:27 +00:00
1b9efaa239 Tracé des points et de la regression 2026-04-27 15:18:30 +02:00
96cdac60eb Merge pull request 'Tracé des axes' (#15) from 27.04.26-2 into master
Reviewed-on: #15
2026-04-27 10:57:03 +00:00
82901f623b Tracé des axes 2026-04-27 12:56:24 +02:00
8ac87e9edb Merge pull request '08.04.26-midAfternoon' (#14) from 08.04.26-midAfternoon into master
Reviewed-on: #14
2026-04-27 09:36:24 +00:00
e48826b765 Merge branch 'master' into 08.04.26-midAfternoon 2026-04-27 09:36:17 +00:00
7800a92dae Supprimer src/ecoparasite/LectureEval.java 2026-04-27 09:36:09 +00:00
90ebe64393 JavaDoc et Gradation des axes Dones 2026-04-22 11:17:31 +02:00
35274a963b JavaDoc 2026-04-22 11:05:14 +02:00
7305393f6c JavaDoc 2026-04-20 16:39:00 +02:00
c13bb289ed JavaDoc 2026-04-08 16:00:42 +02:00
c9dbe7dc3b Merge pull request 'Fix dumb nettoyage' (#13) from Ben8AvrilAM into master
Reviewed-on: #13
2026-04-08 13:27:09 +00:00
a56c59456b Fix dumb nettoyage 2026-04-08 15:25:40 +02:00
c8ee9b0a37 Merge pull request 'Ben8Avril' (#12) from Ben8Avril into master
Reviewed-on: #12
2026-04-08 12:48:21 +00:00
dc2ea03224 Merge branch 'master' into Ben8Avril 2026-04-08 12:48:14 +00:00
519ce77813 Merge remote-tracking branch 'origin/Ben8Avril' into Ben8Avril 2026-04-08 14:47:46 +02:00
110784a530 Begin SVG. 2026-04-08 14:47:42 +02:00
21 changed files with 1280 additions and 145 deletions

View File

@@ -3,6 +3,7 @@
namespace ecoparasite {
class Application {
+ {static} main
}
namespace ecoparasite.input {
@@ -119,34 +120,109 @@ namespace ecoparasite {
namespace ecoparasite.completion {
class Completion {
+ {static} completeColumnsMoyenne
+ {static} completeColumnsLinear
+ {static} completeColumnsMoyenne()
+ {static} completeColumnsLinear()
}
}
namespace ecoparasite.nettoyage {
class Nettoyage {
+ {static} nettoieColumnsMoyenne
+ {static} nettoieColumnsLinear
+ {static} nettoieColumns()
}
}
namespace ecoparasite.unknown {
note top of ecoparasite.unknown : Ce paquet est temporaire pour des classes / interfaces qui devront avoir plus de déclinaisons.
class DataCleaner {
+ DataCleaner()
+ String toString()
namespace ecoparasite.representation {
class ValeursXY {
- double x
- double y
+ {static} HashSet<ValeursXY> convertToXY()
}
}
interface DataCompletion {
+ void exception()
namespace ecoparasite.svg {
class SVGFactory {
+ {static} createSVG()
+ {static} createSVGCode()
+ {static} createFile()
}
class Coordonnees {
- double x
- double y
}
class SVGResizing {
- double minX
- double maxX
- double minY
- double maxY
+ resize()
}
class SVGBuilder {
- ArrayList<Double> pointsX
- ArrayList<Double> pointsY
- double minPointsX
- double minPointsY
- double maxPointsX
- double maxPointsY
+ SVGBuilder()
+ getResizer()
+ buildAll()
+ buildAxes()
+ buildXTicks()
+ buildYTicks()
+ buildPoints()
+ buildRegression()
- getBeginAxeX()
- getBeginAxeY()
+ {static} calcPointsAxes()
+ {static} niceStep()
+ {static} roundMin()
+ {static} roundMax()
}
exception IncorrectAxesPointsException {
}
SVGBuilder o--> SVGResizing : - resizer
}
namespace ecoparasite.svg.elements {
class ElementsFactory {
+ {static} SVGAxes()
}
abstract class Element {
+ {abstract} toSVG()
}
Element o--> ecoparasite.svg.Coordonnees : # coordonnees
class Circle extends Element {
- int rayon
- String color
}
class Line extends Element {
- int lineWidth
- String color
}
class Text extends Element {
- String text
- String color
- int size
}
Line o--> ecoparasite.svg.Coordonnees : # coordonneesB
}
}
Exception <|-- InputFileException
Exception <|-- RawDataOverflow
Exception <|-- IncorrectAxesPointsException
@enduml

View File

@@ -1,7 +1,70 @@
package ecoparasite;
import ecoparasite.completion.Completion;
import ecoparasite.input.InputFactory;
import ecoparasite.input.InputFileException;
import ecoparasite.input.RawData;
import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
import ecoparasite.nettoyage.Nettoyage;
import ecoparasite.poisson.MackerelSerra;
import ecoparasite.poisson.Poisson;
import ecoparasite.representation.ValeursXY;
import ecoparasite.svg.IncorrectAxesPointsException;
import ecoparasite.svg.SVGBuilder;
import ecoparasite.svg.SVGFactory;
import ecoparasite.svg.elements.Element;
import java.util.ArrayList;
import java.util.HashMap;
import java.util.HashSet;
import java.util.function.BiConsumer;
import java.util.function.Function;
public class Application {
public static void main(String[] args) {
System.out.println("Hello World");
public static void main(String[] args) throws InputFileException, RawDataOverflow {
RawData rawMackerel = InputFactory.readData("test2.csv", ",");
HashSet<Poisson> mackerelSet = MackerelSerra.parse(rawMackerel);
System.out.println( "Avant nettoyage et complétion" );
System.out.println( mackerelSet );
Function<Poisson,Double> getLength = Poisson::getLength;
Function<Poisson,Double> getInfes = Poisson::getInfestation;
BiConsumer<Poisson,Double> setInfes = Poisson::setInfestation;
mackerelSet = Nettoyage.nettoieColumns( mackerelSet, Poisson::getLength, Poisson::setLength, false );
mackerelSet = Completion.completeColumnsMoyenne( mackerelSet, Poisson::getLength, Poisson::setLength );
System.out.println( "Après Nettoyage et complétion de la longueur du poisson." );
System.out.println( mackerelSet );
mackerelSet = Nettoyage.nettoieColumns( mackerelSet, getInfes, setInfes, false );
mackerelSet = Completion.completeColumnsLinear( mackerelSet, getLength, getInfes, setInfes );
System.out.println( "Après Nettoyage et complétion du taux d'infestation des poissons" );
System.out.println( mackerelSet );
// Conversion des valeurs.
HashSet<ValeursXY> mackerelXY = ValeursXY.convertToXY( mackerelSet, getLength, getInfes );
HashMap<String, ArrayList<Double>> axes = SVGBuilder.calcPointAxes( mackerelXY );
System.out.println( axes );
SVGBuilder axesInstance;
try {
axesInstance = new SVGBuilder(axes);
} catch (IncorrectAxesPointsException e) {
System.out.println( "Mauvais format communiqué" );
return;
}
// Sauvegarde pour plus tard.
double[] ABCoef = Completion.getLinearCoef(mackerelSet, getLength, getInfes);
ArrayList<Element> SVGElements = axesInstance.buildAll( "Length (mm)", "Taux d'infestation", mackerelXY, ABCoef[0], ABCoef[1] );
SVGFactory.createSVG( SVGElements );
}
}

View File

@@ -1,122 +0,0 @@
package ecoparasite;
import ecoparasite.completion.Completion;
import ecoparasite.input.InputFactory;
import ecoparasite.input.InputFileException;
import ecoparasite.input.RawData;
import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
import ecoparasite.nettoyage.Nettoyage;
import ecoparasite.poisson.Poisson;
import ecoparasite.population.Population;
import ecoparasite.population.PopulationArgInterval;
import ecoparasite.population.PopulationArgs;
import java.util.HashMap;
import java.util.HashSet;
import java.util.function.BiConsumer;
import java.util.function.Function;
public class LectureEval {
public static HashSet<Population> parseEval( RawData popRaw ){
HashSet<Population> popEspece = new HashSet<>();
int index = 1;
try {
while(true){
HashMap<String,String> fields = popRaw.getEntry(index);
String espece = fields.get("Espèce");
Population population = new Population(espece);
if( population.getTotal() == null ){
population.setTotal( new PopulationArgs() );
}
for( String k: fields.keySet() ){
if( k.equals("Espèce") )
continue;
LectureEval.applyValueForPopEval( population.getTotal(), k, fields.get(k) );
}
popEspece.add(population);
index++;
}
} catch (RawDataOverflow e) {
// Fin de la liste.
}
return popEspece;
}
public static void applyValueForPopEval( PopulationArgs popArgs, String column, String value ){
if( value == null || value == "" ) // On n'ajoute pas les valeurs nulles.
return;
switch (column){
case "zone":
popArgs.setZone(value);
break;
case "N":
popArgs.setNumber( Integer.parseInt(value) );
break;
case "Prevalence":
popArgs.setPrevalence(PopulationArgInterval.fromString(value));
break;
case "LT mm":
popArgs.setLength(PopulationArgInterval.fromString(value));
break;
case "Masse g":
popArgs.setWidth(PopulationArgInterval.fromString(value));
break;
default:
break;
}
}
public static void main(String[] args) throws RawDataOverflow {
RawData popRaw;
try {
popRaw = InputFactory.readData("test3.csv", "," );
} catch(InputFileException e) {
System.out.println(e.getMessage());
return;
}
HashSet<Population> pop = parseEval(popRaw);
// System.out.println( popRaw.getEntry(1) );
for( Population p: pop){
System.out.println(p);
}
// Complétion de la masse.
Function<Population,Double> getWeight = population -> {
return population.getTotal().getWidth() != null ? population.getTotal().getWidth().transformToDouble() : null;
};
BiConsumer<Population,Double> setWeight = (population, aDouble) -> {
population.getTotal().setWidth(new PopulationArgInterval(aDouble,aDouble));
};
// Complétion de la masse.
pop = Completion.completeColumnsMoyenne(pop, getWeight, setWeight);
System.out.println("---");
for( Population p: pop){
System.out.println(p);
}
// Nettoyage de la masse.
pop = Nettoyage.nettoieColumnsMoyenne(pop, getWeight, setWeight, false);
System.out.println("---");
for( Population p: pop){
System.out.println(p);
}
}
}

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@@ -139,4 +139,25 @@ public class Completion {
return meanY - valueA * meanX;
}
/**
* Permet de retourner les coefficients de la regression linéaire.
* @param list La liste de données de type T.
* @param getX Le Getter des valeurs X.
* @param getY Le Getter des valeurs Y.
* @return Les coefficients a et b, [0] = a, [1] = b
* @param <T> Le type de données cobaye.
* @param <V> Le type de valeurs de retour numérique.
*/
public static <T,V extends Number> double[] getLinearCoef( HashSet<T> list, Function<T,V> getX, Function<T,V> getY ){
double meanX = calculateMean(list, getX);
double meanY = calculateMean(list, getY);
double a = calculateLinearA(list,getX,getY,meanX,meanY);
double b = calculateLinearB(meanX,meanY,a);
return new double[]{a,b};
}
}

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@@ -14,6 +14,43 @@ import java.util.function.Function;
*/
public class Nettoyage {
/**
* Permet de remplacer les valeurs abérrantes d'un paramètre d'un HashSet par null.
* Exemple d'utilisation : T = Poisson, V = Double, getValue = Poisson::getInfestation, setValue = Poisson::setInfestation.
*
* @param list La liste de données cobaye.
* @param getValue La fonction (Getter) qui permet d'obtenir la valeur que l'on veut vérifier
* @param setValue La fonction (Setter) qui permet de remplacer la valeur si null.
* @param allowNegative Savoir si une valeur négative est forcément aberrant.
* @return Le HashSet avec les valeurs remplacés.
* @param <T> Le type de données cobaye. Exemple : Poisson, Population
* @param <V> Le type de la donnée à vérifier, doit être un Wrapper Number. Exemple : Double.
*/
public static <T,V extends Number> HashSet<T> nettoieColumns(HashSet<T> list, Function<T,V> getValue, BiConsumer<T,V> setValue, boolean allowNegative ){
ArrayList<Double> array = new ArrayList<>();
for ( T item : list) {
if (getValue.apply(item)!= null){ //Test des valeurs null pour les Tests Unitaires. Je ne devrais pas en avoir.
array.add(getValue.apply(item).doubleValue());
}
}
Collections.sort(array);
int quartIndex = array.size()/4;
Double firstQuart = array.get(quartIndex);
Double thirdQuart = array.get(quartIndex *3);
Double IQR = thirdQuart - firstQuart;
for(T item : list){
if( getValue.apply(item) == null || getValue.apply(item).doubleValue() < firstQuart - (IQR * 1.5) || getValue.apply(item).doubleValue() > thirdQuart + (IQR * 1.5) || ( !allowNegative && getValue.apply(item).doubleValue() < 0 ) ){
setValue.accept( item, null);
}
}
return list;
}
/**
* Permet de remplacer les valeurs abérrantes d'un paramètre d'un HashSet par la moyenne des autres valeurs (non nulles).
* Exemple d'utilisation : T = Poisson, V = Double, getValue = Poisson::getInfestation, setValue = Poisson::setInfestation.
@@ -26,6 +63,7 @@ public class Nettoyage {
* @param <T> Le type de données cobaye. Exemple : Poisson, Population
* @param <V> Le type de la donnée à vérifier, doit être un Wrapper Number. Exemple : Double.
*/
/*
public static <T,V extends Number> HashSet<T> nettoieColumnsMoyenne(HashSet<T> list, Function<T,V> getValue, BiConsumer<T,V> setValue, boolean allowNegative ){
Double mean = Completion.calculateMean(list, getValue);
@@ -52,6 +90,7 @@ public class Nettoyage {
return list;
}
*/
/**
* Polymorphisme de la fonction précédente. Autorise les valeurs abérrantes à être négative.
@@ -62,10 +101,10 @@ public class Nettoyage {
* @param <T>
* @param <V>
*
* @see Nettoyage::nettoieColumnsMoyenne
* @see Nettoyage::nettoieColumns
*/
public static <T,V extends Number> HashSet<T> nettoieColumnsMoyenne(HashSet<T> list, Function<T,V> getValue, BiConsumer<T,V> setValue){
return nettoieColumnsMoyenne(list, getValue, setValue, true);
public static <T,V extends Number> HashSet<T> nettoieColumns(HashSet<T> list, Function<T,V> getValue, BiConsumer<T,V> setValue){
return nettoieColumns(list, getValue, setValue, true);
}
/**
@@ -81,6 +120,7 @@ public class Nettoyage {
* @param <T> Le type de données cobaye. Exemple : Poisson, Population
* @param <V> Le type de la donnée à vérifier, doit être un Wrapper Number. Exemple : Double.
*/
/*
public static <T,V extends Number> HashSet<T> nettoieColumnsLinear(HashSet<T> list, Function<T,V> getX, Function<T,V> getY, BiConsumer<T,V> setY, boolean allowNegative ){
double meanX = Completion.calculateMean(list, getX);
@@ -112,6 +152,7 @@ public class Nettoyage {
return list;
}
*/
/**
* Polymorphisme de la fonction nettoyage de colonne linéaire avec par défaut, l'autorisation des valeurs négatives.
@@ -123,7 +164,9 @@ public class Nettoyage {
* @param <T>
* @param <V>
*/
/*
public static <T,V extends Number> HashSet<T> nettoieColumnsLinear(HashSet<T> list, Function<T,V> getX, Function<T,V> getY, BiConsumer<T,V> setY){
return nettoieColumnsLinear(list, getX, getY, setY, true);
}
*/
}

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@@ -77,6 +77,13 @@ public class Poisson{
this.infestation = infestation;
}
/**
* Setter de l'attribut length
* @param length le Double de la nouvelle valeur de la length
*/
public void setLength(Double length) {
this.length = length;
}
/**
* Setter de l'attribut des parties de poisson.
@@ -95,4 +102,6 @@ public class Poisson{
String result = "[ %5s : %4f mm, %4f g, %4f taux d'infestation ]";
return String.format(result, this.getClass().getSimpleName(), this.getLength(), this.getWeight(), this.getInfestation() );
}
}

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@@ -181,7 +181,10 @@ public class PopulationArgs {
public void setZone(String zone) { this.zone = zone; }
/**
* Avoir sous forme de string les données de nos arguments de population.
* @return
*/
@Override
public String toString(){
return String.format( "Année: %d, N: %d, Length: %f, Width: %f, Prevalence: %f, IC: %f, Intensity: %f, Abondance: %f, Zone: %s",

View File

@@ -0,0 +1,57 @@
package ecoparasite.representation;
import java.util.HashSet;
import java.util.function.Function;
/**
* Représente un tuple de Valeurs X/Y pour nos données.
* Ce type de données est utilisé lors de la conversion entre nos données et la partie SVG.
*/
public class ValeursXY {
private double x;
private double y;
/**
* Constructeur
* @param x Notre valeur correspondant à l'axe X.
* @param y Notre valeur correspondant à l'axe Y.
*/
public ValeursXY(double x, double y){
this.x = x;
this.y = y;
}
public double getX() {
return x;
}
public void setX(double x) {
this.x = x;
}
public double getY() {
return y;
}
public void setY(double y) {
this.y = y;
}
/**
* Permet de convertir un type de données en valeursXY.
* @param list Notre liste de données de type T.
* @param getX Notre getter pour notre valeur symbolisant X.
* @param getY Notre getter pour notre valeur symbolisant Y.
* @return Un HashSet de valeursXY.
* @param <T> Le type de données qui vont être converties.
* @param <V> Le type de données retournées comme un nombre.
*/
public static <T,V extends Number> HashSet<ValeursXY> convertToXY(HashSet<T> list, Function<T,V> getX, Function<T,V> getY){
HashSet<ValeursXY> xy = new HashSet<ValeursXY>();
for(T item : list){
if(getX.apply(item) != null && getY.apply(item) != null){
xy.add( new ValeursXY(getX.apply(item).doubleValue(), getY.apply(item).doubleValue()));
}
}
return xy;
}
}

View File

@@ -0,0 +1,30 @@
package ecoparasite.svg;
/**
* Classe qui permet de stocker les coordonnées utilisées pour le positionnement sur le fichier SVG.
*/
public class Coordonnees {
private double x;
private double y;
public Coordonnees(double x, double y) {
this.x = x;
this.y = y;
}
public double getX() {
return x;
}
public void setX(double x) {
this.x = x;
}
public double getY() {
return y;
}
public void setY(double y) {
this.y = y;
}
}

View File

@@ -0,0 +1,7 @@
package ecoparasite.svg;
/**
* Exception déclenchée lorsque le format des Axes est incorrect par rapport à ce que la fonction attend.
*/
public class IncorrectAxesPointsException extends Exception{
}

View File

@@ -0,0 +1,396 @@
package ecoparasite.svg;
import ecoparasite.representation.ValeursXY;
import ecoparasite.svg.elements.*;
import java.util.ArrayList;
import java.util.HashMap;
import java.util.HashSet;
/**
* Classe qui permet de construire les éléments présents sur le SVG.
* Axes, Points, Regression, Ticks.
*/
public class SVGBuilder {
final int SIZE_TICK_TEXT = ElementsFactory.AXES_TEXT_SIZE - 3;
private ArrayList<Double> pointsX;
private ArrayList<Double> pointsY;
private Double offsetX;
private Double offsetY;
private SVGResizing resizer;
private Double minPointsX;
private Double minPointsY;
private Double maxPointsX;
private Double maxPointsY;
/**
* Constructeur.
* Initialise les différentes variables tirées de axesPoints.
* @param axesPoints Paramètre tiré de la fonction calcPointsAxes.
* @throws IncorrectAxesPointsException Si le format de axesPoints est incorrect.
*
* @see SVGBuilder::calcPointsAxes
*/
public SVGBuilder(HashMap<String, ArrayList<Double>> axesPoints ) throws IncorrectAxesPointsException {
if( axesPoints.get("AxeX") == null || axesPoints.get("AxeY") == null || axesPoints.get("OffsetX") == null || axesPoints.get("OffsetY") == null ){
throw new IncorrectAxesPointsException();
}
this.pointsX = axesPoints.get("AxeX");
this.pointsY = axesPoints.get("AxeY");
this.offsetX = axesPoints.get("OffsetX").getFirst();
this.offsetY = axesPoints.get("OffsetY").getFirst();
this.minPointsX = this.pointsX.getFirst();
this.minPointsY = this.pointsY.getFirst();
this.maxPointsX = this.pointsX.getLast();
this.maxPointsY = this.pointsY.getLast();
}
public ArrayList<Double> getPointsX() {
return pointsX;
}
public ArrayList<Double> getPointsY() {
return pointsY;
}
public Double getOffsetX() {
return offsetX;
}
public Double getOffsetY() {
return offsetY;
}
/**
* Permet d'obtenir un resizer ou bien le crée s'il n'existe pas déjà.
* @return
*/
public SVGResizing getResizer() {
if( this.resizer == null ){
this.resizer = new SVGResizing( this.minPointsX, this.minPointsY, this.maxPointsX, this.maxPointsY );
}
return resizer;
}
public void setResizer(SVGResizing resizer) {
this.resizer = resizer;
}
/**
* Permet de tout construire d'un seul coup.
* @param XLabel Le nom de l'axe X.
* @param YLabel Le nom de l'axe Y.
* @param points Les points pour le nuage de points.
* @param A Le coefficient A de la regression
* @param B Le coefficient B de la regression
* @return Une liste d'éléments pour la génération du SVG.
*/
public ArrayList<Element> buildAll(String XLabel, String YLabel, HashSet<ValeursXY> points, double A, double B){
ArrayList<Element> elements = new ArrayList<>();
elements.addAll(buildAxes(XLabel, YLabel));
elements.addAll(buildXTicks());
elements.addAll(buildYTicks());
elements.addAll(buildPoints(points));
elements.addAll(buildRegression(A,B));
return elements;
}
/**
* Permet de construire les axes au format SVG.
* @param XLabel Le nom de l'axe X.
* @param YLabel Le nom de l'axe Y.
* @return La liste d'éléments SVG pour les axes.
*/
public ArrayList<Element> buildAxes(String XLabel, String YLabel){
// Offsets/Configuration.
final int OFFSET_TEXT_AXISX_X = -20;
final int OFFSET_TEXT_AXISX_Y = -10;
final int OFFSET_TEXT_AXISY_X = +5;
final int OFFSET_TEXT_AXISY_Y = +10;
ArrayList<Element> elements = new ArrayList<>();
double beginAxeX = getBeginAxeX();
double beginAxeY = getBeginAxeY();
Coordonnees bottom = getResizer().resize( beginAxeX, minPointsY );
Coordonnees top = getResizer().resize( beginAxeX, maxPointsY );
Coordonnees left = getResizer().resize( minPointsX, beginAxeY );
Coordonnees right = getResizer().resize( maxPointsX, beginAxeY );
// Axes
elements.add( new Line( bottom, top, ElementsFactory.COLOR_WHITE, 2 ) );
elements.add( new Line( left, right, ElementsFactory.COLOR_WHITE, 2 ) );
// Labels.
elements.add( new Text(
new Coordonnees( right.getX() + OFFSET_TEXT_AXISX_X, right.getY() + OFFSET_TEXT_AXISX_Y ),
XLabel, ElementsFactory.COLOR_WHITE, ElementsFactory.AXES_TEXT_SIZE
) );
elements.add( new Text(
new Coordonnees( top.getX() + OFFSET_TEXT_AXISY_X, top.getY() + OFFSET_TEXT_AXISY_Y ),
YLabel, ElementsFactory.COLOR_WHITE, ElementsFactory.AXES_TEXT_SIZE
));
return elements;
}
/**
* Permet de construire les batons de l'axe X.
* Utilise this.pointsX
*
* @return La liste d'éléments des points X.
*/
public ArrayList<Element> buildXTicks(){
// Offsets/Configuration.
final int OFFSET_TICK = -5;
final int OFFSET_TEXT_X = -10;
final int OFFSET_TEXT_Y = +15;
ArrayList<Element> elements = new ArrayList<>();
double beginAxeY = getBeginAxeY();
for( Double X : this.pointsX ){
Coordonnees coords = getResizer().resize( X, beginAxeY );
elements.add(new Line(
coords,
new Coordonnees( coords.getX(), coords.getY() + OFFSET_TICK ),
ElementsFactory.COLOR_WHITE, 1
));
elements.add(new Text(
new Coordonnees( coords.getX() + OFFSET_TEXT_X, coords.getY() + OFFSET_TEXT_Y ),
X.toString(),
ElementsFactory.COLOR_WHITE,
SIZE_TICK_TEXT
));
}
return elements;
}
/**
* Permet de construire les batons de l'axe Y.
* Utilise this.pointsY
*
* @return La liste d'éléments des points Y.
*/
public ArrayList<Element> buildYTicks(){
final int OFFSET_TICK = +5;
final int OFFSET_TEXT_X = -35;
final int OFFSET_TEXT_Y = +5;
ArrayList<Element> elements = new ArrayList<>();
double beginAxeX = getBeginAxeX();
for( Double Y : this.pointsY ){
Coordonnees coords = getResizer().resize( beginAxeX, Y );
elements.add(new Line(
new Coordonnees(coords.getX() + OFFSET_TICK, coords.getY() ),
coords,
ElementsFactory.COLOR_WHITE, 1
));
elements.add(new Text(
new Coordonnees( coords.getX() + OFFSET_TEXT_X, coords.getY() + OFFSET_TEXT_Y ),
Y.toString(),
ElementsFactory.COLOR_WHITE,
SIZE_TICK_TEXT
));
}
return elements;
}
/**
* Construire le nuage de points sur le SVG.
* @param points La liste des points.
* @return La liste des éléments pour le nuage de points SVG.
*/
public ArrayList<Element> buildPoints( HashSet<ValeursXY> points ){
ArrayList<Element> elements = new ArrayList<>();
for( ValeursXY point : points ){
Coordonnees coords = getResizer().resize( point.getX(), point.getY() );
elements.add(new Circle(coords,3,ElementsFactory.COLOR_BLUE) );
}
return elements;
}
/**
* Construire la droite de regression linéaire.
* @param A Coefficient a
* @param B Coefficient B
* @return La liste des éléments pour la droite.
*/
public ArrayList<Element> buildRegression( double A, double B ){
ArrayList<Element> elements = new ArrayList<>();
double y1 = A * minPointsX + B;
double y2 = A * maxPointsX + B;
Coordonnees coords1 = getResizer().resize(minPointsX, y1);
Coordonnees coords2 = getResizer().resize(maxPointsX, y2);
elements.add( new Line( coords1, coords2, ElementsFactory.COLOR_RED, 2 ) );
return elements;
}
/**
* Permet de savoir à quel point l'axe X doit débuter.
* @return Le double de début de l'axe X.
*/
private double getBeginAxeX(){
return ( minPointsX > 0 ) ? minPointsX : ( maxPointsX < 0 ? maxPointsX : 0 );
}
/**
* Permet de savoir à quel point l'axe Y doit débuter.
* @return Le double du début de l'axe Y.
*/
private double getBeginAxeY(){
return ( minPointsY > 0 ) ? minPointsY : ( maxPointsY < 0 ? maxPointsY : 0 );
}
/**
* Permet de renvoyer des valeurs "clean" pour l'affichage des axes
* @param h Contient les Coordonnées de chacun des points de nos données
* @return une HashMap de String et de Hashset de Double.
* Avec la String "AxeX", un Hashset de Double contenant les valeurs des gradations de l'axe X
* Avec la String "AxeY", un Hashset de Double contenant les valeurs des gragations de l'axe Y
* Avec la String "OffsetX", un Hashset de Double contenant uniquement la valeur de l'offset des points par rapport à l'axe X
* Avec la String "OffsetY", un Hashset de Double contenant uniquement la valeur de l'offset des points par rapport à l'axe Y
*/
public static HashMap< String ,ArrayList<Double>> calcPointAxes(HashSet<ValeursXY> h){
HashMap< String, ArrayList<Double> > map = new HashMap<>();
//Définition des min et max
double max_x = Double.MIN_VALUE;
double min_x = Double.MAX_VALUE;
double max_y = Double.MIN_VALUE;
double min_y = Double.MAX_VALUE;
//Trouvé les min et max
for (ValeursXY var : h) {
if (max_x < var.getX()){
max_x = var.getX();
}
if (min_x > var.getX()){
min_x = var.getX();
}
if (max_y < var.getY()){
max_y = var.getY();
}
if (min_y > var.getY()){
min_y = var.getY();
}
}
double range_x = max_x-min_x;
double range_y = max_y-min_y;
int target = 10; // Ideal Number of Gradation
double step_x = niceStep(range_x,target);
double step_y = niceStep(range_y,target);
double nicemin_x = roundMin(min_x,step_x);
double nicemax_x = roundMax(max_x,step_x);
double nicemin_y = roundMin(min_y,step_y);
double nicemax_y = roundMax(max_y,step_y);
// Compléter un Hashset de Double pour X et pour Y et Offset X et Y. TODO
ArrayList<Double> axeX = new ArrayList<>();
ArrayList<Double> axeY = new ArrayList<>();
ArrayList<Double> OffsetX = new ArrayList<>();
ArrayList<Double> OffsetY = new ArrayList<>();
Double ix = nicemin_x;
while ( ix <= nicemax_x ) {
axeX.add(ix);
ix+=step_x;
};
map.put("AxeX", axeX);
Double iy = nicemin_y;
while ( iy <= nicemax_y ) {
axeY.add(iy);
iy+=step_y;
}
map.put("AxeY",axeY);
double offsetX = min_x - nicemin_x;
double offsetY = min_y - nicemin_y;
ArrayList<Double> offsetXHash = new ArrayList<>();
offsetXHash.add(offsetX);
ArrayList<Double> offsetYHash = new ArrayList<>();
offsetYHash.add(offsetY);
map.put("OffsetX", offsetXHash);
map.put("OffsetY", offsetYHash);
return map;
}
/**
* Fonction de calcul d'un step rond
* Cette fonction est basé sur une idée demandée à ChatGPT
* @param range écart entre la plus petite et la plus grande valeur
* @param targetTicks nombre de gradation ideal
* @return
*/
public static double niceStep(double range, int targetTicks) {
double rawStep = range / targetTicks;
double exponent = Math.floor(Math.log10(rawStep));
double fraction = rawStep / Math.pow(10, exponent);
double niceFraction;
if (fraction < 1.5)
niceFraction = 1;
else if (fraction < 3)
niceFraction = 2;
else if (fraction < 7)
niceFraction = 5;
else
niceFraction = 10;
return niceFraction * Math.pow(10, exponent);
}
/**
* retourne une valeur arrondi "joli" adapter à un graphique
* @param value
* @param step
* @return
*/
public static double roundMin(double value, double step) {
return Math.floor(value / step) * step;
}
public static double roundMax(double value, double step) {
return Math.ceil(value / step) * step;
}
}

View File

@@ -0,0 +1,108 @@
package ecoparasite.svg;
import ecoparasite.representation.ValeursXY;
import ecoparasite.svg.elements.Element;
import ecoparasite.svg.elements.ElementsFactory;
import javax.lang.model.util.ElementScanner14;
import java.io.FileWriter;
import java.io.IOException;
import java.util.ArrayList;
import java.util.HashMap;
import java.util.HashSet;
import java.util.UUID;
public class SVGFactory {
static final private String EXPORT_PATH = "export/";
static final private String EXTENSION = ".svg";
/**
* Permet la création du fichier SVG
* @param mesElements un array des elements à ajouter dans le svg
* @return True si la création est un succès, False sinon
*/
public static boolean createSVG(ArrayList<Element> mesElements){
String code = createSVGCode(mesElements);
try {
createFile(code);
} catch (Exception e) {
return false;
}
return true;
}
/**
* Permet la création du fichier SVG (Polymorphisme pour ajouter un nom de fichier)
* @param mesElements un Array des elements à ajouter dans le SVG
* @param filename une String représentant le nom du fichier choisi
* @return True si la création est un succès, False sinon
*/
public static boolean createSVG(ArrayList<Element> mesElements, String filename) {
String code = createSVGCode(mesElements);
try {
createFile(code,filename);
} catch (Exception e) {
return false;
}
return true;
}
/**
* Fonction basique de transformation des éléments en code SVG
* @param mesElements un array contenant les éléments à mettre dans le svg
* @return une String contenant la totalité du code SVG de notre graphique
*/
public static String createSVGCode(ArrayList<Element> mesElements){
String code = "<svg height=\"" + ElementsFactory.SVG_SIZE + "\" width=\"" + ElementsFactory.SVG_SIZE + "\" >";
for (Element e : mesElements){
code += e.toSVG();
}
code += "</svg>";
return code;
}
/**
* fonction qui créer le fichier, ici avec une ID random comme nom de fichier
* @param data une String contenant le contenue du fichier désiré (ici pour le SVG)
* @throws IOException Déclenché par un échec de la création du fichier
*/
public static void createFile(String data) throws IOException {
String id = UUID.randomUUID().toString();
createFile(data,id);
}
/**
* Permet la création du fichier
* @param data une String contenant le contenue du fichier désiré
* @param filename une String contenant le nom du fichier voulu
* @throws IOException Déclenché par un échec de la création du fichier
*/
public static void createFile(String data, String filename) throws IOException {
// create a FileWriter object with the file name
FileWriter writer = new FileWriter(EXPORT_PATH + filename + EXTENSION);
// write the string to the file
writer.write(data);
// close the writer
writer.close();
System.out.println("Successfully wrote text to file.");
}
}

View File

@@ -0,0 +1,75 @@
package ecoparasite.svg;
import ecoparasite.representation.ValeursXY;
import ecoparasite.svg.elements.ElementsFactory;
/**
* Classe qui permet de convertir des doubles en dimension SVG.
*/
public class SVGResizing {
private double minX;
private double maxX;
private double minY;
private double maxY;
/**
* Constructeur.
* Définit les minimum et maximum X et Y.
* @param minXGrad
* @param minYGrad
* @param maxXGrad
* @param maxYGrad
*/
public SVGResizing(
double minXGrad,
double minYGrad,
double maxXGrad,
double maxYGrad
){
this.minX = minXGrad;
this.maxX = maxXGrad;
this.minY = minYGrad;
this.maxY = maxYGrad;
}
public double getMinX() {
return minX;
}
public double getMaxX() {
return maxX;
}
public double getMinY() {
return minY;
}
public double getMaxY() {
return maxY;
}
public Coordonnees resize(ValeursXY vxy ){
return this.resize( vxy.getX(), vxy.getY() );
}
/**
* Permet de redimensionner quelconque valeur X Y (Provenant de ValeursXY par exemple) en Coordonnées SVG.
* @param X
* @param Y
* @return La coordonnée SVG équivalente.
*/
public Coordonnees resize( double X, double Y ){
double surface = ElementsFactory.SVG_SIZE - 2 * ElementsFactory.SVG_OFFSET;
double convX = ( X - minX ) / ( maxX - minX );
double convY = ( Y - minY ) / ( maxY - minY );
double SVG_X = ElementsFactory.SVG_OFFSET + convX * surface;
double SVG_Y = ElementsFactory.SVG_SIZE - ElementsFactory.SVG_OFFSET - convY * surface;
return new Coordonnees(SVG_X, SVG_Y);
}
}

View File

@@ -0,0 +1,64 @@
package ecoparasite.svg.elements;
import ecoparasite.svg.Coordonnees;
import java.util.Locale;
/**
* Element Cercle SVG.
*/
public class Circle extends Element {
private int rayon;
private String color;
/**
* Constructeur.
* @param coordonnees
* @param rayon
* @param color - Couleur provenant de ElementsFactory.
*/
public Circle(Coordonnees coordonnees, int rayon, String color) {
super(coordonnees);
this.rayon = rayon;
this.color = color;
}
public Circle(Coordonnees coordonnees, int rayon) {
super(coordonnees);
this.rayon = rayon;
this.color = ElementsFactory.COLOR_RED;
}
public int getRayon() {
return rayon;
}
public void setRayon(int rayon) {
this.rayon = rayon;
}
public String getColor() {
return color;
}
public void setColor(String color) {
this.color = color;
}
/**
* Crée la string SVG.
* @return La string SVG.
*/
@Override
public String toSVG() {
StringBuilder svg = new StringBuilder();
svg.append("<circle ");
String str = String.format(Locale.US, "r=\"%d\" cx=\"%f\" cy=\"%f\" fill=\"%s\"", this.rayon, this.coordonnees.getX(), this.coordonnees.getY(), this.color);
svg.append( str );
svg.append(" />");
return svg.toString();
}
}

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@@ -0,0 +1,39 @@
package ecoparasite.svg.elements;
import ecoparasite.svg.Coordonnees;
/**
* Classe abstraite qui permet de définir des éléments SVG.
*/
abstract public class Element {
protected Coordonnees coordonnees;
/**
* Constructeur par défaut.
* Inscrit juste les coordonnées.
* @param coordonnees Les coordonnées.
*/
public Element(Coordonnees coordonnees) {
this.coordonnees = coordonnees;
}
public Coordonnees getCoordonnees() {
return coordonnees;
}
public void setCoordonnees(Coordonnees coordonnees) {
this.coordonnees = coordonnees;
}
public void setCoordonnees(int x, int y) {
this.coordonnees = new Coordonnees(x, y);
}
/**
* Méthode abstraite qui va permettre de transformer notre élément en SVG.
* @return La String SVG
*/
abstract public String toSVG();
}

View File

@@ -0,0 +1,83 @@
package ecoparasite.svg.elements;
import ecoparasite.svg.Coordonnees;
import java.util.ArrayList;
import java.util.HashSet;
/**
* Contient divers éléments utiles pour les fichiers SVG.
*/
public class ElementsFactory {
/**
* Taille du fichier SVG.
* SVG_SIZE * SVG_SIZE
*/
final public static int SVG_SIZE = 800;
/**
* Le décalage de cadre du fichier SVG.
*/
final public static int SVG_OFFSET = 50;
/**
* La taille du texte pour les axes.
*/
final public static int AXES_TEXT_SIZE = 10;
// Définition de couleurs.
final public static String COLOR_WHITE = "white";
final public static String COLOR_RED = "red";
final public static String COLOR_BLUE = "blue";
final public static String COLOR_BLACK = "black";
/*
public static ArrayList<Element> SVGAxes(String HName, String VName ){
final int begin = SVG_OFFSET + AXES_TEXT_SIZE + (AXES_TEXT_SIZE / 2);
final int end = SVG_SIZE - SVG_OFFSET - AXES_TEXT_SIZE - (AXES_TEXT_SIZE / 2);
Element V = new Line(
new Coordonnees( begin, begin ),
new Coordonnees( begin, SVG_SIZE - SVG_OFFSET ),
COLOR_BLACK,
2
);
Element H = new Line(
new Coordonnees( begin, SVG_SIZE - SVG_OFFSET ),
new Coordonnees( end, SVG_SIZE - SVG_OFFSET ),
COLOR_BLACK,
2
);
Element VLabel = new Text(
new Coordonnees( SVG_OFFSET, SVG_OFFSET ),
VName,
COLOR_BLACK,
AXES_TEXT_SIZE
);
Element HLabel = new Text(
new Coordonnees( SVG_SIZE - SVG_OFFSET - AXES_TEXT_SIZE, SVG_SIZE - SVG_OFFSET - AXES_TEXT_SIZE ),
HName,
COLOR_BLACK,
AXES_TEXT_SIZE
);
ArrayList<Element> SVGAxes = new ArrayList<>();
SVGAxes.add(V);
SVGAxes.add(H);
SVGAxes.add(VLabel);
SVGAxes.add(HLabel);
return SVGAxes;
}
public static ArrayList<Element> SVGAxes(){
return SVGAxes( "None", "None" );
}
*/
}

View File

@@ -0,0 +1,92 @@
package ecoparasite.svg.elements;
import ecoparasite.svg.Coordonnees;
import java.util.Locale;
/**
* Permet de construire une droite/ligne en SVG.
*/
public class Line extends Element {
private Coordonnees coordonneesB;
private String color;
private int lineWidth;
/**
* Constructeur
* @param coordonneesA Coordonnées de départ
* @param coordonneesB Coordonnées d'arrivé.
* @param color Couleur provenant de ElementsFactory
* @param lineWidth Epaisseur de la ligne.
*/
public Line(Coordonnees coordonneesA, Coordonnees coordonneesB, String color, int lineWidth) {
super(coordonneesA);
this.coordonneesB = coordonneesB;
this.color = color;
this.lineWidth = lineWidth;
}
public Line(Coordonnees coordonneesA, Coordonnees coordonneesB) {
super(coordonneesA);
this.coordonneesB = coordonneesB;
this.color = ElementsFactory.COLOR_RED;
this.lineWidth = 1;
}
public Coordonnees getCoordonneesA() {
return coordonnees;
}
public void setCoordonneesA(Coordonnees coordonnees) {
this.coordonnees = coordonnees;
}
public Coordonnees getCoordonneesB() {
return coordonneesB;
}
public void setCoordonneesB(Coordonnees coordonnees) {
this.coordonneesB = coordonnees;
}
public String getColor() {
return color;
}
public void setColor(String color) {
this.color = color;
}
public int getLineWidth() {
return lineWidth;
}
public void setLineWidth(int lineWidth) {
this.lineWidth = lineWidth;
}
/**
* Génère la string SVG de l'élément.
* @return
*/
@Override
public String toSVG() {
StringBuilder svg = new StringBuilder();
svg.append("<line ");
String params = String.format( Locale.US,"x1=\"%f\" y1=\"%f\" x2=\"%f\" y2=\"%f\" style=\"stroke:%s;stroke-width:%d\"",
this.coordonnees.getX(),
this.coordonnees.getY(),
this.coordonneesB.getX(),
this.coordonneesB.getY(),
this.color,
this.lineWidth
);
svg.append(params);
svg.append( "/>" );
return svg.toString();
}
}

View File

@@ -0,0 +1,78 @@
package ecoparasite.svg.elements;
import ecoparasite.svg.Coordonnees;
import java.util.Locale;
/**
* Élement qui permet de générer un texte sur le SVG.
*/
public class Text extends Element {
private String text;
private String color;
private int size;
/**
* Constructeur
* @param coordonnees Les coordonnées du texte
* @param text
* @param color Provenant de ElementsFactory
* @param size La taille du texte
*/
public Text(Coordonnees coordonnees, String text, String color, int size) {
super(coordonnees);
this.text = text;
this.color = color;
this.size = size;
}
public Text(Coordonnees coordonnees, String text) {
super(coordonnees);
this.text = text;
this.color = ElementsFactory.COLOR_BLACK;
this.size = ElementsFactory.AXES_TEXT_SIZE;
}
public String getText() {
return text;
}
public void setText(String text) {
this.text = text;
}
public String getColor() {
return color;
}
public void setColor(String color) {
this.color = color;
}
public int getSize() {
return size;
}
public void setSize(int size) {
this.size = size;
}
/**
* Génère la string SVG.
* @return
*/
@Override
public String toSVG() {
StringBuilder svg = new StringBuilder();
svg.append("<text ");
String params = String.format(Locale.US,"x=\"%f\" y=\"%f\" fill=\"%s\" font-size=\"%s\"", coordonnees.getX(), coordonnees.getY(), color, size);
svg.append(params);
svg.append(" >");
svg.append( this.text );
svg.append("</text>");
return svg.toString();
}
}

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@@ -4,6 +4,7 @@ import ecoparasite.input.InputFactory;
import ecoparasite.input.InputFileException;
import ecoparasite.input.RawData;
import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
import ecoparasite.nettoyage.Nettoyage;
import ecoparasite.poisson.Mackerel;
import ecoparasite.poisson.Poisson;
import org.junit.jupiter.api.Test;
@@ -44,6 +45,7 @@ class CompletionTest {
Function<Poisson,Double> getInfes = Poisson::getInfestation;
BiConsumer<Poisson,Double> setInfes = Poisson::setInfestation;
testp = Nettoyage.nettoieColumns(testp,getInfes,setInfes,false);
testp = Completion.completeColumnsLinear(testp,getLength,getInfes,setInfes);
System.out.println(testp);
}

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@@ -50,11 +50,7 @@ class NettoyageTest {
Function<Poisson,Double> getInfes = Poisson::getInfestation;
BiConsumer<Poisson,Double> setInfes = Poisson::setInfestation;
testp = Completion.completeColumnsLinear( testp, getLength, getInfes, setInfes );
System.out.println(testp);
testp = Nettoyage.nettoieColumnsLinear( testp, getLength, getInfes, setInfes, false );
testp = Nettoyage.nettoieColumns( testp, getInfes, setInfes, false );
System.out.println(testp);
}

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@@ -0,0 +1,15 @@
package ecoparasite.svg;
import ecoparasite.svg.elements.ElementsFactory;
import org.junit.jupiter.api.Test;
import static org.junit.jupiter.api.Assertions.*;
class SVGFactoryTest {
@Test
public void generateSVGAxes(){
// SVGFactory.createSVG( ElementsFactory.SVGAxes() );
}
}