Benjamin/ecoparasite-data-analyse
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1 Sample_code Station Latitude Longitude Depth d13C_raw d13C_corr d15N C_N StandardLength TrophicLevel Anisakis_abdominalcavity Anisakis_Liver Anisakis_gonads Anisakis_stomach NParasitesViscera Anisakis_Muscle_Right Anisakis_Muscle_Left Aniskis_Muscle_total NParasitesTotal
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3 TRACTRA_S0575_A0440 S0575 48.8692264 -4.3976635 96.84 -20.02738845 -19.42703789 12.25444555 3.959950061 252 3.038405671 263 5 0 21 289 12 11 23 312
4 TRACTRA_S0575_A0441 S0575 48.8692264 -4.3976635 96.84 -19.82735569 -18.83090708 12.97020596 4.360049101 254 3.248923438 51 1 12 1 65 2 3 5 70
5 TRACTRA_S0575_A0442 S0575 48.8692264 -4.3976635 96.84 -19.37802102 -18.26777864 13.43393806 4.4749923 242 3.385315231 158 6 0 1 165 9 19 28 193
6 TRACTRA_S0575_A0443 S0575 48.8692264 -4.3976635 96.84 -18.20541518 -18.20541518 12.68793425 3.369189318 254 3.165902347 67 1 10 1 79 1 6 7 86
7 TRACTRA_S0575_A0444 S0575 48.8692264 -4.3976635 96.84 -20.21559661 -18.91007641 12.62442312 4.672242625 251 3.147222601 140 1 0 0 141 3 6 9 150
8 TRACTRA_S0575_A0445 S0575 48.8692264 -4.3976635 96.84 -19.43517323 -19.13886211 11.25439721 3.65283952 258 2.744273805 281 5 0 3 289 1 8 9 298
9 TRACTRA_S0575_A0446 S0575 48.8692264 -4.3976635 96.84 -19.98304621 -19.35255493 11.69796704 3.990395229 250 2.87473552 113 2 6 5 126 2 9 11 137
10 TRACTRA_S0575_A0447 S0575 48.8692264 -4.3976635 96.84 -19.4952816 -18.88631609 11.96007648 3.968652028 244 2.951826533 81 2 0 0 83 0 3 3 86
11 TRACTRA_S0575_A0448 S0575 48.8692264 -4.3976635 96.84 -19.94560166 -19.34814395 11.90664648 3.957027986 244 2.936111826 182 0 1 4 187 10 20 30 217
12 TRACTRA_S0577_A0454 S0577 49.2061879 -4.3343404 94.02 -19.0301808 -18.69065175 12.62744746 3.696493987 230 3.212854832 23 0 0 1 24 0 0 0 24
13 TRACTRA_S0577_A0455 S0577 49.2061879 -4.3343404 94.02 -20.15942978 -19.22294902 12.21916159 4.299475509 247 3.092770753 53 0 0 1 54 4 6 10 64
14 TRACTRA_S0577_A0456 S0577 49.2061879 -4.3343404 94.02 -21.11919287 -19.10756928 13.20207201 5.38547838 250 3.381862053 11 0 0 1 12 0 3 3 15
15 TRACTRA_S0577_A0457 S0577 49.2061879 -4.3343404 94.02 -20.47770851 -19.25004326 11.60824496 4.593601258 264 2.913089392 72 7 0 3 82 3 7 10 92
16 TRACTRA_S0577_A0458 S0577 49.2061879 -4.3343404 94.02 -18.80551346 -18.80551346 11.29371363 3.405172632 258 2.820580176 18 2 0 5 25 0 4 4 29
17 TRACTRA_S0577_A0459 S0577 49.2061879 -4.3343404 94.02 -18.55424078 -18.55424078 11.99334422 3.368856741 268 3.02635388 3 0 2 0 5 0 1 1 6
18 TRACTRA_S0577_A0460 S0577 49.2061879 -4.3343404 94.02 -20.65507746 -18.90565571 12.2504131 5.120628022 244 3.101962374 5 0 0 0 5 0 0 0 5
19 TRACTRA_S0577_A0461 S0577 49.2061879 -4.3343404 94.02 -20.2747196 -19.30665873 13.06496861 4.331374612 236 3.341537523 18 0 0 0 18 1 1 2 20
20 TRACTRA_S0577_A0462 S0577 49.2061879 -4.3343404 94.02 -20.4373078 -19.16897407 12.28972952 4.634680534 258 3.113526026 46 0 0 0 46 0 9 9 55
21 TRACTRA_S0577_A0463 S0577 49.2061879 -4.3343404 94.02 -19.45685166 -19.11472538 12.60426085 3.699117451 251 3.206035242 106 0 0 3 109 6 19 25 134
22 TRACTRA_S0754_A0805 S0754 49.6547785 -0.1474217 37.3 -17.83990445 -17.83990445 13.08890102 3.215085281 166 3.453596065 0 0 0 0 0 0 0 0 0
23 TRACTRA_S0754_A0806 S0754 49.6547785 -0.1474217 37.3 -20.15486746 -18.67023918 12.91860136 4.853159877 166 3.403507929 1 0 0 0 1 0 0 0 1
24 TRACTRA_S0754_A0807 S0754 49.6547785 -0.1474217 37.3 -18.26558775 -18.26558775 12.73923249 3.355335311 162 3.350752377 4 1 0 1 6 0 0 0 6
25 TRACTRA_S0754_A0808 S0754 49.6547785 -0.1474217 37.3 -18.30726304 -18.09681562 13.04657803 3.566108505 169 3.441148126 0 0 0 0 0 0 0 0 0
26 TRACTRA_S0754_A0809 S0754 49.6547785 -0.1474217 37.3 -17.48070316 -17.48070316 13.28439294 3.361704857 170 3.511093688 0 0 0 0 0 0 0 0 0
27 TRACTRA_S0754_A0810 S0754 49.6547785 -0.1474217 37.3 -17.78334513 -17.78334513 13.07882412 3.489125859 176 3.45063227 0 0 0 0 0 0 0 0 0
28 TRACTRA_S0754_A0811 S0754 49.6547785 -0.1474217 37.3 -18.28047178 -18.12027726 12.87224761 3.515348002 165 3.389874472 4 0 0 0 4 1 0 1 5
29 TRACTRA_S0754_A0812 S0754 49.6547785 -0.1474217 37.3 -20.27989332 -18.492208 13.65522298 5.159278103 193 3.620161346 4 0 0 0 4 0 0 0 4
30 TRACTRA_S0754_A0813 S0754 49.6547785 -0.1474217 37.3 -18.35389967 -18.35389967 12.72814789 3.262758686 165 3.347492203 1 0 0 0 1 0 0 0 1
31 TRACTRA_S0754_A0814 S0754 49.6547785 -0.1474217 37.3 -18.87880984 -18.22558141 13.21587 4.013362047 166 3.490939882 1 0 0 2 3 0 0 0 3
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33 TRACTRA_S0613_A0726 S0613 49.6962144 -3.7446409 77.61 -19.51899808 -19.51899808 13.58432266 3.286796067 109 3.466346962 0 0 0 0 0 0 0 0 0
34 TRACTRA_S0613_A0727 S0613 49.6962144 -3.7446409 77.61 -20.25818465 -19.92813931 13.27363809 3.686914482 112 3.374969147 0 0 0 0 0 0 0 0 0
35 TRACTRA_S0613_A0728 S0613 49.6962144 -3.7446409 77.61 -19.89105861 -19.61530935 13.69693325 3.632069961 110 3.499467723 0 0 0 0 0 0 0 0 0
36 TRACTRA_S0613_A0729 S0613 49.6962144 -3.7446409 77.61 -20.56708371 -20.05444437 13.52500101 3.871352865 105 3.448899418 0 0 0 0 0 0 0 0 0
37 TRACTRA_S0613_A0730 S0613 49.6962144 -3.7446409 77.61 -19.84072681 -19.65364002 13.56220272 3.542511911 102 3.459841098 0 0 0 0 0 0 0 0 0
38 TRACTRA_S0613_A0731 S0613 49.6962144 -3.7446409 77.61 -19.40353102 -19.40353102 13.7894348 3.4531337 112 3.526674063 0 0 0 0 0 0 0 0 0
39 TRACTRA_S0613_A0732 S0613 49.6962144 -3.7446409 77.61 -19.72032526 -19.72032526 13.78440755 3.440747909 108 3.525195458 0 0 0 1 1 0 0 0 1
40 TRACTRA_S0613_A0733 S0613 49.6962144 -3.7446409 77.61 -20.51675191 -20.25700129 13.69190599 3.615909722 108 3.497989118 0 0 0 0 0 0 0 0 0
41 TRACTRA_S0613_A0734 S0613 49.6962144 -3.7446409 77.61 -19.85158269 -19.85158269 13.74821128 3.427824163 105 3.514549498 0 0 0 0 0 0 0 0 0
42 TRACTRA_S0613_A0735 S0613 49.6962144 -3.7446409 77.61 -19.52985396 -18.77319749 12.19277752 4.117834812 155 3.057068981 0 0 0 0 0 0 0 0 0
43 TRACTRA_S0613_A0736 S0613 49.6962144 -3.7446409 77.61 -18.71566314 -18.30038536 12.72566692 3.773007861 151 3.213801156 0 0 0 0 0 0 0 0 0
44 TRACTRA_S0613_A0737 S0613 49.6962144 -3.7446409 77.61 -18.55578567 -18.55578567 12.52055477 3.488579888 148 3.153474054 1 0 0 0 1 0 0 0 1
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46 TRACTRA_S0613_A0739 S0613 49.6962144 -3.7446409 77.61 -18.41367237 -18.41367237 12.2078593 3.420834314 152 3.061504797 0 0 0 1 1 0 0 0 1
47 TRACTRA_S0613_A0740 S0613 49.6962144 -3.7446409 77.61 -19.79532951 -18.68335824 12.39487331 4.476738651 152 3.116508919 2 0 0 0 2 0 0 0 2
48 TRACTRA_S0613_A0741 S0613 49.6962144 -3.7446409 77.61 -19.33543506 -18.69166914 12.3576716 4.003803955 168 3.105567239 1 0 0 0 1 0 0 0 1
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51 TRACTRA_S0613_A0744 S0613 49.6962144 -3.7446409 77.61 -18.72454522 -18.36228847 12.90363187 3.719451262 154 3.266143788 0 0 0 1 1 0 0 0 1
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54 TRACTRA_S0639_A0747 S0639 49.8793196 -3.3251101 73.12 -17.51895714 -17.51895714 12.92408206 3.193663511 151 3.310275436 1 0 0 0 1 0 0 0 1
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57 TRACTRA_S0639_A0750 S0639 49.8793196 -3.3251101 73.12 -17.97247492 -17.97247492 12.93612128 3.493877982 164 3.313816383 3 0 0 0 3 0 0 0 3
58 TRACTRA_S0639_A0751 S0639 49.8793196 -3.3251101 73.12 -18.22683924 -18.22683924 13.03042851 3.308824647 156 3.341553805 0 1 0 0 1 0 0 0 1
59 TRACTRA_S0639_A0752 S0639 49.8793196 -3.3251101 73.12 -18.65472341 -18.39365742 12.7986735 3.617238364 160 3.273390566 0 0 0 0 0 0 0 0 0
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@@ -1,21 +1,21 @@
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190618 HKE07;551;309;13.85;-17.93;3.17;760.77;234.71;995.48;1.49;1.04;13.14;4.29;17.11;7.67;0.39;0.50;<LOQ;<LOQ;;9.11;-19.49;5.76;221.09;47.08;268.16;9.03;4.66;30.16;11.22;33.00;21.65;<LOQ;5.69;0.49;<LOQ 190618 HKE07;551;309;13.85;-17.93;3.17;760.77;234.71;995.48;1.49;1.04;13.14;4.29;17.11;7.67;0.39;0.50;<LOQ;<LOQ;;9.11;-19.49;5.76;221.09;47.08;268.16;9.03;4.66;30.16;11.22;33.00;21.65;<LOQ;5.69;0.49;<LOQ
270218 HKE08;640;486;13.59;-17.89;3.08;1369.48;518.70;1888.18;1.47;1.24;17.94;5.84;23.39;13.77;0.76;1.90;<LOQ;<LOQ;;10.21;-19.14;5.11;210.77;10.72;221.48;6.40;3.63;22.44;8.02;20.45;16.63;<LOQ;3.15;0.23;<LOQ 270218 HKE08;640;486;13.59;-17.89;3.08;1369.48;518.70;1888.18;1.47;1.24;17.94;5.84;23.39;13.77;0.76;1.90;<LOQ;<LOQ;;10.21;-19.14;5.11;210.77;10.72;221.48;6.40;3.63;22.44;8.02;20.45;16.63;<LOQ;3.15;0.23;<LOQ
270218 HKE09;548;700;13.86;-18.07;3.10;1607.28;1885.28;3492.57;2.04;1.01;23.23;6.26;30.56;20.77;2.90;1.58;<LOQ;2.17;;12.42;-18.41;4.82;108.49;12.06;120.55;7.80;4.90;38.63;14.25;45.22;32.90;<LOQ;1.30;<LOQ;<LOQ 270218 HKE09;548;700;13.86;-18.07;3.10;1607.28;1885.28;3492.57;2.04;1.01;23.23;6.26;30.56;20.77;2.90;1.58;<LOQ;2.17;;12.42;-18.41;4.82;108.49;12.06;120.55;7.80;4.90;38.63;14.25;45.22;32.90;<LOQ;1.30;<LOQ;<LOQ
1 nom.merlu m.size (mm) number of Anisakis sp L3 m.d15N (‰) m.d13C (‰) m.C/N m.MeHg (ng g-1 dw) m.IHg (ng g-1 dw) m.THg (ng g-1 dw) m.PCB 101 (ng g-1 dw) m.PCB 118 (ng g-1 dw) m.PCB 138 (ng g-1 dw) m.PCB 149 (ng g-1 dw) m.PCB 153 (ng g-1 dw) m.PCB 180 (ng g-1 dw) m.PCB 194 (ng g-1 dw) m.HHCB (ng g-1 dw) m.AHTN (ng g-1 dw) m.EHMC (ng g-1 dw) a.d15N (‰) a.d13C (‰) a.CN a.MeHg (ng g-1 dw) a.IHg (ng g-1 dw) a.THg (ng g-1 dw) a.PCB 101 (ng g-1 dw) a.PCB 118 (ng g-1 dw) a.PCB 138 (ng g-1 dw) a.PCB 149 (ng g-1 dw) a.PCB 153 (ng g-1 dw) a.PCB 180 (ng g-1 dw) a.PCB 194 (ng g-1 dw) a.HHCB (ng g-1 dw) a.AHTN (ng g-1 dw) a.OC (ng g-1 dw)
2 150318 HKE01 425 237 13.36 -18.23 3.10 610.21 244.26 854.48 2.85 1.59 28.78 9.10 32.84 22.60 3.40 1.26 <LOQ <LOQ 10.84 -19.32 5.88 67.69 8.57 76.26 18.26 10.74 45.90 17.54 41.19 32.64 <LOQ <LOQ <LOQ 83.21
3 150318 HKE08 527 276 13.44 -18.22 3.15 749.39 1110.64 1860.03 3.25 1.32 27.91 8.73 34.12 22.66 1.73 0.19 <LOQ <LOQ 11.57 -18.74 5.01 77.88 14.85 92.73 11.56 6.56 31.88 15.19 37.80 21.68 <LOQ 3.38 2.31 63.30
4 150318 HKE09 540 454 13.53 -17.99 3.11 796.23 299.18 1095.40 3.74 3.39 25.72 9.04 32.81 13.87 2.80 1.09 0.11 <LOQ 11.13 -18.69 5.23 86.01 16.39 102.40 10.74 9.06 63.45 22.81 73.25 47.00 <LOQ 1.96 <LOQ 36.78
5 040418 HKE01 556 425 13.36 -17.88 3.16 706.35 384.91 1091.26 1.62 0.11 13.95 4.55 15.13 10.95 <LOQ 0.05 <LOQ <LOQ 12.29 -18.47 4.94 118.68 15.39 134.07 5.43 3.88 19.68 7.74 18.73 13.00 <LOQ 0.90 <LOQ 19.73
6 040418 HKE03 511 262 13.24 -18.34 3.08 708.45 259.47 967.92 1.08 <LOQ 11.05 4.18 13.94 7.85 1.07 0.86 <LOQ 3.08 9.96 -18.59 6.02 32.86 15.24 48.10 <LOQ 8.31 28.31 11.53 18.41 15.25 <LOQ 11.53 <LOQ <LOQ
7 040418 HKE06 510 347 13.59 -17.87 3.14 583.26 312.72 895.97 2.00 2.32 16.15 5.81 20.52 11.08 0.59 0.58 <LOQ <LOQ 11.46 -19.26 4.81 71.98 13.23 85.21 8.65 7.92 39.19 11.83 36.33 28.50 <LOQ 7.17 0.24 30.10
8 040418 HKE10 555 345 13.64 -17.96 3.20 828.50 581.96 1410.46 1.19 0.96 6.72 2.30 9.14 4.10 <LOQ 0.25 0.09 <LOQ 11.35 -18.94 5.50 123.11 23.08 146.19 9.50 2.49 18.92 8.16 15.67 12.49 <LOQ 0.99 0.73 26.90
9 160418 HKE03 590 397 14.26 -17.87 3.19 991.83 396.32 1388.15 2.36 <LOQ 15.64 4.84 20.76 12.62 <LOQ 0.02 <LOQ <LOQ 10.91 -18.98 5.79 122.77 27.42 150.19 11.40 9.36 60.72 21.10 68.04 39.60 <LOQ <LOQ 0.17 16.01
10 160418 HKE05 575 499 13.79 -17.93 3.17 1209.66 1491.93 2701.58 1.15 1.35 9.33 2.11 13.47 7.33 <LOQ 0.39 <LOQ 0.29 11.49 -18.75 5.54 202.55 64.82 267.37 6.32 5.21 31.50 12.86 41.57 26.52 <LOQ <LOQ <LOQ 12.61
11 160418 HKE08 610 2066 14.4 -17.55 3.14 2456.73 833.58 3290.30 1.94 1.21 24.50 6.30 33.17 23.28 2.63 1.29 <LOQ 3.07 12.89 -18.24 4.59 503.56 59.83 563.39 12.29 10.52 74.14 24.62 93.68 54.15 <LOQ <LOQ <LOQ 10.89
12 160418 HKE09 602 537 14.1 -17.97 3.24 833.18 320.00 1153.18 3.12 2.03 31.39 9.09 35.03 23.13 <LOQ 1.25 <LOQ <LOQ 11.92 -19.83 6.08 96.04 14.01 110.05 22.11 18.89 126.91 49.14 161.82 84.36 <LOQ <LOQ <LOQ 4.94
13 280518 HKE02 560 716 13.6 -17.96 3.10 1288.12 680.38 1968.50 1.70 1.34 11.65 3.91 14.48 6.48 <LOQ 1.96 0.38 <LOQ 11.74 -19.7 5.88 128.83 65.66 194.49 84.99 191.78 658.97 248.32 927.74 550.85 <LOQ <LOQ <LOQ 8.43
14 280518 HKE06 558 240 13.58 -17.87 3.15 899.55 205.84 1105.39 1.34 <LOQ 12.26 3.33 13.37 8.85 <LOQ 0.21 <LOQ <LOQ 12.03 -18.93 4.94 379.57 141.25 520.82 15.95 7.64 32.87 13.57 34.64 22.30 <LOQ 5.78 1.66 <LOQ
15 300518 HKE08 510 202 13.67 -17.87 3.16 811.80 326.93 1138.73 1.53 2.09 12.76 3.47 16.22 8.30 <LOQ 1.27 0.27 3.65 12.41 -20.08 5.48 732.73 59.41 792.14 16.62 8.53 56.04 19.60 45.14 33.80 <LOQ 0.63 <LOQ <LOQ
16 190618 HKE03 570 378 13.51 -17.74 3.15 1400.87 402.65 1803.52 0.66 0.59 5.15 1.31 6.04 2.93 <LOQ 0.26 <LOQ <LOQ 10.51 -19.08 6.05 226.91 18.20 245.11 6.46 4.52 20.16 9.27 23.75 20.70 <LOQ 2.47 <LOQ <LOQ
17 190618 HKE04 552 320 13.55 -17.86 3.19 877.97 262.15 1140.12 2.15 1.40 20.89 5.68 23.45 16.16 2.58 0.13 <LOQ <LOQ 11.35 -19.83 6.11 199.21 36.71 235.92 16.15 16.44 85.76 29.23 101.58 61.86 <LOQ 3.14 1.19 <LOQ
18 190618 HKE06 565 307 13.89 -17.94 3.17 802.22 245.65 1047.88 1.94 1.73 12.79 4.66 16.11 7.17 <LOQ 0.14 <LOQ <LOQ 12.3 -19.42 5.17 338.28 25.84 364.12 10.71 11.16 48.65 16.19 57.61 31.29 <LOQ 3.22 0.52 8.42
19 190618 HKE07 551 309 13.85 -17.93 3.17 760.77 234.71 995.48 1.49 1.04 13.14 4.29 17.11 7.67 0.39 0.50 <LOQ <LOQ 9.11 -19.49 5.76 221.09 47.08 268.16 9.03 4.66 30.16 11.22 33.00 21.65 <LOQ 5.69 0.49 <LOQ
20 270218 HKE08 640 486 13.59 -17.89 3.08 1369.48 518.70 1888.18 1.47 1.24 17.94 5.84 23.39 13.77 0.76 1.90 <LOQ <LOQ 10.21 -19.14 5.11 210.77 10.72 221.48 6.40 3.63 22.44 8.02 20.45 16.63 <LOQ 3.15 0.23 <LOQ
21 270218 HKE09 548 700 13.86 -18.07 3.10 1607.28 1885.28 3492.57 2.04 1.01 23.23 6.26 30.56 20.77 2.90 1.58 <LOQ 2.17 12.42 -18.41 4.82 108.49 12.06 120.55 7.80 4.90 38.63 14.25 45.22 32.90 <LOQ 1.30 <LOQ <LOQ

0
data/ParasitesPeru2021.csv → data/Combinés/ParasitesPeru2021.csv
View File

0
data/anisakisAfrique.xlsx → data/Combinés/anisakisAfrique.xlsx
View File

0
data/anisakid_data.csv → data/DRYAD/anisakid_data.csv
View File

Can't render this file because it is too large.

0
data/anisakid_fao.csv → data/DRYAD/anisakid_fao.csv
View File

0
data/host_data.csv → data/DRYAD/host_data.csv
View File

0
data/metadata.csv → data/DRYAD/metadata.csv
View File

Can't render this file because it contains an unexpected character in line 1 and column 1304.

0
data/processed_data_anisakis.csv → data/DRYAD/processed_data_anisakis.csv
View File

10
src/ecoparasite/input/DataParsing.java
View File

@@ -1,10 +0,0 @@
package ecoparasite.input;
import ecoparasite.poisson.Poisson;
import java.util.HashSet;
public interface DataParsing {
public HashSet<Poisson> parse(RawData data);
}

105
src/ecoparasite/input/InputFactory.java Normal file
View File

@@ -0,0 +1,105 @@
package ecoparasite.input;
import java.io.BufferedReader;
import java.io.IOException;
import java.nio.charset.StandardCharsets;
import java.nio.file.Files;
import java.nio.file.Path;
import java.nio.file.Paths;
import java.util.ArrayList;
import java.util.HashMap;
public class InputFactory {
final private static String DATA_FOLDER = "data/";
final public static String DATA_MACKEREL = "Campagne/mackerel.97442.csv";
final public static String DATA_MERLU = "Campagne/merlu2018_75164.csv";
/**
* Construit le chemin vers le fichier de données voulu.
* @param data De préference via une constante DATA_... de notre classe actuelle.
* @return Le chemin complet vers le dossier
*/
public static String buildDataPath( String data ){
return InputFactory.DATA_FOLDER + data;
}
/**
* Permet de lire les données brutes d'un fichier CSV.
* @param dataFileName Le chemin du fichier CSV, tiré des constantes DATA_... de notre classe actuelle.
* @return Une instance de RawData permettant de manipuler les données.
* @throws IOException
*/
public static RawData readData( String dataFileName ) throws InputFileException {
return readData( dataFileName, ";" );
}
/**
* Permet de lire les données brutes d'un fichier CSV.
* @param dataFileName Le chemin du fichier CSV, tiré des constantes DATA_... de notre classe actuelle.
* @param separator Le séparateur du fichier CSV, par défaut : ;
* @return Une instance de RawData permettant de manipuler les données.
*
* @throws InputFileException - Une erreur durant la lecture du fichier.
*/
public static RawData readData( String dataFileName, String separator ) throws InputFileException {
Path path = Paths.get(InputFactory.buildDataPath(dataFileName));
BufferedReader reader;
try {
reader = Files.newBufferedReader(path, StandardCharsets.UTF_8);
} catch (IOException e) {
throw new InputFileException(dataFileName);
}
return createRawData(dataFileName, reader, separator);
}
/**
* Fonction appellé par readData, permet de créer l'instance de RawData stockant les données.
*
* @param dataFileName Le nom du fichier.
* @param reader Le BufferedReader des données.
* @param separator Le séparateur du fichier CSV, par défaut ";"
* @return L'instance RawData.
*
* @throws InputFileException Si une erreur durant la lecture d'une ligne s'est produite.
*/
private static RawData createRawData( String dataFileName, BufferedReader reader, String separator ) throws InputFileException {
ArrayList<ArrayList<String>> data = new ArrayList<>();
String line;
// Lecture de la première ligne, le nom des colonnes.
try {
line = reader.readLine();
} catch (IOException e) {
throw new InputFileException( dataFileName );
}
String[] rowFields = line.split(separator);
for( int i = 0; i < rowFields.length; i++ ){
ArrayList<String> element = new ArrayList<>();
element.add(rowFields[i]);
data.add( element );
}
// Lecture des autres lignes.
try {
while ((line = reader.readLine()) != null) {
rowFields = line.split(separator);
for (int i = 0; i < rowFields.length; i++) {
ArrayList<String> element = data.get(i);
element.add(rowFields[i]);
}
}
} catch (Exception e) {
throw new InputFileException( dataFileName );
}
return new RawData(data);
}
}

19
src/ecoparasite/input/InputFileException.java Normal file
View File

@@ -0,0 +1,19 @@
package ecoparasite.input;
/**
* Est déclenché si une erreur est survenue lors de la lecture d'un fichier.
*/
public class InputFileException extends Exception {
final private String dataFilePath;
public InputFileException(String dataFilePath) {
this.dataFilePath = dataFilePath;
}
@Override
public String getMessage(){
return "Une erreur a été déclenché durant la lecture du fichier d'entrée : " + dataFilePath;
}
}

122
src/ecoparasite/input/RawData.java Normal file
View File

@@ -0,0 +1,122 @@
package ecoparasite.input;
import java.util.ArrayList;
import java.util.HashMap;
import java.util.HashSet;
/**
* Permet de stocker les données brutes d'un fichier chargé CSV, avant d'être changé en Classe plus spécifique.
*/
public class RawData {
/**
* Stocke les données brutes sous formes de deux ArrayList.
*/
final private ArrayList<ArrayList<String>> data;
/**
* Constructeur.
* @param data ArrayList qui demande des ArrayList<String> pour faire des lignes/colonnes.
*/
public RawData(ArrayList<ArrayList<String>> data) {
this.data = data;
}
/**
* Getter des données brutes. À n'utiliser que pour des opérations compliquées non descriptibles par une fonction.
* @return ArrayList d'ArrayList de String qui contient les données brutes.
*/
public ArrayList<ArrayList<String>> getData() {
return data;
}
/**
* Permet d'avoir un affichage debug du contenu de notre jeu de données.
* @return La string symbolisant nos données.
*/
@Override
public String toString()
{
StringBuilder sb = new StringBuilder();
for( int i = 0; i < data.size(); i++ )
{
ArrayList<String> row = data.get(i);
for( int j = 0; j < row.size(); j++ ){
sb.append(row.get(j)).append(" | ");
}
sb.append(System.lineSeparator());
}
return sb.toString();
}
/**
* Permet d'obtenir le nom des colonnes de notre jeu de données.
*
* @return HashSet du nom des colonnes
*/
public HashSet<String> getColumnsNames(){
HashSet<String> columns = new HashSet<>();
for (ArrayList<String> row : data) {
for (String colName : row) {
columns.add(colName);
break;
}
}
return columns;
}
/**
* Permet d'avoir toutes les valeurs associées à la colonne.
* @param colName Le nom de la colonne dans le fichier CSV
* @return HashSet des données brutes.
*/
public HashSet<String> getDataFromColumn( String colName ){
boolean goodColumn = false;
HashSet<String> rows = new HashSet<>();
for( ArrayList<String> row : data ){
for( String value : row ) {
if( !goodColumn ) {
if (colName.equals(value))
goodColumn = true;
else
break;
} else { // Si on a trouvé la bonne colonne, on ajoute les éléments.
rows.add(value);
}
}
if( goodColumn )
break;
}
return rows;
}
/**
* Permet d'obtenir tous les champs d'une entrée.
* @param index Entrée que vous voulez obtenir, le minimum est l'entrée 1. Le maximum dépend du Dataframe.
* @return Une HashMap <colonne, valeur>.
* @throws RawDataOverflow Si vous avez dépasses le maximum d'entrées du DataFrame.
*/
public HashMap<String,String> getEntry(int index) throws RawDataOverflow {
if( index <= 0 ){
index = 1; // 0 = nombre de colonnes, fallback.
}
HashMap<String,String> entry = new HashMap<>();
for( ArrayList<String> row : data ){
if( index > row.size()){
throw new RawDataOverflow( index, row.size() );
}
entry.put( row.getFirst(), row.get( index ) );
}
return entry;
}
}

22
src/ecoparasite/input/RawDataOverflow.java Normal file
View File

@@ -0,0 +1,22 @@
package ecoparasite.input;
/**
* Est déclenché lors du dépassement d'index lors de la récupération d'une entrée d'un RawData.
*/
public class RawDataOverflow extends Exception {
final private int excepted;
final private int limit;
public RawDataOverflow( int excepted, int limit ) {
this.excepted = excepted;
this.limit = limit;
}
@Override
public String getMessage()
{
return "Dépassement d'index : " + this.excepted + " voulu, " + this.limit + " maximum autorisé par le RawData.";
}
}

22
src/ecoparasite/poisson/Mackerel.java
View File

@@ -1,22 +0,0 @@
package ecoparasite.poisson;
import ecoparasite.input.DataParsing;
import ecoparasite.input.RawData;
import java.util.HashSet;
public class Mackerel extends Poisson implements DataParsing {
public Mackerel(String species, Double length, Double infestation) {
super(species, length, null, infestation);
}
@Override
public HashSet<Poisson> parse(RawData data) {
HashSet<Poisson> fishSet;
fishSet = new HashSet<>();
return fishSet;
}
}

33
src/ecoparasite/poisson/Merlu.java
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@@ -1,33 +0,0 @@
package ecoparasite.poisson;
import ecoparasite.input.DataParsing;
import ecoparasite.input.RawData;
import java.util.HashSet;
public class Merlu extends Poisson implements DataParsing {
/**
* Construteur d'un merlu
* @param length Un Wrapper Double representant la longueur/taille du poisson
* @param infestation Un Wrapper Double representant le taux de parasite du poisson
*/
public Merlu(Double length, Double infestation) {
super("Merlu", length, null, infestation);
}
/**
* Implémentation de la fonction parse de Dataparsing
* @param data
* @return tableau des poissons
*/
@Override
public HashSet<Poisson> parse(RawData data) { //TODO
HashSet<Poisson> fishSet;
fishSet = new HashSet<>();
return fishSet;
}
}

4
src/ecoparasite/poisson/PartiePoisson.java
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@@ -1,4 +0,0 @@
package ecoparasite.poisson;
public abstract class PartiePoisson {
}

69
src/ecoparasite/poisson/Poisson.java
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@@ -1,69 +0,0 @@
package ecoparasite.poisson;
import java.util.HashSet;
public class Poisson{
private String specie;
private Double length;
private Double weight;
private Double infestation;
protected HashSet<PartiePoisson> fishParts;
/**
* Constructeur de l'objet Poisson
* @param specie Une String representant l'espece du poisson
* @param length Un Wrapper Double representant la longueur/taille du poisson
* @param weight Un Wrapper Double representant le poids du poisson
* @param infestation Un Wrapper Double representant le taux de parasite du poisson
*/
public Poisson(String specie, Double length, Double weight, Double infestation){
this.specie = specie;
this.length = length;
this.weight = weight;
this.infestation = infestation;
this.fishParts = null;
}
/**
* Getter de l'attribut specie
* @return La string de l'attribut specie
*/
public String getSpecie() {
return specie;
}
/**
* Getter de l'attribut length
* @return Le Double de l'attribut length
*/
public Double getLength() {
return length;
}
/**
* Getter de l'attribut weight
* @return Le Double de l'attribut weight
*/
public Double getWeight() {
return weight;
}
/**
* Getter de l'attribut infestation
* @return Le Double de l'attribut infestation
*/
public Double getInfestation() {
return infestation;
}
/**
* Permet d'afficher les informations de notre poisson
* @return La string contenant les informations
*/
@Override
public String toString(){
String result = "[ %5s : %4d mm, %4d g, %4d taux d'infestation ]";
return String.format(result, this.getClass().getSimpleName(), this.getLength(), this.getWeight(), this.getInfestation());
}
}

21
tests/ecoparasite/input/InputFactoryTest.java Normal file
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@@ -0,0 +1,21 @@
package ecoparasite.input;
import org.junit.jupiter.api.Test;
import java.io.IOException;
import static org.junit.jupiter.api.Assertions.*;
class InputFactoryTest {
// TODO : Test a être effectué par Sébastien.
@Test
void readFile() throws InputFileException, RawDataOverflow {
RawData r = InputFactory.readData( InputFactory.DATA_MACKEREL );
System.out.println( r );
System.out.println( r.getColumnsNames() );
System.out.println( r.getDataFromColumn( "Sample_codE" ) );
System.out.println( r.getEntry( 2 ) );
}
}