Supprimer src/ecoparasite/input/RawData.java

javadoc

EcoParasite.iml

@@ -4,11 +4,9 @@
     <exclude-output />
     <content url="file://$MODULE_DIR$">
       <sourceFolder url="file://$MODULE_DIR$/src" isTestSource="false" />
-      <sourceFolder url="file://$MODULE_DIR$/tests" isTestSource="true" />
     </content>
     <orderEntry type="inheritedJdk" />
     <orderEntry type="sourceFolder" forTests="false" />
     <orderEntry type="library" name="javafx-swt" level="application" />
-    <orderEntry type="library" name="junit.jupiter" level="project" />
   </component>
 </module>

Projet.iml

@@ -0,0 +1,11 @@
+<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
+<module type="JAVA_MODULE" version="4">
+  <component name="NewModuleRootManager" inherit-compiler-output="true">
+    <exclude-output />
+    <content url="file://$MODULE_DIR$">
+      <sourceFolder url="file://$MODULE_DIR$/src" isTestSource="false" />
+    </content>
+    <orderEntry type="inheritedJdk" />
+    <orderEntry type="sourceFolder" forTests="false" />
+  </component>
+</module>

src/ecoparasite/input/DataParsing.java

@@ -0,0 +1,10 @@
+package ecoparasite.input;
+
+import ecoparasite.poisson.Poisson;
+
+import java.util.HashSet;
+
+public interface DataParsing {
+
+    public HashSet<Poisson> parse(RawData data);
+}

src/ecoparasite/input/InputFactory.java

@@ -1,105 +0,0 @@
-package ecoparasite.input;
-
-import java.io.BufferedReader;
-import java.io.IOException;
-import java.nio.charset.StandardCharsets;
-import java.nio.file.Files;
-import java.nio.file.Path;
-import java.nio.file.Paths;
-import java.util.ArrayList;
-import java.util.HashMap;
-
-public class InputFactory {
-
-    final private static String DATA_FOLDER = "data/";
-
-    final public static String DATA_MACKEREL = "Campagne/mackerel.97442.csv";
-    final public static String DATA_MERLU = "Campagne/merlu2018_75164.csv";
-
-    /**
-     * Construit le chemin vers le fichier de données voulu.
-     * @param data De préference via une constante DATA_... de notre classe actuelle.
-     * @return Le chemin complet vers le dossier
-     */
-    public static String buildDataPath( String data ){
-        return InputFactory.DATA_FOLDER + data;
-    }
-
-    /**
-     * Permet de lire les données brutes d'un fichier CSV.
-     * @param dataFileName Le chemin du fichier CSV, tiré des constantes DATA_... de notre classe actuelle.
-     * @return Une instance de RawData permettant de manipuler les données.
-     * @throws IOException
-     */
-    public static RawData readData( String dataFileName ) throws InputFileException {
-        return readData( dataFileName, ";" );
-    }
-
-    /**
-     * Permet de lire les données brutes d'un fichier CSV.
-     * @param dataFileName Le chemin du fichier CSV, tiré des constantes DATA_... de notre classe actuelle.
-     * @param separator Le séparateur du fichier CSV, par défaut : ;
-     * @return Une instance de RawData permettant de manipuler les données.
-     *
-     * @throws InputFileException - Une erreur durant la lecture du fichier.
-     */
-    public static RawData readData( String dataFileName, String separator ) throws InputFileException {
-
-        Path path = Paths.get(InputFactory.buildDataPath(dataFileName));
-
-        BufferedReader reader;
-        try {
-            reader = Files.newBufferedReader(path, StandardCharsets.UTF_8);
-        } catch (IOException e) {
-            throw new InputFileException(dataFileName);
-        }
-
-        return createRawData(dataFileName, reader, separator);
-    }
-
-    /**
-     * Fonction appellé par readData, permet de créer l'instance de RawData stockant les données.
-     *
-     * @param dataFileName Le nom du fichier.
-     * @param reader Le BufferedReader des données.
-     * @param separator Le séparateur du fichier CSV, par défaut ";"
-     * @return L'instance RawData.
-     *
-     * @throws InputFileException Si une erreur durant la lecture d'une ligne s'est produite.
-     */
-    private static RawData createRawData( String dataFileName, BufferedReader reader, String separator ) throws InputFileException {
-
-        ArrayList<ArrayList<String>> data = new ArrayList<>();
-        String line;
-
-        // Lecture de la première ligne, le nom des colonnes.
-        try {
-            line = reader.readLine();
-        } catch (IOException e) {
-            throw new InputFileException( dataFileName );
-        }
-        String[] rowFields = line.split(separator);
-
-        for( int i = 0; i < rowFields.length; i++ ){
-            ArrayList<String> element = new ArrayList<>();
-            element.add(rowFields[i]);
-            data.add( element );
-        }
-
-        // Lecture des autres lignes.
-        try {
-            while ((line = reader.readLine()) != null) {
-                rowFields = line.split(separator);
-                for (int i = 0; i < rowFields.length; i++) {
-                    ArrayList<String> element = data.get(i);
-                    element.add(rowFields[i]);
-                }
-            }
-        } catch (Exception e) {
-            throw new InputFileException( dataFileName );
-        }
-
-        return new RawData(data);
-    }
-
-}

src/ecoparasite/input/InputFileException.java

@@ -1,19 +0,0 @@
-package ecoparasite.input;
-
-/**
- * Est déclenché si une erreur est survenue lors de la lecture d'un fichier.
- */
-public class InputFileException extends Exception {
-
-    final private String dataFilePath;
-
-    public InputFileException(String dataFilePath) {
-        this.dataFilePath = dataFilePath;
-    }
-
-    @Override
-    public String getMessage(){
-        return "Une erreur a été déclenché durant la lecture du fichier d'entrée : " + dataFilePath;
-    }
-
-}

src/ecoparasite/input/RawData.java

@@ -1,122 +0,0 @@
-package ecoparasite.input;
-
-import java.util.ArrayList;
-import java.util.HashMap;
-import java.util.HashSet;
-
-/**
- * Permet de stocker les données brutes d'un fichier chargé CSV, avant d'être changé en Classe plus spécifique.
- */
-public class RawData {
-
-    /**
-     * Stocke les données brutes sous formes de deux ArrayList.
-     */
-    final private ArrayList<ArrayList<String>> data;
-
-    /**
-     * Constructeur.
-     * @param data ArrayList qui demande des ArrayList<String> pour faire des lignes/colonnes.
-     */
-    public RawData(ArrayList<ArrayList<String>> data) {
-        this.data = data;
-    }
-
-    /**
-     * Getter des données brutes. À n'utiliser que pour des opérations compliquées non descriptibles par une fonction.
-     * @return ArrayList d'ArrayList de String qui contient les données brutes.
-     */
-    public ArrayList<ArrayList<String>> getData() {
-        return data;
-    }
-
-    /**
-     * Permet d'avoir un affichage debug du contenu de notre jeu de données.
-     * @return La string symbolisant nos données.
-     */
-    @Override
-    public String toString()
-    {
-        StringBuilder sb = new StringBuilder();
-        for( int i = 0; i < data.size(); i++ )
-        {
-            ArrayList<String> row = data.get(i);
-            for( int j = 0; j < row.size(); j++ ){
-                sb.append(row.get(j)).append(" | ");
-            }
-            sb.append(System.lineSeparator());
-        }
-        return sb.toString();
-    }
-
-    /**
-     * Permet d'obtenir le nom des colonnes de notre jeu de données.
-     *
-     * @return HashSet du nom des colonnes
-     */
-    public HashSet<String> getColumnsNames(){
-
-        HashSet<String> columns = new HashSet<>();
-        for (ArrayList<String> row : data) {
-            for (String colName : row) {
-                columns.add(colName);
-                break;
-            }
-        }
-
-        return columns;
-    }
-
-    /**
-     * Permet d'avoir toutes les valeurs associées à la colonne.
-     * @param colName Le nom de la colonne dans le fichier CSV
-     * @return HashSet des données brutes.
-     */
-    public HashSet<String> getDataFromColumn( String colName ){
-
-        boolean goodColumn = false;
-        HashSet<String> rows = new HashSet<>();
-
-        for( ArrayList<String> row : data ){
-            for( String value : row ) {
-                if( !goodColumn ) {
-                    if (colName.equals(value))
-                        goodColumn = true;
-                    else
-                        break;
-                } else { // Si on a trouvé la bonne colonne, on ajoute les éléments.
-                    rows.add(value);
-                }
-            }
-            if( goodColumn )
-                break;
-        }
-
-        return rows;
-    }
-
-    /**
-     * Permet d'obtenir tous les champs d'une entrée.
-     * @param index Entrée que vous voulez obtenir, le minimum est l'entrée 1. Le maximum dépend du Dataframe.
-     * @return Une HashMap <colonne, valeur>.
-     * @throws RawDataOverflow Si vous avez dépasses le maximum d'entrées du DataFrame.
-     */
-    public HashMap<String,String> getEntry(int index) throws RawDataOverflow {
-
-        if( index <= 0 ){
-            index = 1; // 0 = nombre de colonnes, fallback.
-        }
-
-        HashMap<String,String> entry = new HashMap<>();
-
-        for( ArrayList<String> row : data ){
-            if( index > row.size()){
-                throw new RawDataOverflow( index, row.size() );
-            }
-            entry.put( row.getFirst(), row.get( index ) );
-        }
-
-        return entry;
-    }
-
-}

src/ecoparasite/input/RawDataOverflow.java

@@ -1,22 +0,0 @@
-package ecoparasite.input;
-
-/**
- * Est déclenché lors du dépassement d'index lors de la récupération d'une entrée d'un RawData.
- */
-public class RawDataOverflow extends Exception {
-
-    final private int excepted;
-    final private int limit;
-
-    public RawDataOverflow( int excepted, int limit ) {
-        this.excepted = excepted;
-        this.limit = limit;
-    }
-
-    @Override
-    public String getMessage()
-    {
-        return "Dépassement d'index : " + this.excepted + " voulu, " + this.limit + " maximum autorisé par le RawData.";
-    }
-
-}

src/ecoparasite/poisson/Mackerel.java

@@ -0,0 +1,22 @@
+package ecoparasite.poisson;
+
+import ecoparasite.input.DataParsing;
+import ecoparasite.input.RawData;
+
+import java.util.HashSet;
+
+public class Mackerel extends Poisson implements DataParsing {
+    public Mackerel(String species, Double length, Double infestation) {
+        super(species, length, null, infestation);
+    }
+
+    @Override
+    public HashSet<Poisson> parse(RawData data) {
+
+        HashSet<Poisson> fishSet;
+        fishSet = new HashSet<>();
+
+
+        return fishSet;
+    }
+}

src/ecoparasite/poisson/Merlu.java

@@ -0,0 +1,33 @@
+package ecoparasite.poisson;
+
+import ecoparasite.input.DataParsing;
+import ecoparasite.input.RawData;
+
+import java.util.HashSet;
+
+public class Merlu extends Poisson implements DataParsing {
+
+    /**
+     * Construteur d'un merlu
+     * @param length Un Wrapper Double representant la longueur/taille du poisson
+     * @param infestation Un Wrapper Double representant le taux de parasite du poisson
+     */
+    public Merlu(Double length, Double infestation) {
+        super("Merlu", length, null, infestation);
+    }
+
+    /**
+     * Implémentation de la fonction parse de Dataparsing
+     * @param data
+     * @return tableau des poissons
+     */
+    @Override
+    public HashSet<Poisson> parse(RawData data) { //TODO
+
+        HashSet<Poisson> fishSet;
+        fishSet = new HashSet<>();
+
+
+        return fishSet;
+    }
+}

src/ecoparasite/poisson/PartiePoisson.java

@@ -0,0 +1,4 @@
+package ecoparasite.poisson;
+
+public abstract class PartiePoisson {
+}

src/ecoparasite/poisson/Poisson.java

@@ -0,0 +1,69 @@
+package ecoparasite.poisson;
+
+import java.util.HashSet;
+
+public class Poisson{
+
+    private String specie;
+    private Double length;
+    private Double weight;
+    private Double infestation;
+    protected HashSet<PartiePoisson> fishParts;
+
+    /**
+     * Constructeur de l'objet Poisson
+     * @param specie Une String representant l'espece du poisson
+     * @param length Un Wrapper Double representant la longueur/taille du poisson
+     * @param weight Un Wrapper Double representant le poids du poisson
+     * @param infestation Un Wrapper Double representant le taux de parasite du poisson
+     */
+    public Poisson(String specie, Double length, Double weight, Double infestation){
+        this.specie = specie;
+        this.length = length;
+        this.weight = weight;
+        this.infestation = infestation;
+        this.fishParts = null;
+    }
+
+    /**
+     * Getter de l'attribut specie
+     * @return La string de l'attribut specie
+     */
+    public String getSpecie() {
+        return specie;
+    }
+
+    /**
+     * Getter de l'attribut length
+     * @return Le Double de l'attribut length
+     */
+    public Double getLength() {
+        return length;
+    }
+
+    /**
+     * Getter de l'attribut weight
+     * @return Le Double de l'attribut weight
+     */
+    public Double getWeight() {
+        return weight;
+    }
+
+    /**
+     * Getter de l'attribut infestation
+     * @return Le Double de l'attribut infestation
+     */
+    public Double getInfestation() {
+        return infestation;
+    }
+
+    /**
+     * Permet d'afficher les informations de notre poisson
+     * @return La string contenant les informations
+     */
+    @Override
+    public String toString(){
+        String result = "[ %5s : %4d mm, %4d g, %4d taux d'infestation ]";
+        return String.format(result, this.getClass().getSimpleName(), this.getLength(), this.getWeight(), this.getInfestation());
+    }
+}

tests/ecoparasite/input/InputFactoryTest.java

@@ -1,21 +0,0 @@
-package ecoparasite.input;
-
-import org.junit.jupiter.api.Test;
-
-import java.io.IOException;
-
-import static org.junit.jupiter.api.Assertions.*;
-
-class InputFactoryTest {
-
-    // TODO : Test a être effectué par Sébastien.
-    @Test
-    void readFile() throws InputFileException, RawDataOverflow {
-        RawData r = InputFactory.readData( InputFactory.DATA_MACKEREL );
-        System.out.println( r );
-        System.out.println( r.getColumnsNames() );
-        System.out.println( r.getDataFromColumn( "Sample_codE" ) );
-        System.out.println( r.getEntry( 2 ) );
-    }
-
-}