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data/testNettoie.csv

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+TRACTRA_S0670_A0765;S0670;49.9406453;-2.5046981;66.38;-18.39954403;-18.16590933;13.53933859;3.589530001;219;3.44755523;45;1;0;4;50;0;4;4;54
+TRACTRA_S0670_A0766;S0670;49.9406453;-2.5046981;66.38;-22.61073263;-18.6255476;12.78760162;7.378974781;231;3.226456121;80;1;0;2;83;5;9;14;97
+TRACTRA_S0670_A0767;S0670;49.9406453;-2.5046981;66.38;-18.96116815;-18.96116815;12.2484873;3.306833193;288;3.067893087;64;0;0;0;64;8;18;26;90
+TRACTRA_S0670_A0768;S0670;49.9406453;-2.5046981;66.38;-19.73216097;-19.37320368;12.70497102;3.716118472;229;3.202153002;8;0;0;0;8;0;1;1;9
+TRACTRA_S0670_A0769;S0670;49.9406453;-2.5046981;66.38;-19.16557551;-19.16557551;12.74729401;3.415841427;239;3.214600941;81;3;36;0;120;6;9;15;135
+TRACTRA_S0670_A0770;S0670;49.9406453;-2.5046981;66.38;-18.85003405;-18.85003405;13.00526273;3.264809579;243;3.290474094;192;1;6;0;199;18;19;37;236
+TRACTRA_S0670_A0771;S0670;49.9406453;-2.5046981;66.38;-18.87285623;-18.87285623;11.61767317;3.362037589;241;2.882359518;28;2;17;3;50;1;2;3;53
+TRACTRA_S0670_A0772;S0670;49.9406453;-2.5046981;66.38;-20.42774137;-18.87583805;12.42181004;4.921114462;224;3.118870361;3;16;3;1;23;0;0;0;23
+TRACTRA_S0670_A0773;S0670;49.9406453;-2.5046981;66.38;-18.57716014;-18.24889867;14.27092176;3.685112599;230;3.662726749;19;1;5;2;27;0;0;0;27
+TRACTRA_S0670_A0774;S0670;49.9406453;-2.5046981;66.38;-18.91850059;-18.38588965;14.00892228;3.891526197;234;3.585668078;2;0;0;6;8;0;0;0;8
+TRACTRA_S0705_A0775;S0705;49.9998717;-0.7750398;59.36;-19.22709617;-19.0603341;12.51350986;3.521981887;251;3.145733742;98;8;0;0;106;11;3;14;120
+TRACTRA_S0705_A0776;S0705;49.9998717;-0.7750398;59.36;-20.77205862;-19.64910728;14.18929884;4.487829645;215;3.638612855;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0705_A0777;S0705;49.9998717;-0.7750398;59.36;-19.9693132;-18.92818389;13.0183627;4.405181126;215;3.294219873;5;0;0;1;6;0;0;0;6
+TRACTRA_S0705_A0778;S0705;49.9998717;-0.7750398;59.36;-18.89369387;-18.89369387;13.11711635;3.426883767;236;3.323265064;111;9;2;2;124;29;28;57;181
+TRACTRA_S0705_A0779;S0705;49.9998717;-0.7750398;59.36;-18.92842328;-18.22356212;13.5907308;4.065516322;229;3.462563431;44;2;1;1;48;2;12;14;62
+TRACTRA_S0705_A0780;S0705;49.9998717;-0.7750398;59.36;-18.87583303;-18.71659415;12.63241731;3.51438271;261;3.180706523;96;1;13;3;113;9;7;16;129
+TRACTRA_S0705_A0781;S0705;49.9998717;-0.7750398;59.36;-19.76589811;-18.66433058;15.14962771;4.466229823;207;3.921062522;0;1;0;1;2;0;0;0;2
+TRACTRA_S0705_A0782;S0705;49.9998717;-0.7750398;59.36;-18.77561389;-18.16356616;14.4432368;3.971765386;254;3.71330049;20;3;13;0;36;1;1;2;38
+TRACTRA_S0705_A0783;S0705;49.9998717;-0.7750398;59.36;-19.35112977;-18.1144013;14.06535293;4.602756025;228;3.602158177;32;0;0;0;32;4;7;11;43
+TRACTRA_S0705_A0784;S0705;49.9998717;-0.7750398;59.36;-18.20109028;-17.73148198;14.78585151;3.827887172;251;3.814069521;0;0;0;6;6;0;0;0;6
+TRACTRA_S0601_A0715;S0601;50.0395506;-4.3793424;74.88;-18.23504384;-18.23504384;12.2973445;3.424281959;155;3.161278164;4;0;0;0;4;0;0;0;4
+TRACTRA_S0601_A0716;S0601;50.0395506;-4.3793424;74.88;-18.88442269;-18.88442269;12.35666615;3.350603714;152;3.178725708;1;0;0;2;3;0;0;0;3
+TRACTRA_S0601_A0717;S0601;50.0395506;-4.3793424;74.88;-18.29820531;-18.06396027;12.98105165;3.590146502;154;3.362368502;0;0;0;1;1;0;0;0;1
+TRACTRA_S0601_A0718;S0601;50.0395506;-4.3793424;74.88;-19.62558306;-18.95671633;13.34603061;4.029158314;156;3.469715256;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0601_A0719;S0601;50.0395506;-4.3793424;74.88;-20.07659542;-18.94064042;12.474304;4.500964647;159;3.213325075;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0601_A0720;S0601;50.0395506;-4.3793424;74.88;-18.89823926;-18.55339871;13.00216613;3.701859148;150;3.368578645;3;0;0;2;5;0;0;0;5
+TRACTRA_S0601_A0721;S0601;50.0395506;-4.3793424;74.88;-17.76626731;-17.76626731;12.53262019;3.313925804;145;3.230476898;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0601_A0722;S0601;50.0395506;-4.3793424;74.88;-18.21530588;-18.21530588;12.60300181;3.423564038;152;3.251177374;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0601_A0723;S0601;50.0395506;-4.3793424;74.88;-18.81533984;-18.22521349;12.76487953;3.949622567;160;3.298788469;0;0;0;1;1;0;0;0;1
+TRACTRA_S0601_A0724;S0601;50.0395506;-4.3793424;74.88;-18.39196061;-18.19326953;12.75482502;3.554233413;147;3.295831258;1;0;0;0;1;0;0;0;1
+TRACTRA_S0718_A0453;S0718;50.0998065;-1.1453948;55.61;-18.66460368;-18.66460368;12.90165426;3.445225076;231;3.267606025;36;1;0;0;37;2;9;11;48
+TRACTRA_S0718_A0785;S0718;50.0998065;-1.1453948;55.61;-18.85995673;-18.50810575;13.29144678;3.70894039;206;3.382250883;1;0;0;0;1;0;0;0;1
+TRACTRA_S0718_A0786;S0718;50.0998065;-1.1453948;55.61;-19.93855287;-18.51682147;12.26561804;4.789627677;213;3.080536549;13;0;0;0;13;4;4;8;21
+TRACTRA_S0718_A0787;S0718;50.0998065;-1.1453948;55.61;-19.29556272;-18.58424925;13.6320461;4.072033803;217;3.482427155;1;0;0;0;1;0;0;0;1
+TRACTRA_S0718_A0788;S0718;50.0998065;-1.1453948;55.61;-18.65654164;-17.87326585;13.75296894;4.144723017;215;3.517992695;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0718_A0789;S0718;50.0998065;-1.1453948;55.61;-18.65654164;-17.87326585;13.75296894;4.144723017;212;3.517992695;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0718_A0790;S0718;50.0998065;-1.1453948;55.61;-20.30767685;-18.92634633;14.50772898;4.748818703;216;3.739980943;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0718_A0791;S0718;50.0998065;-1.1453948;55.61;-19.14771467;-18.81564248;13.41640037;3.688961812;206;3.419001941;5;0;0;0;5;0;0;0;5
+TRACTRA_S0718_A0792;S0718;50.0998065;-1.1453948;55.61;-19.39677413;-18.69591383;13.03448575;4.061475047;205;3.306674109;9;0;0;1;10;0;0;0;10
+TRACTRA_S0718_A0793;S0718;50.0998065;-1.1453948;55.61;-21.2999456;-18.95534509;13.954507;5.721818697;206;3.577268596;3;0;0;0;3;0;1;1;4
+TRACTRA_S0718_A0794;S0718;50.0998065;-1.1453948;55.61;-20.11815351;-19.18867431;13.2057931;4.29240324;206;3.357058625;2;1;0;0;3;0;0;0;3
+TRACTRA_S0648_A0755;S0648;50.1032755;-2.8780274;65.63;-18.14599476;-17.96730786;12.90100688;3.534027181;150;3.272095952;1;0;0;0;1;0;0;0;1
+TRACTRA_S0648_A0756;S0648;50.1032755;-2.8780274;65.63;-19.88316505;-18.41350538;12.80469311;4.838040066;153;3.243768372;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0648_A0757;S0648;50.1032755;-2.8780274;65.63;-17.38980316;-17.38980316;13.74375238;3.233544264;144;3.519962276;0;0;0;0;0;0;1;1;1
+TRACTRA_S0648_A0758;S0648;50.1032755;-2.8780274;65.63;-18.19627608;-18.19627608;12.25189219;3.175007351;149;3.081179867;0;0;1;0;1;0;0;0;1
+TRACTRA_S0648_A0759;S0648;50.1032755;-2.8780274;65.63;-20.22330338;-18.62749624;12.36124845;4.965461761;156;3.113343473;0;0;0;1;1;0;0;0;1
+TRACTRA_S0648_A0760;S0648;50.1032755;-2.8780274;65.63;-18.55830703;-18.20627505;12.64148653;3.709123215;148;3.195766435;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0648_A0761;S0648;50.1032755;-2.8780274;65.63;-18.58509829;-18.15123475;12.93673979;3.791781348;158;3.282605629;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0648_A0762;S0648;50.1032755;-2.8780274;65.63;-19.22411937;-18.51036414;13.00526273;4.074500229;156;3.302759436;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0648_A0763;S0648;50.1032755;-2.8780274;65.63;-20.13006074;-17.89104792;12.99518582;5.615164463;152;3.299795641;0;0;0;0;0;0;0;0;50000
+TRACTRA_S0648_A0764;S0648;50.1032755;-2.8780274;65.63;-17.69007187;-17.69007187;12.89139372;3.154829903;144;3.269268552;21;0;0;0;21;0;0;0;21

src/ecoparasite/completion/Completion.java

@@ -4,15 +4,19 @@ import ecoparasite.poisson.Poisson;
 
 import java.util.HashSet;
 
+
+/**
+ * Class incluant des méthodes Statiques de Completion des données
+ */
 public class Completion {
 
-    public static HashSet<Poisson> completePoisson(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+    //TODO mais après remaniment
+    public static HashSet<Poisson> completePoissonMean(HashSet<Poisson> tablePoisson){
 
-        double mean = mean(tablePoisson);
+        Double mean = mean(tablePoisson);
 
         for (Poisson p : tablePoisson) {
-
+            if ( p.getInfestation() == null ) {
-            if ( p.getInfestation().isNaN() ) {
                 p.setInfestation(mean);
             }
         }
@@ -20,13 +24,15 @@ public class Completion {
         return tablePoisson;
     }
 
-    private static double mean(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+    private static Double mean(HashSet<Poisson> tablePoisson){
 
-        double mean = 0.0;
+        Double mean = 0.0;
 
         for (Poisson p : tablePoisson){
+            if (p.getInfestation() != null) {
                 mean += p.getInfestation();
             }
+        }
 
         return mean / tablePoisson.size();
     }

src/ecoparasite/nettoyage/Nettoyage.java

@@ -4,24 +4,27 @@ import ecoparasite.poisson.Poisson;
 
 import java.util.HashSet;
 
+/**
+ * Class Définissant les méthodes statics de Nettoyage des données
+ */
 public class Nettoyage {
 
     /**
-     *
+     * Methode Static de nettoyage des valeurs abérrante et absurde
-     * @param tablePoisson
+     * @param tablePoisson Un Hashset de Poisson contenant nos données
-     * @return
+     * @return Le Hashset de Poisson une fois qu'il est nettoyé
      */
-    public static HashSet<Poisson> nettoiePoisson(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+    public static HashSet<Poisson> nettoiePoissonMean(HashSet<Poisson> tablePoisson){
 
-        double mean = mean(tablePoisson); //Moyenne
+        Double mean = mean(tablePoisson); //Moyenne
-        double ecart = ecartType(tablePoisson); // Ecart Type
+        Double ecart = ecartType(tablePoisson); // Ecart Type
 
-        double z = 0;
+        Double z = 0.0;
 
         for (Poisson p : tablePoisson) {
             z = ( p.getInfestation() - mean ) / ecart;
 
-            if ( z >= 3 ) {
+            if ( z >= 2.5 ) {
                 p.setInfestation(mean);
             }
         }
@@ -29,9 +32,14 @@ public class Nettoyage {
         return tablePoisson;
     }
 
-    private static double mean(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+    /**
+     * Methode Privée permettant de calculer la moyenne
+     * @param tablePoisson Un Hashset de Poisson contenant nos données
+     * @return Un Double correspondant à la moyenne
+     */
+    private static Double mean(HashSet<Poisson> tablePoisson){
 
-        double mean = 0.0;
+        Double mean = 0.0;
 
         for (Poisson p : tablePoisson){
             mean += p.getInfestation();
@@ -40,10 +48,15 @@ public class Nettoyage {
         return mean / tablePoisson.size();
     }
 
-    private static double variance(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+    /**
+     * Methode Privée permettant de calculer la variance
+     * @param tablePoisson Un Hashset de Poisson contenant nos données
+     * @return Un Double correspondant à la variance
+     */
+    private static Double variance(HashSet<Poisson> tablePoisson){
 
-        double vari = 0.0;
+        Double vari = 0.0;
-        double mean = mean(tablePoisson);
+        Double mean = mean(tablePoisson);
 
         for (Poisson p : tablePoisson) {
             vari += Math.pow( (p.getInfestation() - mean), 2);
@@ -52,9 +65,14 @@ public class Nettoyage {
         return vari / tablePoisson.size();
     }
 
-    private static double ecartType(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+    /**
+     * Methode Privée permettant de calculer l'écart-type
+     * @param tablePoisson Un Hashset de Poisson contenant nos données
+     * @return Un Double correspondant à l'écart-type
+     */
+    private static Double ecartType(HashSet<Poisson> tablePoisson){
 
-        double vari = variance(tablePoisson);
+        Double vari = variance(tablePoisson);
 
         return Math.sqrt(vari);
     }

src/ecoparasite/poisson/Mackerel.java

@@ -7,6 +7,7 @@ import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
 
 import java.util.HashMap;
 import java.util.HashSet;
+import java.util.Objects;
 
 import static java.lang.Double.valueOf;
 
@@ -54,7 +55,12 @@ public class Mackerel extends Poisson implements DataParsing {
 
         for (int i = 0; i < data.getData().getFirst().size(); i++) {
             temp = data.getEntry(i);
-            Poisson newP = new Mackerel(temp.get("Sample_code"),valueOf(temp.get("StandardLength")),valueOf(temp.get("NParasitesViscera")));
+
+            String id = !Objects.equals(temp.get("Sample_code"), "") ? temp.get("Sample_code") : null;
+            Double size = !Objects.equals(temp.get("StandardLength"), "") ? valueOf(temp.get("StandardLength")) : null;
+            Double infes = !Objects.equals(temp.get("NParasitesTotal"), "") ? valueOf(temp.get("NParasitesTotal")) : null;
+
+            Poisson newP = new Mackerel(id,size,infes);
             newP.setFishParts( Mackerel.parsePartiePoisson(temp) );
             fishSet.add(newP);
         }
@@ -63,6 +69,11 @@ public class Mackerel extends Poisson implements DataParsing {
         return fishSet;
     }
 
+    /**
+     *
+     * @param entry
+     * @return
+     */
     private static HashSet<PartiePoisson> parsePartiePoisson(HashMap<String,String> entry){
 
         HashSet<PartiePoisson> response = new HashSet<>();
@@ -70,7 +81,7 @@ public class Mackerel extends Poisson implements DataParsing {
         for( String k: entry.keySet() ){
             if( k.contains( "Anisakis_" ) ){
                 String bodyPart = k.split( "Anisakis_" )[1];
-                Double value = valueOf(entry.get(k));
+                Double value = !Objects.equals(entry.get(k), "") ? valueOf(entry.get(k)) : null;
                 PartiePoisson p = new PartiePoisson(bodyPart, value);
                 response.add(p);
             }

tests/ecoparasite/completion/CompletionTest.java

@@ -15,13 +15,15 @@ import static org.junit.jupiter.api.Assertions.*;
 class CompletionTest {
 
     @org.junit.jupiter.api.Test
-    void completePoisson() throws InputFileException, RawDataOverflow {
+    void completePoissonMean() throws InputFileException, RawDataOverflow {
 
-        RawData test = InputFactory.readData("test.csv");
+        RawData test = InputFactory.readData("testComplete.csv");
 
         HashSet<Poisson> testp = Mackerel.parse(test);
 
-        testp = Completion.completePoisson(testp);
+        System.out.println(testp);
+
+        testp = Completion.completePoissonMean(testp);
 
         System.out.println(testp);
     }

tests/ecoparasite/input/InputFactoryTest.java

@@ -23,7 +23,7 @@ class InputFactoryTest {
 
     @org.junit.jupiter.api.Test
     void readData() throws InputFileException {
-        RawData test = InputFactory.readData("test.csv");
+        RawData test = InputFactory.readData("testComplete.csv");
 
         System.out.println(test.getData());
 

tests/ecoparasite/input/RawDataTest.java

@@ -11,7 +11,7 @@ class RawDataTest {
 
     @Test
     void getColumnsNames() throws InputFileException {
-        RawData test = InputFactory.readData("test.csv");
+        RawData test = InputFactory.readData("testComplete.csv");
 
         HashSet<String> d = new HashSet<>();
 
@@ -27,7 +27,7 @@ class RawDataTest {
 
     @Test
     void getDataFromColumn() throws InputFileException {
-        RawData test = InputFactory.readData("test.csv");
+        RawData test = InputFactory.readData("testComplete.csv");
 
         System.out.println(test.getDataFromColumn("Sample_code"));
 
@@ -35,7 +35,7 @@ class RawDataTest {
 
     @Test
     void getEntry() throws InputFileException, RawDataOverflow {
-        RawData test = InputFactory.readData("test.csv");
+        RawData test = InputFactory.readData("testComplete.csv");
 
         System.out.println(test.getEntry(2));
     }

tests/ecoparasite/nettoyage/NettoyageTest.java

@@ -0,0 +1,30 @@
+package ecoparasite.nettoyage;
+
+import ecoparasite.completion.Completion;
+import ecoparasite.input.InputFactory;
+import ecoparasite.input.InputFileException;
+import ecoparasite.input.RawData;
+import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
+import ecoparasite.poisson.Mackerel;
+import ecoparasite.poisson.Poisson;
+import org.junit.jupiter.api.Test;
+
+import java.util.HashSet;
+
+class NettoyageTest {
+
+    @org.junit.jupiter.api.Test
+    void nettoiePoissonMean() throws InputFileException, RawDataOverflow {
+
+        RawData test = InputFactory.readData("testNettoie.csv");
+
+        HashSet<Poisson> testp = Mackerel.parse(test);
+
+        System.out.println(testp);
+
+        testp = Nettoyage.nettoiePoissonMean(testp);
+
+        System.out.println(testp);
+    }
+
+}