JavaDoc et Gradation des axes Dones

Reviewed-on: #16

src/ecoparasite/Application.java

@@ -6,20 +6,76 @@ import ecoparasite.input.InputFileException;
 import ecoparasite.input.RawData;
 import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
 import ecoparasite.nettoyage.Nettoyage;
+import ecoparasite.poisson.Mackerel;
 import ecoparasite.poisson.MackerelSerra;
+import ecoparasite.poisson.Merlu;
 import ecoparasite.poisson.Poisson;
+import ecoparasite.population.Population;
+import ecoparasite.population.PopulationArgInterval;
+import ecoparasite.population.PopulationParsing;
 import ecoparasite.representation.ValeursXY;
+import ecoparasite.svg.IncorrectAxesPointsException;
+import ecoparasite.svg.SVGBuilder;
+import ecoparasite.svg.SVGFactory;
+import ecoparasite.svg.elements.Element;
 
-import java.util.HashSet;
+import java.io.File;
+import java.util.*;
 import java.util.function.BiConsumer;
 import java.util.function.Function;
 
 public class Application {
-    public static void main(String[] args) throws InputFileException, RawDataOverflow {
 
-        RawData rawMackerel = InputFactory.readData("test2.csv", ",");
+    static final String[] VALID_FILES = {"Campagne/mackerel.97442.csv", "Campagne/merlu2018_75164.csv","Combinés/ParasitesPeru2021.csv"};
 
-        HashSet<Poisson> mackerelSet = MackerelSerra.parse(rawMackerel);
+    public static void validFileName(File dir, HashSet<String> listeName){
+
+        File[] liste = dir.listFiles();
+
+        for (File item : liste) {
+            if (!item.isDirectory()){
+                listeName.add(item.getName());
+            } else {
+                validFileName(new File(dir.getName()+ "/" + item.getName()), listeName);
+            }
+        }
+
+    }
+
+    public static String validFile(){
+
+        Scanner sc = new Scanner(System.in);
+        String name = "";
+        boolean isValid = false;
+
+        /*
+        File dir = new File("data");
+
+        HashSet<String> listeName = new HashSet<>();
+
+        Application.validFileName(dir,listeName);
+        */
+
+        while (!isValid) {
+            System.out.println("Veuillez rentrez le nom du fichier :");
+            name = sc.nextLine();
+
+            for (int i = 0; i < 3; i++) {
+                if (name.contains(VALID_FILES[i])){
+                    isValid = true;
+                    break;
+                }
+            }
+        }
+
+        return name;
+    }
+
+    public static void MackerelFile(String name) throws InputFileException, RawDataOverflow {
+
+        RawData rawMackerel = InputFactory.readData(name);
+
+        HashSet<Poisson> mackerelSet = Mackerel.parse(rawMackerel);
 
         System.out.println( mackerelSet );
 
@@ -27,10 +83,140 @@ public class Application {
         Function<Poisson,Double> getInfes = Poisson::getInfestation;
         BiConsumer<Poisson,Double> setInfes = Poisson::setInfestation;
 
+        mackerelSet = Nettoyage.nettoieColumns( mackerelSet, getInfes, setInfes, false );
         mackerelSet = Completion.completeColumnsLinear( mackerelSet, getLength, getInfes, setInfes );
-        mackerelSet = Nettoyage.nettoieColumnsLinear( mackerelSet, getLength, getInfes, setInfes, false );
 
         HashSet<ValeursXY> mackerelXY = ValeursXY.convertToXY( mackerelSet, getLength, getInfes );
+        HashMap<String, ArrayList<Double>> axes = SVGBuilder.calcPointAxes( mackerelXY );
+        System.out.println( axes );
+
+        SVGBuilder axesInstance;
+        try {
+            axesInstance = new SVGBuilder(axes);
+        } catch (IncorrectAxesPointsException e) {
+            System.out.println( "Mauvais format communiqué" );
+            return;
+        }
+
+        // Sauvegarde pour plus tard.
+        double[] ABCoef = Completion.getLinearCoef(mackerelSet, getLength, getInfes);
+
+        ArrayList<Element> SVGElements = axesInstance.buildAll( "Length", "Infestation", mackerelXY, ABCoef[0], ABCoef[1] );
+        SVGFactory.createSVG( SVGElements );
+    }
+
+    public static void MerluFile(String name) throws InputFileException, RawDataOverflow {
+
+        RawData rawMerlu = InputFactory.readData(name);
+
+        HashSet<Poisson> merluSet = Merlu.parse(rawMerlu);
+
+        System.out.println( merluSet );
+
+        Function<Poisson,Double> getLength = Poisson::getLength;
+        Function<Poisson,Double> getInfes = Poisson::getInfestation;
+        BiConsumer<Poisson,Double> setInfes = Poisson::setInfestation;
+
+        merluSet = Nettoyage.nettoieColumns( merluSet, getInfes, setInfes, false );
+        merluSet = Completion.completeColumnsLinear( merluSet, getLength, getInfes, setInfes );
+
+        HashSet<ValeursXY> merluXY = ValeursXY.convertToXY( merluSet, getLength, getInfes );
+        HashMap<String, ArrayList<Double>> axes = SVGBuilder.calcPointAxes( merluXY );
+        System.out.println( axes );
+
+        SVGBuilder axesInstance;
+        try {
+            axesInstance = new SVGBuilder(axes);
+        } catch (IncorrectAxesPointsException e) {
+            System.out.println( "Mauvais format communiqué" );
+            return;
+        }
+
+        // Sauvegarde pour plus tard.
+        double[] ABCoef = Completion.getLinearCoef(merluSet, getLength, getInfes);
+
+        ArrayList<Element> SVGElements = axesInstance.buildAll( "Length", "Infestation", merluXY, ABCoef[0], ABCoef[1] );
+        SVGFactory.createSVG( SVGElements );
+    }
+
+    public static void PopPeru(String name) throws InputFileException,RawDataOverflow{
+
+        RawData popRaw; int index;
+        try {
+            popRaw = InputFactory.readData(name , "," );
+        } catch(InputFileException e) {
+            System.out.println(e.getMessage());
+            return;
+        }
+
+        HashSet<Population> popSet = PopulationParsing.parseParasitesPeru(popRaw);
+
+        index = 1;
+        for( Population p: popSet){
+            System.out.println(String.valueOf(index++) + p);
+        }
+
+        // Nettoyage de la taille.
+        Function<Population,Double> getLength = population -> {
+            return population.getTotal().getLength() != null ? population.getTotal().getLength().transformToDouble() : null;
+        };
+        BiConsumer<Population,Double> setLength = (population, aDouble) -> {
+            population.getTotal().setLength(aDouble != null ? new PopulationArgInterval(aDouble,aDouble) : null);
+        };
+
+        Function<Population,Double> getInfes = population -> {
+            return population.getTotal().getAbondance() != null ? population.getTotal().getPrevalence().transformToDouble() : null;
+        };
+
+        popSet = Nettoyage.nettoieColumns(popSet, getLength, setLength, false);
+        System.out.println("---");
+        index = 1;
+        for( Population p: popSet){
+            System.out.println(String.valueOf(index++) + p);
+        }
+
+        // Complétion de la masse.
+        popSet = Completion.completeColumnsMoyenne(popSet, getLength, setLength);
+        System.out.println("---");
+        for( Population p: popSet){
+            System.out.println(String.valueOf(index++) + p);
+        }
+
+        HashSet<ValeursXY> popXY = ValeursXY.convertToXY( popSet, getLength, getInfes );
+        HashMap<String, ArrayList<Double>> axes = SVGBuilder.calcPointAxes( popXY );
+        System.out.println( axes );
+
+        SVGBuilder axesInstance;
+        try {
+            axesInstance = new SVGBuilder(axes);
+        } catch (IncorrectAxesPointsException e) {
+            System.out.println( "Mauvais format communiqué" );
+            return;
+        }
+
+
+        ArrayList<Element> elements = new ArrayList<>();
+
+        elements.addAll(axesInstance.buildAxes("Taille en mm", "Abondance"));
+        elements.addAll(axesInstance.buildXTicks());
+        elements.addAll(axesInstance.buildYTicks());
+        elements.addAll(axesInstance.buildPoints(popXY));
+
+        SVGFactory.createSVG(elements);
+    }
+
+    public static void main(String[] args) throws InputFileException, RawDataOverflow {
+
+        String nameFile = Application.validFile();
+
+        if (nameFile.contains("mackerel")) {
+            MackerelFile(nameFile);
+        } else if (nameFile.contains("merlu")){
+            MerluFile(nameFile);
+        } else if (nameFile.contains("Peru")) {
+            PopPeru(nameFile);
+        }
+
 
     }
 }

src/ecoparasite/LectureEval.java

@@ -1,122 +0,0 @@
-package ecoparasite;
-
-import ecoparasite.completion.Completion;
-import ecoparasite.input.InputFactory;
-import ecoparasite.input.InputFileException;
-import ecoparasite.input.RawData;
-import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
-import ecoparasite.nettoyage.Nettoyage;
-import ecoparasite.poisson.Poisson;
-import ecoparasite.population.Population;
-import ecoparasite.population.PopulationArgInterval;
-import ecoparasite.population.PopulationArgs;
-
-import java.util.HashMap;
-import java.util.HashSet;
-import java.util.function.BiConsumer;
-import java.util.function.Function;
-
-public class LectureEval {
-
-    public static HashSet<Population> parseEval( RawData popRaw ){
-
-        HashSet<Population> popEspece =  new HashSet<>();
-
-        int index = 1;
-        try {
-            while(true){
-                HashMap<String,String> fields = popRaw.getEntry(index);
-
-                String espece =  fields.get("Espèce");
-
-                Population population = new Population(espece);
-
-                if( population.getTotal() == null ){
-                    population.setTotal( new PopulationArgs() );
-                }
-                for( String k: fields.keySet() ){
-                    if( k.equals("Espèce") )
-                        continue;
-
-                    LectureEval.applyValueForPopEval( population.getTotal(), k, fields.get(k) );
-                }
-
-                popEspece.add(population);
-                index++;
-            }
-        } catch (RawDataOverflow e) {
-            // Fin de la liste.
-        }
-
-        return popEspece;
-    }
-
-    public static void applyValueForPopEval( PopulationArgs popArgs, String column, String value ){
-
-        if( value == null || value == "" ) // On n'ajoute pas les valeurs nulles.
-            return;
-
-        switch (column){
-            case "zone":
-                popArgs.setZone(value);
-                break;
-            case "N":
-                popArgs.setNumber( Integer.parseInt(value) );
-                break;
-            case "Prevalence":
-                popArgs.setPrevalence(PopulationArgInterval.fromString(value));
-                break;
-            case "LT mm":
-                popArgs.setLength(PopulationArgInterval.fromString(value));
-                break;
-            case "Masse g":
-                popArgs.setWidth(PopulationArgInterval.fromString(value));
-                break;
-            default:
-                break;
-        }
-    }
-
-    public static void main(String[] args) throws RawDataOverflow {
-
-        RawData popRaw;
-        try {
-            popRaw = InputFactory.readData("test3.csv", "," );
-        } catch(InputFileException e) {
-            System.out.println(e.getMessage());
-            return;
-        }
-
-        HashSet<Population> pop = parseEval(popRaw);
-
-        // System.out.println( popRaw.getEntry(1) );
-
-        for( Population p: pop){
-            System.out.println(p);
-        }
-
-        // Complétion de la masse.
-        Function<Population,Double> getWeight = population -> {
-            return population.getTotal().getWidth() != null ? population.getTotal().getWidth().transformToDouble() : null;
-        };
-        BiConsumer<Population,Double> setWeight = (population, aDouble) -> {
-            population.getTotal().setWidth(new PopulationArgInterval(aDouble,aDouble));
-        };
-
-        // Complétion de la masse.
-        pop = Completion.completeColumnsMoyenne(pop, getWeight, setWeight);
-        System.out.println("---");
-        for( Population p: pop){
-            System.out.println(p);
-        }
-
-        // Nettoyage de la masse.
-        pop = Nettoyage.nettoieColumnsMoyenne(pop, getWeight, setWeight, false);
-        System.out.println("---");
-        for( Population p: pop){
-            System.out.println(p);
-        }
-
-    }
-
-}

src/ecoparasite/completion/Completion.java

@@ -139,4 +139,16 @@ public class Completion {
         return meanY - valueA * meanX;
     }
 
+    public static <T,V extends Number> double[] getLinearCoef( HashSet<T> list, Function<T,V> getX,  Function<T,V> getY ){
+
+        double meanX =  calculateMean(list, getX);
+        double meanY =  calculateMean(list, getY);
+
+        double a = calculateLinearA(list,getX,getY,meanX,meanY);
+        double b = calculateLinearB(meanX,meanY,a);
+
+        return new double[]{a,b};
+
+    }
+
 }

src/ecoparasite/nettoyage/Nettoyage.java

@@ -14,6 +14,31 @@ import java.util.function.Function;
  */
 public class Nettoyage {
 
+    public static <T,V extends Number> HashSet<T> nettoieColumns(HashSet<T> list, Function<T,V> getValue, BiConsumer<T,V> setValue, boolean allowNegative ){
+
+        ArrayList<Double> array = new ArrayList<>();
+        for ( T item : list) {
+            if (getValue.apply(item)!= null){ //Test des valeurs null pour les Tests Unitaires. Je ne devrais pas en avoir.
+                array.add(getValue.apply(item).doubleValue());
+            }
+        }
+
+        Collections.sort(array);
+
+        int quartIndex = array.size()/4;
+        Double firstQuart = array.get(quartIndex);
+        Double thirdQuart = array.get(quartIndex *3);
+        Double IQR =  thirdQuart - firstQuart;
+
+        for(T item : list){
+            if( getValue.apply(item) == null || getValue.apply(item).doubleValue() < firstQuart - (IQR * 1.5) || getValue.apply(item).doubleValue() > thirdQuart + (IQR * 1.5) || ( !allowNegative && getValue.apply(item).doubleValue() < 0 ) ){
+                setValue.accept( item, null);
+            }
+        }
+
+        return list;
+    }
+
     /**
      * Permet de remplacer les valeurs abérrantes d'un paramètre d'un HashSet par la moyenne des autres valeurs (non nulles).
      * Exemple d'utilisation : T = Poisson, V = Double, getValue = Poisson::getInfestation, setValue = Poisson::setInfestation.
@@ -26,6 +51,7 @@ public class Nettoyage {
      * @param <T> Le type de données cobaye. Exemple : Poisson, Population
      * @param <V> Le type de la donnée à vérifier, doit être un Wrapper Number. Exemple : Double.
      */
+    /*
     public static <T,V extends Number> HashSet<T> nettoieColumnsMoyenne(HashSet<T> list, Function<T,V> getValue, BiConsumer<T,V> setValue, boolean allowNegative ){
 
         Double mean = Completion.calculateMean(list, getValue);
@@ -52,6 +78,7 @@ public class Nettoyage {
 
         return list;
     }
+     */
 
     /**
      * Polymorphisme de la fonction précédente. Autorise les valeurs abérrantes à être négative.
@@ -62,10 +89,10 @@ public class Nettoyage {
      * @param <T>
      * @param <V>
      *
-     * @see Nettoyage::nettoieColumnsMoyenne
+     * @see Nettoyage::nettoieColumns
      */
-    public static <T,V extends Number> HashSet<T> nettoieColumnsMoyenne(HashSet<T> list, Function<T,V> getValue, BiConsumer<T,V> setValue){
-        return nettoieColumnsMoyenne(list, getValue, setValue, true);
+    public static <T,V extends Number> HashSet<T> nettoieColumns(HashSet<T> list, Function<T,V> getValue, BiConsumer<T,V> setValue){
+        return nettoieColumns(list, getValue, setValue, true);
     }
 
     /**
@@ -81,6 +108,7 @@ public class Nettoyage {
      * @param <T> Le type de données cobaye. Exemple : Poisson, Population
      * @param <V> Le type de la donnée à vérifier, doit être un Wrapper Number. Exemple : Double.
      */
+    /*
     public static <T,V extends Number> HashSet<T> nettoieColumnsLinear(HashSet<T> list, Function<T,V> getX, Function<T,V> getY, BiConsumer<T,V> setY, boolean allowNegative ){
 
         double meanX =  Completion.calculateMean(list, getX);
@@ -112,6 +140,7 @@ public class Nettoyage {
 
         return list;
     }
+     */
 
     /**
      * Polymorphisme de la fonction nettoyage de colonne linéaire avec par défaut, l'autorisation des valeurs négatives.
@@ -123,7 +152,9 @@ public class Nettoyage {
      * @param <T>
      * @param <V>
      */
+    /*
     public static <T,V extends Number> HashSet<T> nettoieColumnsLinear(HashSet<T> list, Function<T,V> getX, Function<T,V> getY, BiConsumer<T,V> setY){
         return nettoieColumnsLinear(list, getX, getY, setY, true);
     }
+     */
 }

src/ecoparasite/poisson/Poisson.java

@@ -77,6 +77,13 @@ public class Poisson{
         this.infestation = infestation;
     }
 
+    /**
+     * Setter de l'attribut length
+     * @param length le Double de la nouvelle valeur de la length
+     */
+    public void setLength(Double length) {
+        this.length = length;
+    }
 
     /**
      * Setter de l'attribut des parties de poisson.
@@ -95,4 +102,6 @@ public class Poisson{
         String result = "[ %5s : %4f mm, %4f g, %4f taux d'infestation ]";
         return String.format(result, this.getClass().getSimpleName(), this.getLength(), this.getWeight(), this.getInfestation() );
     }
+
+
 }

src/ecoparasite/representation/ValeursXY.java

@@ -36,4 +36,11 @@ public class ValeursXY {
         return xy;
     }
 
+    /*
+    public static ValeursXY getMinX( HashSet<ValeursXY> list ){
+
+    }
+
+     */
+
 }

src/ecoparasite/svg/IncorrectAxesPointsException.java

@@ -0,0 +1,4 @@
+package ecoparasite.svg;
+
+public class IncorrectAxesPointsException extends Exception{
+}

src/ecoparasite/svg/SVGBuilder.java

@@ -0,0 +1,332 @@
+package ecoparasite.svg;
+
+import ecoparasite.representation.ValeursXY;
+import ecoparasite.svg.elements.*;
+
+import java.util.ArrayList;
+import java.util.HashMap;
+import java.util.HashSet;
+
+public class SVGBuilder {
+
+    final int SIZE_TICK_TEXT = ElementsFactory.AXES_TEXT_SIZE - 3;
+
+    private ArrayList<Double> pointsX;
+    private ArrayList<Double> pointsY;
+    private Double offsetX;
+    private Double offsetY;
+    private SVGResizing resizer;
+
+    private Double minPointsX;
+    private Double minPointsY;
+    private Double maxPointsX;
+    private Double maxPointsY;
+
+    public SVGBuilder(HashMap<String, ArrayList<Double>> axesPoints ) throws IncorrectAxesPointsException {
+
+        if( axesPoints.get("AxeX") == null ||  axesPoints.get("AxeY") == null || axesPoints.get("OffsetX") == null || axesPoints.get("OffsetY") == null ){
+            throw new IncorrectAxesPointsException();
+        }
+
+        this.pointsX = axesPoints.get("AxeX");
+        this.pointsY = axesPoints.get("AxeY");
+        this.offsetX = axesPoints.get("OffsetX").getFirst();
+        this.offsetY = axesPoints.get("OffsetY").getFirst();
+
+        this.minPointsX = this.pointsX.getFirst();
+        this.minPointsY = this.pointsY.getFirst();
+        this.maxPointsX = this.pointsX.getLast();
+        this.maxPointsY = this.pointsY.getLast();
+
+    }
+
+    public ArrayList<Double> getPointsX() {
+        return pointsX;
+    }
+
+    public ArrayList<Double> getPointsY() {
+        return pointsY;
+    }
+
+    public Double getOffsetX() {
+        return offsetX;
+    }
+
+    public Double getOffsetY() {
+        return offsetY;
+    }
+
+    public SVGResizing getResizer() {
+        if( this.resizer == null ){
+            this.resizer = new SVGResizing( this.minPointsX, this.minPointsY, this.maxPointsX, this.maxPointsY );
+        }
+        return resizer;
+    }
+
+    public void setResizer(SVGResizing resizer) {
+        this.resizer = resizer;
+    }
+
+    public ArrayList<Element> buildAll(String XLabel, String YLabel, HashSet<ValeursXY> points, double A, double B){
+
+        ArrayList<Element> elements = new ArrayList<>();
+
+        elements.addAll(buildAxes(XLabel, YLabel));
+        elements.addAll(buildXTicks());
+        elements.addAll(buildYTicks());
+        elements.addAll(buildPoints(points));
+        elements.addAll(buildRegression(A,B));
+
+        return elements;
+    }
+
+    public ArrayList<Element> buildAxes(String XLabel, String YLabel){
+
+        final int OFFSET_TEXT_AXISX_X = -20;
+        final int OFFSET_TEXT_AXISX_Y = -10;
+        final int OFFSET_TEXT_AXISY_X = +5;
+        final int OFFSET_TEXT_AXISY_Y = +10;
+
+        ArrayList<Element> elements = new ArrayList<>();
+
+        double beginAxeX = getBeginAxeX();
+        double beginAxeY = getBeginAxeY();
+
+        Coordonnees bottom = getResizer().resize( beginAxeX, minPointsY );
+        Coordonnees top = getResizer().resize( beginAxeX, maxPointsY );
+        Coordonnees left = getResizer().resize( minPointsX, beginAxeY );
+        Coordonnees right = getResizer().resize( maxPointsX, beginAxeY );
+
+        // Axes
+        elements.add( new Line( bottom, top, ElementsFactory.COLOR_BLACK, 2 ) );
+        elements.add( new Line( left, right, ElementsFactory.COLOR_BLACK, 2 ) );
+
+        // Labels.
+        elements.add( new Text(
+           new Coordonnees( right.getX() + OFFSET_TEXT_AXISX_X, right.getY() + OFFSET_TEXT_AXISX_Y ),
+           XLabel, ElementsFactory.COLOR_BLACK, ElementsFactory.AXES_TEXT_SIZE
+        ) );
+        elements.add( new Text(
+                new Coordonnees( top.getX() + OFFSET_TEXT_AXISY_X, top.getY() + OFFSET_TEXT_AXISY_Y ),
+                YLabel, ElementsFactory.COLOR_BLACK, ElementsFactory.AXES_TEXT_SIZE
+        ));
+
+        return elements;
+
+    }
+
+    public ArrayList<Element> buildXTicks(){
+
+        final int OFFSET_TICK = -5;
+        final int OFFSET_TEXT_X = -10;
+        final int OFFSET_TEXT_Y = +15;
+
+        ArrayList<Element> elements = new ArrayList<>();
+
+        double beginAxeY = getBeginAxeY();
+        for( Double X : this.pointsX ){
+            Coordonnees coords = getResizer().resize( X, beginAxeY );
+
+            elements.add(new Line(
+                    coords,
+                    new Coordonnees( coords.getX(), coords.getY() + OFFSET_TICK ),
+                    ElementsFactory.COLOR_BLACK, 1
+            ));
+            elements.add(new Text(
+               new Coordonnees( coords.getX() + OFFSET_TEXT_X, coords.getY() + OFFSET_TEXT_Y ),
+                X.toString(),
+                ElementsFactory.COLOR_BLACK,
+                SIZE_TICK_TEXT
+            ));
+        }
+
+        return elements;
+    }
+
+    public ArrayList<Element> buildYTicks(){
+
+        final int OFFSET_TICK = +5;
+        final int OFFSET_TEXT_X = -35;
+        final int OFFSET_TEXT_Y = +5;
+
+        ArrayList<Element> elements = new ArrayList<>();
+
+        double beginAxeX = getBeginAxeX();
+        for( Double Y : this.pointsY ){
+            Coordonnees coords = getResizer().resize( beginAxeX, Y );
+
+            elements.add(new Line(
+                    new Coordonnees(coords.getX() + OFFSET_TICK, coords.getY() ),
+                    coords,
+                    ElementsFactory.COLOR_BLACK, 1
+            ));
+            elements.add(new Text(
+                    new Coordonnees( coords.getX() + OFFSET_TEXT_X, coords.getY() + OFFSET_TEXT_Y ),
+                    Y.toString(),
+                    ElementsFactory.COLOR_BLACK,
+                    SIZE_TICK_TEXT
+            ));
+        }
+
+        return elements;
+    }
+
+    public ArrayList<Element> buildPoints( HashSet<ValeursXY> points ){
+
+        ArrayList<Element> elements = new ArrayList<>();
+        for( ValeursXY point : points ){
+            Coordonnees coords = getResizer().resize( point.getX(), point.getY() );
+            elements.add(new Circle(coords,3,ElementsFactory.COLOR_BLUE) );
+        }
+
+        return elements;
+    }
+
+    public ArrayList<Element> buildRegression( double A, double B ){
+        ArrayList<Element> elements = new ArrayList<>();
+
+        double y1 = A * minPointsX + B;
+        double y2 = A * maxPointsX + B;
+
+        Coordonnees coords1 = getResizer().resize(minPointsX, y1);
+        Coordonnees coords2 = getResizer().resize(maxPointsX, y2);
+
+        elements.add( new Line( coords1, coords2, ElementsFactory.COLOR_RED, 2 ) );
+        return elements;
+    }
+
+    private double getBeginAxeX(){
+        return ( minPointsX > 0 ) ? minPointsX : ( maxPointsX < 0 ? maxPointsX : 0 );
+    }
+
+    private double getBeginAxeY(){
+        return ( minPointsY > 0 ) ? minPointsY : ( maxPointsY < 0 ? maxPointsY : 0 );
+    }
+
+    /**
+     * Permet de renvoyer des valeurs "clean" pour l'affichage des axes
+     * @param h Contient les Coordonnées de chacun des points de nos données
+     * @return une HashMap de String et de Hashset de Double.
+     *         Avec la String "AxeX", un Hashset de Double contenant les valeurs des gradations de l'axe X
+     *         Avec la String "AxeY", un Hashset de Double contenant les valeurs des gragations de l'axe Y
+     *         Avec la String "OffsetX", un Hashset de Double contenant uniquement la valeur de l'offset des points par rapport à l'axe X
+     *         Avec la String "OffsetY", un Hashset de Double contenant uniquement la valeur de l'offset des points par rapport à l'axe Y
+     */
+    public static HashMap< String ,ArrayList<Double>> calcPointAxes(HashSet<ValeursXY> h){
+
+        HashMap< String, ArrayList<Double> > map = new HashMap<>();
+
+        //Définition des min et max
+        double max_x = Double.MIN_VALUE;
+        double min_x = Double.MAX_VALUE;
+        double max_y = Double.MIN_VALUE;
+        double min_y = Double.MAX_VALUE;
+
+        //Trouvé les min et max
+        for (ValeursXY var : h) {
+
+            if (max_x < var.getX()){
+                max_x = var.getX();
+            }
+            if (min_x > var.getX()){
+                min_x = var.getX();
+            }
+
+            if (max_y < var.getY()){
+                max_y = var.getY();
+            }
+            if (min_y > var.getY()){
+                min_y = var.getY();
+            }
+
+        }
+
+        double range_x = max_x-min_x;
+        double range_y = max_y-min_y;
+
+        int target = 10; // Ideal Number of Gradation
+
+        double step_x = niceStep(range_x,target);
+        double step_y = niceStep(range_y,target);
+
+        double nicemin_x = roundMin(min_x,step_x);
+        double nicemax_x = roundMax(max_x,step_x);
+        double nicemin_y = roundMin(min_y,step_y);
+        double nicemax_y = roundMax(max_y,step_y);
+
+        // Compléter un Hashset de Double pour X et pour Y et Offset X et Y. TODO
+        ArrayList<Double> axeX = new ArrayList<>();
+        ArrayList<Double> axeY = new ArrayList<>();
+        ArrayList<Double> OffsetX = new ArrayList<>();
+        ArrayList<Double> OffsetY = new ArrayList<>();
+
+        Double ix = nicemin_x;
+        while ( ix <= nicemax_x ) {
+            axeX.add(ix);
+            ix+=step_x;
+        };
+        map.put("AxeX", axeX);
+
+        Double iy = nicemin_y;
+        while ( iy <= nicemax_y ) {
+            axeY.add(iy);
+            iy+=step_y;
+        }
+        map.put("AxeY",axeY);
+
+        double offsetX = min_x - nicemin_x;
+        double offsetY = min_y - nicemin_y;
+
+        ArrayList<Double> offsetXHash = new ArrayList<>();
+        offsetXHash.add(offsetX);
+        ArrayList<Double> offsetYHash = new ArrayList<>();
+        offsetYHash.add(offsetY);
+
+        map.put("OffsetX", offsetXHash);
+        map.put("OffsetY", offsetYHash);
+
+        return map;
+    }
+
+    /**
+     * Fonction de calcul d'un step rond
+     * Cette fonction est basé sur une idée demandée à ChatGPT
+     * @param range écart entre la plus petite et la plus grande valeur
+     * @param targetTicks nombre de gradation ideal
+     * @return
+     */
+    public static double niceStep(double range, int targetTicks) {
+
+        double rawStep = range / targetTicks;
+
+        double exponent = Math.floor(Math.log10(rawStep));
+        double fraction = rawStep / Math.pow(10, exponent);
+
+        double niceFraction;
+
+        if (fraction < 1.5)
+            niceFraction = 1;
+        else if (fraction < 3)
+            niceFraction = 2;
+        else if (fraction < 7)
+            niceFraction = 5;
+        else
+            niceFraction = 10;
+
+        return niceFraction * Math.pow(10, exponent);
+    }
+
+    /**
+     * retourne une valeur arrondi "joli" adapter à un graphique
+     * @param value
+     * @param step
+     * @return
+     */
+    public static double roundMin(double value, double step) {
+        return Math.floor(value / step) * step;
+    }
+
+    public static double roundMax(double value, double step) {
+        return Math.ceil(value / step) * step;
+    }
+}

src/ecoparasite/svg/SVGFactory.java

@@ -1,10 +1,13 @@
 package ecoparasite.svg;
 
+import ecoparasite.representation.ValeursXY;
 import ecoparasite.svg.elements.Element;
 
 import java.io.FileWriter;
 import java.io.IOException;
 import java.util.ArrayList;
+import java.util.HashMap;
+import java.util.HashSet;
 import java.util.UUID;
 
 public class SVGFactory {
@@ -12,6 +15,11 @@ public class SVGFactory {
     static final private String EXPORT_PATH = "export/";
     static final private String EXTENSION = ".svg";
 
+    /**
+     * Permet la création du fichier SVG
+     * @param mesElements un array des elements à ajouter dans le svg
+     * @return True si la création est un succès, False sinon
+     */
     public static boolean createSVG(ArrayList<Element> mesElements){
 
         String code = createSVGCode(mesElements);
@@ -25,6 +33,12 @@ public class SVGFactory {
         return true;
     }
 
+    /**
+     * Permet la création du fichier SVG (Polymorphisme pour ajouter un nom de fichier)
+     * @param mesElements un Array des elements à ajouter dans le SVG
+     * @param filename une String représentant le nom du fichier choisi
+     * @return True si la création est un succès, False sinon
+     */
     public static boolean createSVG(ArrayList<Element> mesElements, String filename) {
 
         String code = createSVGCode(mesElements);
@@ -38,6 +52,11 @@ public class SVGFactory {
         return true;
     }
 
+    /**
+     * Fonction basique de transformation des éléments en code SVG
+     * @param mesElements un array contenant les éléments à mettre dans le svg
+     * @return une String contenant la totalité du code SVG de notre graphique
+     */
     public static String createSVGCode(ArrayList<Element> mesElements){
 
         String code = "<svg height=\"800\" width=\"800\" >";
@@ -53,11 +72,22 @@ public class SVGFactory {
         return code;
     }
 
+    /**
+     * fonction qui créer le fichier, ici avec une ID random comme nom de fichier
+     * @param data une String contenant le contenue du fichier désiré (ici pour le SVG)
+     * @throws IOException Déclenché par un échec de la création du fichier
+     */
     public static void createFile(String data) throws IOException {
         String id = UUID.randomUUID().toString();
         createFile(data,id);
     }
 
+    /**
+     * Permet la création du fichier
+     * @param data une String contenant le contenue du fichier désiré
+     * @param filename une String contenant le nom du fichier voulu
+     * @throws IOException Déclenché par un échec de la création du fichier
+     */
     public static void createFile(String data, String filename) throws IOException {
 
         // create a FileWriter object with the file name

src/ecoparasite/svg/SVGResizing.java

@@ -0,0 +1,57 @@
+package ecoparasite.svg;
+
+import ecoparasite.representation.ValeursXY;
+import ecoparasite.svg.elements.ElementsFactory;
+
+public class SVGResizing {
+
+    private double minX;
+    private double maxX;
+    private double minY;
+    private double maxY;
+
+    public SVGResizing(
+        double minXGrad,
+        double minYGrad,
+        double maxXGrad,
+        double maxYGrad
+    ){
+           this.minX = minXGrad;
+           this.maxX = maxXGrad;
+           this.minY = minYGrad;
+           this.maxY = maxYGrad;
+    }
+
+    public double getMinX() {
+        return minX;
+    }
+
+    public double getMaxX() {
+        return maxX;
+    }
+
+    public double getMinY() {
+        return minY;
+    }
+
+    public double getMaxY() {
+        return maxY;
+    }
+
+    public Coordonnees resize(ValeursXY vxy ){
+        return this.resize( vxy.getX(), vxy.getY() );
+    }
+
+    public Coordonnees resize( double X, double Y ){
+        double surface = ElementsFactory.SVG_SIZE - 2 * ElementsFactory.SVG_OFFSET;
+
+        double convX = ( X - minX ) / ( maxX - minX );
+        double convY = ( Y - minY ) / ( maxY - minY );
+
+        double SVG_X = ElementsFactory.SVG_OFFSET + convX * surface;
+        double SVG_Y = ElementsFactory.SVG_SIZE - ElementsFactory.SVG_OFFSET - convY * surface;
+
+        return new Coordonnees(SVG_X, SVG_Y);
+    }
+
+}

src/ecoparasite/svg/elements/Circle.java

@@ -2,6 +2,8 @@ package ecoparasite.svg.elements;
 
 import ecoparasite.svg.Coordonnees;
 
+import java.util.Locale;
+
 public class Circle extends Element {
 
     private int rayon;
@@ -40,7 +42,7 @@ public class Circle extends Element {
         StringBuilder svg = new StringBuilder();
         svg.append("<circle ");
 
-        String str = String.format( "r=\"%d\" cx=\"%d\" cy=\"%d\" fill=\"%s\"", this.rayon, this.coordonnees.getX(), this.coordonnees.getY(), this.color);
+        String str = String.format(Locale.US, "r=\"%d\" cx=\"%f\" cy=\"%f\" fill=\"%s\"", this.rayon, this.coordonnees.getX(), this.coordonnees.getY(), this.color);
         svg.append( str );
         svg.append(" />");
 

src/ecoparasite/svg/elements/ElementsFactory.java

@@ -16,10 +16,7 @@ public class ElementsFactory {
     final public static String COLOR_BLUE = "blue";
     final public static String COLOR_BLACK = "black";
 
-    /**
-     * Permet de générer les éléments axes du fichier SVG.
-     * @return
-     */
+    /*
     public static ArrayList<Element> SVGAxes(String HName, String VName ){
 
         final int begin = SVG_OFFSET + AXES_TEXT_SIZE + (AXES_TEXT_SIZE / 2);
@@ -65,4 +62,5 @@ public class ElementsFactory {
         return SVGAxes( "None", "None" );
     }
 
+    */
 }

src/ecoparasite/svg/elements/Line.java

@@ -2,6 +2,8 @@ package ecoparasite.svg.elements;
 
 import ecoparasite.svg.Coordonnees;
 
+import java.util.Locale;
+
 public class Line extends Element {
 
     private Coordonnees coordonneesB;
@@ -59,7 +61,7 @@ public class Line extends Element {
         StringBuilder svg = new StringBuilder();
         svg.append("<line ");
 
-        String params = String.format( "x1=\"%d\" y1=\"%d\" x2=\"%d\" y2=\"%d\" style=\"stroke:%s;stroke-width:%d\"",
+        String params = String.format( Locale.US,"x1=\"%f\" y1=\"%f\" x2=\"%f\" y2=\"%f\" style=\"stroke:%s;stroke-width:%d\"",
                 this.coordonnees.getX(),
                 this.coordonnees.getY(),
                 this.coordonneesB.getX(),

src/ecoparasite/svg/elements/Text.java

@@ -2,6 +2,8 @@ package ecoparasite.svg.elements;
 
 import ecoparasite.svg.Coordonnees;
 
+import java.util.Locale;
+
 public class Text extends Element {
 
     private String text;
@@ -51,7 +53,7 @@ public class Text extends Element {
         StringBuilder svg = new StringBuilder();
         svg.append("<text ");
 
-        String params = String.format( "x=\"%d\" y=\"%d\" fill=\"%s\" font-size=\"%s\"", coordonnees.getX(), coordonnees.getY(), color, size);
+        String params = String.format(Locale.US,"x=\"%f\" y=\"%f\" fill=\"%s\" font-size=\"%s\"", coordonnees.getX(), coordonnees.getY(), color, size);
         svg.append(params);
         svg.append(" >");
         svg.append( this.text );

tests/ecoparasite/completion/CompletionTest.java

@@ -4,6 +4,7 @@ import ecoparasite.input.InputFactory;
 import ecoparasite.input.InputFileException;
 import ecoparasite.input.RawData;
 import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
+import ecoparasite.nettoyage.Nettoyage;
 import ecoparasite.poisson.Mackerel;
 import ecoparasite.poisson.Poisson;
 import org.junit.jupiter.api.Test;
@@ -44,6 +45,7 @@ class CompletionTest {
         Function<Poisson,Double> getInfes = Poisson::getInfestation;
         BiConsumer<Poisson,Double> setInfes = Poisson::setInfestation;
 
+        testp = Nettoyage.nettoieColumns(testp,getInfes,setInfes,false);
         testp = Completion.completeColumnsLinear(testp,getLength,getInfes,setInfes);
         System.out.println(testp);
     }

tests/ecoparasite/nettoyage/NettoyageTest.java

@@ -50,11 +50,7 @@ class NettoyageTest {
         Function<Poisson,Double> getInfes = Poisson::getInfestation;
         BiConsumer<Poisson,Double> setInfes = Poisson::setInfestation;
 
-        testp = Completion.completeColumnsLinear( testp, getLength, getInfes, setInfes );
-
-        System.out.println(testp);
-
-        testp = Nettoyage.nettoieColumnsLinear( testp, getLength, getInfes, setInfes, false );
+        testp = Nettoyage.nettoieColumns( testp, getInfes, setInfes, false );
 
         System.out.println(testp);
     }

tests/ecoparasite/svg/SVGFactoryTest.java

@@ -9,7 +9,7 @@ class SVGFactoryTest {
 
     @Test
     public void generateSVGAxes(){
-        SVGFactory.createSVG( ElementsFactory.SVGAxes() );
+        // SVGFactory.createSVG( ElementsFactory.SVGAxes() );
     }
 
 }