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UML/classes.puml

@@ -27,7 +27,7 @@ namespace ecoparasite {
         InputFactory o--> RawData
 
         interface DataParsing {
-            + HashSet<Poisson> parse()
+            + HashSet<T> parse()
         }
 
         exception InputFileException {
@@ -41,6 +41,11 @@ namespace ecoparasite {
             + String getMessage()
         }
 
+        exception InvalidParsingException {
+            - int parsingId
+            - String parsingClass
+        }
+
     }
 
     namespace ecoparasite.poissons {
@@ -64,12 +69,54 @@ namespace ecoparasite {
             + Mackerel()
         }
 
-        abstract class PartiePoisson {
+        class PartiePoisson {
+            - String name
+            - Double infestation
+            + PartiePoisson(String name, Double infestation)
         }
 
         Poisson o--> PartiePoisson : # fishParts
     }
 
+    namespace ecoparasite.population {
+
+        class Population implements ecoparasite.input.DataParsing {
+            - String id
+            - HashMap<Integer,PopulationArgs> perYear
+            + Population()
+        }
+
+        Population o--> PopulationArgs : - total
+
+        class PopulationArgs {
+            - int year
+            - int number
+            - Double intensity
+            - Double abondance
+            + PopulationArgs()
+        }
+
+        PopulationArgs o--> PopulationArgInterval : - length
+        PopulationArgs o--> PopulationArgInterval : - width
+        PopulationArgs o--> PopulationArgInterval : - prevalence
+        PopulationArgs o--> PopulationArgInterval : - ic
+
+        class PopulationArgInterval {
+            - Double min
+            - Double max
+            - Double mean
+            + PopulationArgInterval()
+            + PopulationArgInterval()
+            + Double transformToDouble()
+            + {static} PopulationArgInterval fromString()
+        }
+
+        class PopulationParsing {
+            + {static} HashSet<Population> parseParasitesPeru()
+            - {static} void applyValueForParasitesPeru()
+        }
+    }
+
     namespace ecoparasite.unknown {
 
         note top of ecoparasite.unknown : Ce paquet est temporaire pour des classes / interfaces qui devront avoir plus de déclinaisons.

data/testNettoie.csv

@@ -0,0 +1,112 @@
+Sample_code;Station;Latitude;Longitude;Depth;d13C_raw;d13C_corr;d15N;C_N;StandardLength;TrophicLevel;Anisakis_abdominalcavity;Anisakis_Liver;Anisakis_gonads;Anisakis_stomach;NParasitesViscera;Anisakis_Muscle_Right;Anisakis_Muscle_Left;Aniskis_Muscle_total;NParasitesTotal
+TRACTRA_S0575_A0439;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-20.09735065;-19.14374028;12.52361179;4.316778148;257;3.117572211;7;1;0;1;9;1;3;4;13
+TRACTRA_S0575_A0440;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-20.02738845;-19.42703789;12.25444555;3.959950061;252;3.038405671;263;5;0;21;289;12;11;23;312
+TRACTRA_S0575_A0441;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-19.82735569;-18.83090708;12.97020596;4.360049101;254;3.248923438;51;1;12;1;65;2;3;5;70
+TRACTRA_S0575_A0442;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-19.37802102;-18.26777864;13.43393806;4.4749923;242;3.385315231;158;6;0;1;165;9;19;28;193
+TRACTRA_S0575_A0443;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-18.20541518;-18.20541518;12.68793425;3.369189318;254;3.165902347;67;1;10;1;79;1;6;7;86
+TRACTRA_S0575_A0444;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-20.21559661;-18.91007641;12.62442312;4.672242625;251;3.147222601;140;1;0;0;141;3;6;9;150
+TRACTRA_S0575_A0445;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-19.43517323;-19.13886211;11.25439721;3.65283952;258;2.744273805;281;5;0;3;289;1;8;9;298
+TRACTRA_S0575_A0446;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-19.98304621;-19.35255493;11.69796704;3.990395229;250;2.87473552;113;2;6;5;126;2;9;11;137
+TRACTRA_S0575_A0447;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-19.4952816;-18.88631609;11.96007648;3.968652028;244;2.951826533;81;2;0;0;83;0;3;3;86
+TRACTRA_S0575_A0448;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-19.94560166;-19.34814395;11.90664648;3.957027986;244;2.936111826;182;0;1;4;187;10;20;30;217
+TRACTRA_S0577_A0454;S0577;49.2061879;-4.3343404;94.02;-19.0301808;-18.69065175;12.62744746;3.696493987;230;3.212854832;23;0;0;1;24;0;0;0;24
+TRACTRA_S0577_A0455;S0577;49.2061879;-4.3343404;94.02;-20.15942978;-19.22294902;12.21916159;4.299475509;247;3.092770753;53;0;0;1;54;4;6;10;64
+TRACTRA_S0577_A0456;S0577;49.2061879;-4.3343404;94.02;-21.11919287;-19.10756928;13.20207201;5.38547838;250;3.381862053;11;0;0;1;12;0;3;3;15
+TRACTRA_S0577_A0457;S0577;49.2061879;-4.3343404;94.02;-20.47770851;-19.25004326;11.60824496;4.593601258;264;2.913089392;72;7;0;3;82;3;7;10;92
+TRACTRA_S0577_A0458;S0577;49.2061879;-4.3343404;94.02;-18.80551346;-18.80551346;11.29371363;3.405172632;258;2.820580176;18;2;0;5;25;0;4;4;29
+TRACTRA_S0577_A0459;S0577;49.2061879;-4.3343404;94.02;-18.55424078;-18.55424078;11.99334422;3.368856741;268;3.02635388;3;0;2;0;5;0;1;1;6
+TRACTRA_S0577_A0460;S0577;49.2061879;-4.3343404;94.02;-20.65507746;-18.90565571;12.2504131;5.120628022;244;3.101962374;5;0;0;0;5;0;0;0;5
+TRACTRA_S0577_A0461;S0577;49.2061879;-4.3343404;94.02;-20.2747196;-19.30665873;13.06496861;4.331374612;236;3.341537523;18;0;0;0;18;1;1;2;20
+TRACTRA_S0577_A0462;S0577;49.2061879;-4.3343404;94.02;-20.4373078;-19.16897407;12.28972952;4.634680534;258;3.113526026;46;0;0;0;46;0;9;9;55
+TRACTRA_S0577_A0463;S0577;49.2061879;-4.3343404;94.02;-19.45685166;-19.11472538;12.60426085;3.699117451;251;3.206035242;106;0;0;3;109;6;19;25;134
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+TRACTRA_S0754_A0810;S0754;49.6547785;-0.1474217;37.3;-17.78334513;-17.78334513;13.07882412;3.489125859;176;3.45063227;0;0;0;0;0;0;0;0;0
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+TRACTRA_S0613_A0726;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-19.51899808;-19.51899808;13.58432266;3.286796067;109;3.466346962;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0613_A0727;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-20.25818465;-19.92813931;13.27363809;3.686914482;112;3.374969147;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0613_A0728;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-19.89105861;-19.61530935;13.69693325;3.632069961;110;3.499467723;0;0;0;0;0;0;0;0;0
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+TRACTRA_S0613_A0731;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-19.40353102;-19.40353102;13.7894348;3.4531337;112;3.526674063;0;0;0;0;0;0;0;0;0
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+TRACTRA_S0613_A0733;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-20.51675191;-20.25700129;13.69190599;3.615909722;108;3.497989118;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0613_A0734;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-19.85158269;-19.85158269;13.74821128;3.427824163;105;3.514549498;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0613_A0735;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-19.52985396;-18.77319749;12.19277752;4.117834812;155;3.057068981;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0613_A0736;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-18.71566314;-18.30038536;12.72566692;3.773007861;151;3.213801156;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0613_A0737;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-18.55578567;-18.55578567;12.52055477;3.488579888;148;3.153474054;1;0;0;0;1;0;0;0;1
+TRACTRA_S0613_A0738;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-18.64559339;-18.23789283;12.46525493;3.765354093;159;3.137209395;0;0;0;0;0;0;0;0;0
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+TRACTRA_S0613_A0741;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-19.33543506;-18.69166914;12.3576716;4.003803955;168;3.105567239;1;0;0;0;1;0;0;0;1
+TRACTRA_S0613_A0742;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-18.99002077;-18.43223945;12.39386786;3.916950835;155;3.116213198;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0613_A0743;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-18.75711286;-18.24630612;12.60501272;3.869501751;152;3.178314625;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0613_A0744;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-18.72454522;-18.36228847;12.90363187;3.719451262;154;3.266143788;0;0;0;1;1;0;0;0;1
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+TRACTRA_S0648_A0764;S0648;50.1032755;-2.8780274;65.63;-17.69007187;-17.69007187;12.89139372;3.154829903;144;3.269268552;21;0;0;0;21;0;0;0;21

src/ecoparasite/completion/Completion.java

@@ -4,15 +4,19 @@ import ecoparasite.poisson.Poisson;
 
 import java.util.HashSet;
 
+
+/**
+ * Class incluant des méthodes Statiques de Completion des données
+ */
 public class Completion {
 
-    public static HashSet<Poisson> completePoisson(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+    //TODO mais après remaniment
+    public static HashSet<Poisson> completePoissonMean(HashSet<Poisson> tablePoisson){
 
-        double mean = mean(tablePoisson);
+        Double mean = mean(tablePoisson);
 
         for (Poisson p : tablePoisson) {
-
-            if ( p.getInfestation().isNaN() ) {
+            if ( p.getInfestation() == null ) {
                 p.setInfestation(mean);
             }
         }
@@ -20,12 +24,14 @@ public class Completion {
         return tablePoisson;
     }
 
-    private static double mean(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+    private static Double mean(HashSet<Poisson> tablePoisson){
 
-        double mean = 0.0;
+        Double mean = 0.0;
 
         for (Poisson p : tablePoisson){
-            mean += p.getInfestation();
+            if (p.getInfestation() != null) {
+                mean += p.getInfestation();
+            }
         }
 
         return mean / tablePoisson.size();

src/ecoparasite/input/DataParsing.java

@@ -9,7 +9,21 @@ import java.util.HashSet;
  */
 public interface DataParsing {
 
-    public static HashSet<Poisson> parse(RawData data) throws RawDataOverflow {
+    /**
+     * Permet de parser un élément à partir d'un objet RawData.
+     * @param data l'objet RawData
+     * @param parseTypeId Permet d'indiquer le type de Parsing que l'on veut.
+     * @return Un HashSet de données T retourné.
+     * @param <T> Notre paramètre générique adaptable à plusieurs classes.
+     * @throws RawDataOverflow Si on dépasse la taille de l'objet RawData.
+     * @throws InvalidParsingException Si le type de parsing n'existe pas.
+     */
+    public static <T> HashSet<T> parse(RawData data, int parseTypeId ) throws RawDataOverflow, InvalidParsingException {
         return null;
     }
+
+    public static <T> HashSet<T> parse(RawData data) throws RawDataOverflow, InvalidParsingException {
+        return null;
+    }
+
 }

src/ecoparasite/input/InputFactory.java

@@ -2,11 +2,13 @@ package ecoparasite.input;
 
 import java.io.BufferedReader;
 import java.io.IOException;
+import java.lang.reflect.Array;
 import java.nio.charset.StandardCharsets;
 import java.nio.file.Files;
 import java.nio.file.Path;
 import java.nio.file.Paths;
 import java.util.ArrayList;
+import java.util.Arrays;
 import java.util.HashMap;
 
 /**
@@ -93,7 +95,7 @@ public class InputFactory {
         // Lecture des autres lignes.
         try {
             while ((line = reader.readLine()) != null) {
-                rowFields = line.split(separator);
+                rowFields = line.split(separator, -1);
                 for (int i = 0; i < rowFields.length; i++) {
                     ArrayList<String> element = data.get(i);
                     element.add(rowFields[i]);

src/ecoparasite/input/InvalidParsingException.java

@@ -0,0 +1,37 @@
+package ecoparasite.input;
+
+/**
+ * Gère une exception lorsque qu'un type de parsing n'existe pas ou bien
+ * qu'une erreur est survenue durant le parsing d'une donnée.
+ */
+public class InvalidParsingException extends Exception {
+
+    /**
+     * L'ID du parsing voulant être réalisé.
+     */
+    private int parsingId;
+
+    /**
+     * De quel classe provient ce parsing.
+     */
+    private String parsingSource;
+
+    /**
+     * Constructeur.
+     * @param parsingId ID du parsing
+     * @param parsingSource La classe d'où provient ce parsing.
+     */
+    public InvalidParsingException(int parsingId, String parsingSource) {
+        this.parsingId = parsingId;
+        this.parsingSource = parsingSource;
+        super();
+    }
+
+    public int getParsingId() {
+        return parsingId;
+    }
+    public String getParsingSource() {
+        return parsingSource;
+    }
+
+}

src/ecoparasite/input/RawData.java

@@ -99,7 +99,7 @@ public class RawData {
      * Permet d'obtenir tous les champs d'une entrée.
      * @param index Entrée que vous voulez obtenir, le minimum est l'entrée 1. Le maximum dépend du Dataframe.
      * @return Une HashMap <colonne, valeur>.
-     * @throws RawDataOverflow Si vous avez dépasses le maximum d'entrées du DataFrame.
+     * @throws RawDataOverflow Si vous avez dépassé le maximum d'entrées du DataFrame.
      */
     public HashMap<String,String> getEntry(int index) throws RawDataOverflow {
 

src/ecoparasite/nettoyage/Nettoyage.java

@@ -4,24 +4,27 @@ import ecoparasite.poisson.Poisson;
 
 import java.util.HashSet;
 
+/**
+ * Class Définissant les méthodes statics de Nettoyage des données
+ */
 public class Nettoyage {
 
     /**
-     *
-     * @param tablePoisson
-     * @return
+     * Methode Static de nettoyage des valeurs abérrante et absurde
+     * @param tablePoisson Un Hashset de Poisson contenant nos données
+     * @return Le Hashset de Poisson une fois qu'il est nettoyé
      */
-    public static HashSet<Poisson> nettoiePoisson(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+    public static HashSet<Poisson> nettoiePoissonMean(HashSet<Poisson> tablePoisson){
 
-        double mean = mean(tablePoisson); //Moyenne
-        double ecart = ecartType(tablePoisson); // Ecart Type
+        Double mean = mean(tablePoisson); //Moyenne
+        Double ecart = ecartType(tablePoisson); // Ecart Type
 
-        double z = 0;
+        Double z = 0.0;
 
         for (Poisson p : tablePoisson) {
             z = ( p.getInfestation() - mean ) / ecart;
 
-            if ( z >= 3 ) {
+            if ( z >= 2.5 ) {
                 p.setInfestation(mean);
             }
         }
@@ -29,9 +32,14 @@ public class Nettoyage {
         return tablePoisson;
     }
 
-    private static double mean(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+    /**
+     * Methode Privée permettant de calculer la moyenne
+     * @param tablePoisson Un Hashset de Poisson contenant nos données
+     * @return Un Double correspondant à la moyenne
+     */
+    private static Double mean(HashSet<Poisson> tablePoisson){
 
-        double mean = 0.0;
+        Double mean = 0.0;
 
         for (Poisson p : tablePoisson){
             mean += p.getInfestation();
@@ -40,10 +48,15 @@ public class Nettoyage {
         return mean / tablePoisson.size();
     }
 
-    private static double variance(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+    /**
+     * Methode Privée permettant de calculer la variance
+     * @param tablePoisson Un Hashset de Poisson contenant nos données
+     * @return Un Double correspondant à la variance
+     */
+    private static Double variance(HashSet<Poisson> tablePoisson){
 
-        double vari = 0.0;
-        double mean = mean(tablePoisson);
+        Double vari = 0.0;
+        Double mean = mean(tablePoisson);
 
         for (Poisson p : tablePoisson) {
             vari += Math.pow( (p.getInfestation() - mean), 2);
@@ -52,9 +65,14 @@ public class Nettoyage {
         return vari / tablePoisson.size();
     }
 
-    private static double ecartType(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+    /**
+     * Methode Privée permettant de calculer l'écart-type
+     * @param tablePoisson Un Hashset de Poisson contenant nos données
+     * @return Un Double correspondant à l'écart-type
+     */
+    private static Double ecartType(HashSet<Poisson> tablePoisson){
 
-        double vari = variance(tablePoisson);
+        Double vari = variance(tablePoisson);
 
         return Math.sqrt(vari);
     }

src/ecoparasite/poisson/Mackerel.java

@@ -1,11 +1,13 @@
 package ecoparasite.poisson;
 
 import ecoparasite.input.DataParsing;
+import ecoparasite.input.InvalidParsingException;
 import ecoparasite.input.RawData;
 import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
 
 import java.util.HashMap;
 import java.util.HashSet;
+import java.util.Objects;
 
 import static java.lang.Double.valueOf;
 
@@ -24,10 +26,25 @@ public class Mackerel extends Poisson implements DataParsing {
         super(id, length, null, infestation);
     }
 
+    /**
+     * Implémentation de la fonction parse de DataParsing.
+     * Renvoie un tableau de poissons à partir d'un RawData.
+     *
+     * @param data Notre RawData
+     * @param parseTypeId L'ID du type de parsing, ignoré ici.
+     * @return Le tableau de poissons.
+     * @throws RawDataOverflow Si on a un dépassement de données dans notre RawData.
+     * @throws InvalidParsingException
+     */
+    public static HashSet<Poisson> parse(RawData data, int parseTypeId) throws RawDataOverflow, InvalidParsingException {
+        return Mackerel.parse(data);
+    }
+
     /**
      * Implémentation de la fonction parse de Dataparsing
-     * @param data
+     * @param data Notre RawData.
      * @return tableau des poissons
+     * @throws RawDataOverflow Si on a un dépassement de données dans notre RawDataOverflow.
      */
     public static HashSet<Poisson> parse(RawData data) throws RawDataOverflow {
 
@@ -38,12 +55,38 @@ public class Mackerel extends Poisson implements DataParsing {
 
         for (int i = 0; i < data.getData().getFirst().size(); i++) {
             temp = data.getEntry(i);
-            Poisson newP = new Mackerel(temp.get("Sample_code"),valueOf(temp.get("StandardLength")),valueOf(temp.get("NParasitesViscera")));
 
+            String id = !Objects.equals(temp.get("Sample_code"), "") ? temp.get("Sample_code") : null;
+            Double size = !Objects.equals(temp.get("StandardLength"), "") ? valueOf(temp.get("StandardLength")) : null;
+            Double infes = !Objects.equals(temp.get("NParasitesTotal"), "") ? valueOf(temp.get("NParasitesTotal")) : null;
+
+            Poisson newP = new Mackerel(id,size,infes);
+            newP.setFishParts( Mackerel.parsePartiePoisson(temp) );
             fishSet.add(newP);
         }
 
 
         return fishSet;
     }
+
+    /**
+     *
+     * @param entry
+     * @return
+     */
+    private static HashSet<PartiePoisson> parsePartiePoisson(HashMap<String,String> entry){
+
+        HashSet<PartiePoisson> response = new HashSet<>();
+
+        for( String k: entry.keySet() ){
+            if( k.contains( "Anisakis_" ) ){
+                String bodyPart = k.split( "Anisakis_" )[1];
+                Double value = !Objects.equals(entry.get(k), "") ? valueOf(entry.get(k)) : null;
+                PartiePoisson p = new PartiePoisson(bodyPart, value);
+                response.add(p);
+            }
+        }
+
+        return response;
+    }
 }

src/ecoparasite/poisson/Merlu.java

@@ -1,6 +1,7 @@
 package ecoparasite.poisson;
 
 import ecoparasite.input.DataParsing;
+import ecoparasite.input.InvalidParsingException;
 import ecoparasite.input.RawData;
 import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
 
@@ -24,10 +25,24 @@ public class Merlu extends Poisson implements DataParsing {
         super(id, length, null, infestation);
     }
 
+    /**
+     * Implémentation de la fonction parse de DataParsing.
+     * Renvoie un tableau de poissons à partir d'un RawData.
+     *
+     * @param data Notre RawData
+     * @param parseTypeId L'ID du type de parsing, ignoré ici.
+     * @return Le tableau de poissons.
+     * @throws RawDataOverflow Si on a un dépassement de données dans notre RawData.
+     */
+    public static HashSet<Poisson> parse(RawData data, int parseTypeId) throws RawDataOverflow, InvalidParsingException {
+        return Mackerel.parse(data);
+    }
+
     /**
      * Implémentation de la fonction parse de Dataparsing
-     * @param data
+     * @param data Notre RawData
      * @return tableau des poissons
+     * @throws RawDataOverflow Si on a un dépassement des données de notre objet RawData.
      */
     public static HashSet<Poisson> parse(RawData data) throws RawDataOverflow {
 

src/ecoparasite/poisson/PartiePoisson.java

@@ -1,4 +1,61 @@
 package ecoparasite.poisson;
 
-public abstract class PartiePoisson {
+/**
+ * Permet d'illustrer une partie d'un poisson.
+ */
+public class PartiePoisson {
+
+    /**
+     * Nom de la partie du poisson.
+     */
+    private String name;
+
+    /**
+     * Le taux d'infestation de cette partie du poisson.
+     */
+    private Double infestation;
+
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Génère une partie complète.
+     *
+     * @param name Le nom de la partie.
+     * @param infestation Le taux d'infestation de la partie du poisson.
+     */
+    public PartiePoisson(String name, Double infestation) {
+        this.name = name;
+        this.infestation = infestation;
+    }
+
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Génère une infestation de null comme non communiqué.
+     *
+     * @param name Le nom de la partie.
+     */
+    public PartiePoisson(String name){
+        this.name = name;
+        this.infestation = null;
+    }
+
+    /*
+        GETTERS / SETTERS
+     */
+
+    public String getName() {
+        return name;
+    }
+
+    public void setName(String name) {
+        this.name = name;
+    }
+
+    public Double getInfestation() {
+        return infestation;
+    }
+
+    public void setInfestation(Double infestation) {
+        this.infestation = infestation;
+    }
+
 }

src/ecoparasite/poisson/Poisson.java

@@ -61,6 +61,31 @@ public class Poisson{
         return infestation;
     }
 
+    /**
+     * Getter de l'attribut des parties de poisson.
+     * @return Le HashSet des parties de poisson.
+     */
+    public HashSet<PartiePoisson> getFishParts() {
+        return fishParts;
+    }
+
+    /**
+     * Setter de l'attribut infestation
+     * @param infestation le Double de la nouvelle valeur de l'infestation
+     */
+    public void setInfestation(Double infestation) {
+        this.infestation = infestation;
+    }
+
+
+    /**
+     * Setter de l'attribut des parties de poisson.
+     * @param fishParts Un hashset de parties de poisson.
+     */
+    public void setFishParts(HashSet<PartiePoisson> fishParts) {
+        this.fishParts = fishParts;
+    }
+
     /**
      * Permet d'afficher les informations de notre poisson
      * @return La string contenant les informations

src/ecoparasite/population/Population.java

@@ -1,50 +1,118 @@
-    package ecoparasite.population;
+package ecoparasite.population;
 
-    import java.util.HashMap;
-    import java.util.HashSet;
+import ecoparasite.input.DataParsing;
+import ecoparasite.input.InvalidParsingException;
+import ecoparasite.input.RawData;
+import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
 
-    public class Population {
+import java.util.HashMap;
+import java.util.HashSet;
 
-        private String id;
-        private PopulationArgs total;
-        private HashMap<Integer,PopulationArgs> perYear;
+/**
+ * Permet de gérer une population selon les années.
+ */
+public class Population implements DataParsing {
 
-        public Population(String id, PopulationArgs total, HashMap<Integer,PopulationArgs> perYear) {
-            this.id = id;
-            this.total = total;
-            this.perYear = perYear;
-        }
+    /**
+     * Espèce de la population.
+     */
+    private String id;
 
-        public Population(String id, PopulationArgs total) {
-            this.id = id;
-            this.total = total;
-            this.perYear = new HashMap<>();
-        }
+    /**
+     * Les informations de la population sur le total.
+     */
+    private PopulationArgs total;
 
-        public Population(String id) {
-            this.id = id;
-            this.total = null;
-            this.perYear = new HashMap<>();
-        }
-
-        public String getId() {
-            return id;
-        }
-
-        public PopulationArgs getTotal() {
-            return total;
-        }
-
-        public HashMap<Integer,PopulationArgs> getPerYear() {
-            return perYear;
-        }
-
-        public void setTotal(PopulationArgs total) {
-            this.total = total;
-        }
-
-        public void setPerYear(HashMap<Integer,PopulationArgs> perYear) {
-            this.perYear = perYear;
-        }
+    /**
+     * Les informations de la population par année.
+     * Clé : Année, Valeur : Informations de la population.
+     */
+    private HashMap<Integer,PopulationArgs> perYear;
 
+    /**
+     * Constructeur.
+     * @param id Espèce
+     * @param total Les informations totales.
+     * @param perYear  Les informations par année.
+     */
+    public Population(String id, PopulationArgs total, HashMap<Integer,PopulationArgs> perYear) {
+        this.id = id;
+        this.total = total;
+        this.perYear = perYear;
     }
+
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Pour les informations par année, crée une HashMap vide. Devra être rempli après coup.
+     * @param id Espèce de la population.
+     * @param total Les informations totales.
+     */
+    public Population(String id, PopulationArgs total) {
+        this.id = id;
+        this.total = total;
+        this.perYear = new HashMap<>();
+    }
+
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Pour les informations du total, sont remplacés par null.
+     * Pour les informations par année, crée une HashMap vide. Devra être rempli après coup.
+     * @param id Espèce de la population.
+     */
+    public Population(String id) {
+        this.id = id;
+        this.total = null;
+        this.perYear = new HashMap<>();
+    }
+
+    /*
+        GETTERS / SETTERS
+     */
+
+    public String getId() {
+        return id;
+    }
+
+    public PopulationArgs getTotal() {
+        return total;
+    }
+
+    public HashMap<Integer,PopulationArgs> getPerYear() {
+        return perYear;
+    }
+
+    public void setTotal(PopulationArgs total) {
+        this.total = total;
+    }
+
+    public void setPerYear(HashMap<Integer,PopulationArgs> perYear) {
+        this.perYear = perYear;
+    }
+
+    /**
+     * Raccourci vers les méthodes de DataParsing.
+     * @param data Notre objet RawData.
+     * @param parseTypeId L'ID de parsing.
+     * @return
+     */
+    public static HashSet<Population> parse(RawData data, int parseTypeId ) throws RawDataOverflow, InvalidParsingException {
+        switch (parseTypeId) {
+            case 1:
+                return PopulationParsing.parseParasitesPeru(data);
+            default:
+                throw new InvalidParsingException(parseTypeId, Population.class.getSimpleName() );
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Raccourci vers les méthodes de DataParsing.
+     * Va par défaut faire ceux des parasites du Perou.
+     *
+     * @param data Notre objet RawData.
+     * @return Notre tableau de populations.
+     */
+    public static  HashSet<Population> parse(RawData data){
+        return PopulationParsing.parseParasitesPeru(data);
+    }
+
+}

src/ecoparasite/population/PopulationArgInterval.java

@@ -1,17 +1,44 @@
 package ecoparasite.population;
 
+/**
+ * Classe qui permet de gérer un intervalle de données issues d'un CSV.
+ *
+ * Trois données : minimum, maximum et moyenne entre minimum et maximum.
+ */
 public class PopulationArgInterval {
 
+    /**
+     * Valeur minimale.
+     */
     private Double min;
+
+    /**
+     * Valeur maximale.
+     */
     private Double max;
 
+    /**
+     * Moyenne entre la valeur minimale et maximale.
+     */
     private Double mean;
 
+    /**
+     * Constructeur. La moyenne doit être précisée.
+     * @param min Valeur minimale
+     * @param max Valeur maximale
+     * @param mean Moyenne
+     */
     public PopulationArgInterval(Double min, Double max, Double mean) {
         this.min = min;
         this.max = max;
         this.mean = mean;
     }
+
+    /**
+     * Constructeur. La moyenne est calculé automatiquement.
+     * @param min Valeur minimale
+     * @param max Valeur maximale.
+     */
     public PopulationArgInterval(Double min, Double max) {
         this.min = min;
         this.max = max;
@@ -28,12 +55,26 @@ public class PopulationArgInterval {
         return this.mean;
     }
 
+    /**
+     * Permet de transformer un intervalle en double.
+     * Si le minimum est égal au maximum, cette valeur est retourné.
+     * Sinon la moyenne est retourné.
+     *
+     * @return La valeur transformée en Double.
+     */
     public Double transformToDouble(){
         if( this.min == this.max )
             return this.min;
         return this.mean;
     }
 
+    /**
+     * Permet de transformer une String (Extraite d'un fichier CSV) et de la transformer en Intervalle.
+     * Gère les séparateurs +/- ainsi que l'entre deux. Sinon, elle sera juste convertie avec minimum = maximum.
+     *
+     * @param rawValue La valeur brute.
+     * @return La valeur en tant qu'intervalle.
+     */
     public static PopulationArgInterval fromString( String rawValue ){
 
         if( rawValue.contains( "±" ) ){ // Plus ou moins.

src/ecoparasite/population/PopulationArgs.java

@@ -1,9 +1,19 @@
 package ecoparasite.population;
 
+/**
+ * Permet de stocker les paramètres d'une population pour une année spécifique.
+ * Par convention, si on est sur le total, on mettra comme année 0.
+ */
 public class PopulationArgs {
 
+    /**
+     * Année de référence pour ces paramètres.
+     */
     private int year;
 
+    /**
+     * Le nombre d'individus analysés.
+     */
     private int number;
     private PopulationArgInterval length;
     private PopulationArgInterval width;
@@ -12,6 +22,19 @@ public class PopulationArgs {
     private Double intensity;
     private Double abondance;
 
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Toutes les données peuvent être préremplis dans ce constructeur sauf l'année.
+     * L'année sera par défaut à zéro.
+     *
+     * @param N
+     * @param length
+     * @param width
+     * @param prevalence
+     * @param ic
+     * @param intensity
+     * @param abondance
+     */
     public PopulationArgs(
             int N,
             PopulationArgInterval length,
@@ -31,6 +54,19 @@ public class PopulationArgs {
         this.abondance = abondance;
     }
 
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Toutes les données ainsi que l'année peuvent être préremplis.
+     *
+     * @param year
+     * @param N
+     * @param length
+     * @param width
+     * @param prevalence
+     * @param ic
+     * @param intensity
+     * @param abondance
+     */
     public PopulationArgs(
             int year,
             int N,
@@ -51,16 +87,30 @@ public class PopulationArgs {
         this.abondance = abondance;
     }
 
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Permet de remplir tout d'abord l'année, les autres paramètres seront remplis par les setters.
+     *
+     * @param year
+     */
     public PopulationArgs(
             int year
     ){
         this.year = year;
     }
 
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Initialise l'objet avec une année par défaut (0).
+     */
     public PopulationArgs(){
         this.year = 0;
     }
 
+    /*
+      GETTERS / SETTERS
+     */
+
     public int getYear() {
         return year;
     }

src/ecoparasite/population/PopulationParsing.java

@@ -6,9 +6,18 @@ import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
 import java.util.HashMap;
 import java.util.HashSet;
 
+/**
+ * Permet de parser une population spécifique via les schémas fournis.
+ */
 public class PopulationParsing {
 
-    public static HashMap<String,Population> parseParasitesPeru(RawData peruRawData ){
+    /**
+     * Permet, à partir d'un objet RawData, de parse les données tel que le fichier parasitesPeru est structuré.
+     *
+     * @param peruRawData
+     * @return Une liste des populations incluses.
+     */
+    public static HashSet<Population> parseParasitesPeru(RawData peruRawData ){
 
         HashMap<String,Population> response = new HashMap<>();
 
@@ -19,9 +28,9 @@ public class PopulationParsing {
                 HashMap<String,String> fields = peruRawData.getEntry(index);
 
                 String espece = fields.get("Espèce");
-                System.out.println(espece);
                 String parametre = fields.get("Paramètre");
 
+                // Récupère la population si elle existe déjà.
                 Population population = null;
                 if( response.containsKey( espece ) ){
                     population = response.get(espece);
@@ -59,13 +68,20 @@ public class PopulationParsing {
                 response.put( espece, population );
                 index++;
             }
-        } catch (RawDataOverflow e){
+        } catch (RawDataOverflow e){ // Débordement, on a atteint la fin de l'objet RawData.
             // Stop.
         }
 
-        return response;
+        return new HashSet<Population>( response.values() );
     }
 
+    /**
+     * Permet d'appliquer la valeur au paramètre respectif en se basant sur le nom de la colonne.
+     *
+     * @param populationArgs Les paramètres de la population actuelle.
+     * @param column Le nom de la colonne dans le fichier CSV
+     * @param value La valeur a affecter
+     */
     private static void applyValueForParasitesPeru( PopulationArgs populationArgs, String column, String value ){
         switch( column ){
             case "N":

tests/ecoparasite/completion/CompletionTest.java

@@ -15,13 +15,15 @@ import static org.junit.jupiter.api.Assertions.*;
 class CompletionTest {
 
     @org.junit.jupiter.api.Test
-    void completePoisson() throws InputFileException, RawDataOverflow {
+    void completePoissonMean() throws InputFileException, RawDataOverflow {
 
-        RawData test = InputFactory.readData("test.csv");
+        RawData test = InputFactory.readData("testComplete.csv");
 
         HashSet<Poisson> testp = Mackerel.parse(test);
 
-        testp = Completion.completePoisson(testp);
+        System.out.println(testp);
+
+        testp = Completion.completePoissonMean(testp);
 
         System.out.println(testp);
     }

tests/ecoparasite/input/InputFactoryTest.java

@@ -23,7 +23,7 @@ class InputFactoryTest {
 
     @org.junit.jupiter.api.Test
     void readData() throws InputFileException {
-        RawData test = InputFactory.readData("test.csv");
+        RawData test = InputFactory.readData("testComplete.csv");
 
         System.out.println(test.getData());
 

tests/ecoparasite/input/RawDataTest.java

@@ -11,7 +11,7 @@ class RawDataTest {
 
     @Test
     void getColumnsNames() throws InputFileException {
-        RawData test = InputFactory.readData("test.csv");
+        RawData test = InputFactory.readData("testComplete.csv");
 
         HashSet<String> d = new HashSet<>();
 
@@ -27,7 +27,7 @@ class RawDataTest {
 
     @Test
     void getDataFromColumn() throws InputFileException {
-        RawData test = InputFactory.readData("test.csv");
+        RawData test = InputFactory.readData("testComplete.csv");
 
         System.out.println(test.getDataFromColumn("Sample_code"));
 
@@ -35,7 +35,7 @@ class RawDataTest {
 
     @Test
     void getEntry() throws InputFileException, RawDataOverflow {
-        RawData test = InputFactory.readData("test.csv");
+        RawData test = InputFactory.readData("testComplete.csv");
 
         System.out.println(test.getEntry(2));
     }

tests/ecoparasite/nettoyage/NettoyageTest.java

@@ -0,0 +1,30 @@
+package ecoparasite.nettoyage;
+
+import ecoparasite.completion.Completion;
+import ecoparasite.input.InputFactory;
+import ecoparasite.input.InputFileException;
+import ecoparasite.input.RawData;
+import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
+import ecoparasite.poisson.Mackerel;
+import ecoparasite.poisson.Poisson;
+import org.junit.jupiter.api.Test;
+
+import java.util.HashSet;
+
+class NettoyageTest {
+
+    @org.junit.jupiter.api.Test
+    void nettoiePoissonMean() throws InputFileException, RawDataOverflow {
+
+        RawData test = InputFactory.readData("testNettoie.csv");
+
+        HashSet<Poisson> testp = Mackerel.parse(test);
+
+        System.out.println(testp);
+
+        testp = Nettoyage.nettoiePoissonMean(testp);
+
+        System.out.println(testp);
+    }
+
+}

tests/ecoparasite/population/PopulationParsingTest.java

@@ -6,7 +6,7 @@ import ecoparasite.input.RawData;
 import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
 import org.junit.jupiter.api.Test;
 
-import java.util.HashMap;
+import java.util.HashSet;
 
 import static org.junit.jupiter.api.Assertions.*;
 
@@ -16,7 +16,8 @@ class PopulationParsingTest {
     void parseParasitesPeru() throws InputFileException, RawDataOverflow {
 
         RawData parasitesPeru = InputFactory.readData( InputFactory.DATA_PARASITES_PERU, "," );
-        HashMap<String,Population> populations = PopulationParsing.parseParasitesPeru( parasitesPeru );
+        HashSet<Population> populations = Population.parse( parasitesPeru );
         System.out.println( populations);
     }
+
 }