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Projet.iml

@@ -4,8 +4,43 @@
     <exclude-output />
     <content url="file://$MODULE_DIR$">
       <sourceFolder url="file://$MODULE_DIR$/src" isTestSource="false" />
+      <sourceFolder url="file://$MODULE_DIR$/tests" isTestSource="true" />
     </content>
     <orderEntry type="inheritedJdk" />
     <orderEntry type="sourceFolder" forTests="false" />
+    <orderEntry type="module-library" scope="TEST">
+      <library name="JUnit6">
+        <CLASSES>
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+        </CLASSES>
+        <JAVADOC />
+        <SOURCES />
+      </library>
+    </orderEntry>
   </component>
 </module>

UML/classes.puml

@@ -27,7 +27,7 @@ namespace ecoparasite {
         InputFactory o--> RawData
 
         interface DataParsing {
-            + HashSet<Poisson> parse()
+            + HashSet<T> parse()
         }
 
         exception InputFileException {
@@ -41,12 +41,17 @@ namespace ecoparasite {
             + String getMessage()
         }
 
+        exception InvalidParsingException {
+            - int parsingId
+            - String parsingClass
+        }
+
     }
 
     namespace ecoparasite.poissons {
 
         class Poisson {
-            - String specie
+            - String id
             - Double length
             - Double weight
             - Double infestation
@@ -64,12 +69,54 @@ namespace ecoparasite {
             + Mackerel()
         }
 
-        abstract class PartiePoisson {
+        class PartiePoisson {
+            - String name
+            - Double infestation
+            + PartiePoisson(String name, Double infestation)
         }
 
         Poisson o--> PartiePoisson : # fishParts
     }
 
+    namespace ecoparasite.population {
+
+        class Population implements ecoparasite.input.DataParsing {
+            - String id
+            - HashMap<Integer,PopulationArgs> perYear
+            + Population()
+        }
+
+        Population o--> PopulationArgs : - total
+
+        class PopulationArgs {
+            - int year
+            - int number
+            - Double intensity
+            - Double abondance
+            + PopulationArgs()
+        }
+
+        PopulationArgs o--> PopulationArgInterval : - length
+        PopulationArgs o--> PopulationArgInterval : - width
+        PopulationArgs o--> PopulationArgInterval : - prevalence
+        PopulationArgs o--> PopulationArgInterval : - ic
+
+        class PopulationArgInterval {
+            - Double min
+            - Double max
+            - Double mean
+            + PopulationArgInterval()
+            + PopulationArgInterval()
+            + Double transformToDouble()
+            + {static} PopulationArgInterval fromString()
+        }
+
+        class PopulationParsing {
+            + {static} HashSet<Population> parseParasitesPeru()
+            - {static} void applyValueForParasitesPeru()
+        }
+    }
+
     namespace ecoparasite.unknown {
 
         note top of ecoparasite.unknown : Ce paquet est temporaire pour des classes / interfaces qui devront avoir plus de déclinaisons.

data/Campagne/merlu2018_75164.csv

@@ -1,4 +1,4 @@
-nom.merlu;m.size (mm);number of Anisakis sp L3;m.d15N (<EFBFBD>);m.d13C (<EFBFBD>);m.C/N;m.MeHg (ng g-1 dw);m.IHg (ng g-1 dw);m.THg (ng g-1 dw);m.PCB 101 (ng g-1 dw);m.PCB 118 (ng g-1 dw);m.PCB 138 (ng g-1 dw);m.PCB 149 (ng g-1 dw);m.PCB 153 (ng g-1 dw);m.PCB 180 (ng g-1 dw);m.PCB 194 (ng g-1 dw);m.HHCB (ng g-1 dw);m.AHTN (ng g-1 dw);m.EHMC (ng g-1 dw);;a.d15N (<EFBFBD>);a.d13C (<EFBFBD>);a.CN;a.MeHg (ng g-1 dw);a.IHg (ng g-1 dw);a.THg (ng g-1 dw);a.PCB 101 (ng g-1 dw);a.PCB 118 (ng g-1 dw);a.PCB 138 (ng g-1 dw);a.PCB 149 (ng g-1 dw);a.PCB 153 (ng g-1 dw);a.PCB 180 (ng g-1 dw);a.PCB 194 (ng g-1 dw);a.HHCB (ng g-1 dw);a.AHTN (ng g-1 dw);a.OC (ng g-1 dw)
+nom.merlu;m.size (mm);number of Anisakis sp L3;m.d15N (‰);m.d13C (‰);m.C/N;m.MeHg (ng g-1 dw);m.IHg (ng g-1 dw);m.THg (ng g-1 dw);m.PCB 101 (ng g-1 dw);m.PCB 118 (ng g-1 dw);m.PCB 138 (ng g-1 dw);m.PCB 149 (ng g-1 dw);m.PCB 153 (ng g-1 dw);m.PCB 180 (ng g-1 dw);m.PCB 194 (ng g-1 dw);m.HHCB (ng g-1 dw);m.AHTN (ng g-1 dw);m.EHMC (ng g-1 dw);;a.d15N (‰);a.d13C (‰);a.CN;a.MeHg (ng g-1 dw);a.IHg (ng g-1 dw);a.THg (ng g-1 dw);a.PCB 101 (ng g-1 dw);a.PCB 118 (ng g-1 dw);a.PCB 138 (ng g-1 dw);a.PCB 149 (ng g-1 dw);a.PCB 153 (ng g-1 dw);a.PCB 180 (ng g-1 dw);a.PCB 194 (ng g-1 dw);a.HHCB (ng g-1 dw);a.AHTN (ng g-1 dw);a.OC (ng g-1 dw)
 150318 HKE01;425;237;13.36;-18.23;3.10;610.21;244.26;854.48;2.85;1.59;28.78;9.10;32.84;22.60;3.40;1.26;<LOQ;<LOQ;;10.84;-19.32;5.88;67.69;8.57;76.26;18.26;10.74;45.90;17.54;41.19;32.64;<LOQ;<LOQ;<LOQ;83.21
 150318 HKE08;527;276;13.44;-18.22;3.15;749.39;1110.64;1860.03;3.25;1.32;27.91;8.73;34.12;22.66;1.73;0.19;<LOQ;<LOQ;;11.57;-18.74;5.01;77.88;14.85;92.73;11.56;6.56;31.88;15.19;37.80;21.68;<LOQ;3.38;2.31;63.30
 150318 HKE09;540;454;13.53;-17.99;3.11;796.23;299.18;1095.40;3.74;3.39;25.72;9.04;32.81;13.87;2.80;1.09;0.11;<LOQ;;11.13;-18.69;5.23;86.01;16.39;102.40;10.74;9.06;63.45;22.81;73.25;47.00;<LOQ;1.96;<LOQ;36.78

data/test.csv

@@ -0,0 +1,9 @@
+Sample_code;Station;Latitude;Longitude;Depth;d13C_raw;d13C_corr;d15N;C_N;StandardLength;TrophicLevel;Anisakis_abdominalcavity;Anisakis_Liver;Anisakis_gonads;Anisakis_stomach;NParasitesViscera;Anisakis_Muscle_Right;Anisakis_Muscle_Left;Aniskis_Muscle_total;NParasitesTotal
+TRACTRA_S0575_A0439;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-20.09735065;-19.14374028;12.52361179;4.316778148;257;3.117572211;7;1;0;1;9;1;3;4;13
+TRACTRA_S0575_A0440;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-20.02738845;-19.42703789;12.25444555;3.959950061;252;3.038405671;263;5;0;21;289;12;11;23;312
+TRACTRA_S0575_A0441;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-19.82735569;-18.83090708;12.97020596;4.360049101;254;3.248923438;51;1;12;1;65;2;3;5;70
+TRACTRA_S0575_A0442;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-19.37802102;-18.26777864;13.43393806;4.4749923;242;3.385315231;158;6;0;1;165;9;19;28;193
+TRACTRA_S0575_A0443;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-18.20541518;-18.20541518;12.68793425;3.369189318;254;3.165902347;67;1;10;1;79;1;6;7;86
+TRACTRA_S0575_A0444;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-20.21559661;-18.91007641;12.62442312;4.672242625;251;3.147222601;140;1;0;0;141;3;6;9;150
+TRACTRA_S0575_A0888;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-20.21559661;-18.91007641;12.62442312;4.672242625;259;3.147222601;;;;;;;;;
+TRACTRA_S0575_A0445;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-19.43517323;-19.13886211;11.25439721;3.65283952;258;2.744273805;281;5;0;3;289;1;8;9;298

src/ecoparasite/completion/Completion.java

@@ -0,0 +1,35 @@
+package ecoparasite.completion;
+
+import ecoparasite.poisson.Poisson;
+
+import java.util.HashSet;
+
+public class Completion {
+
+    public static HashSet<Poisson> completePoisson(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+
+        double mean = mean(tablePoisson);
+
+        for (Poisson p : tablePoisson) {
+
+            if ( p.getInfestation().isNaN() ) {
+                p.setInfestation(mean);
+            }
+        }
+
+        return tablePoisson;
+    }
+
+    private static double mean(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+
+        double mean = 0.0;
+
+        for (Poisson p : tablePoisson){
+            mean += p.getInfestation();
+        }
+
+        return mean / tablePoisson.size();
+    }
+
+
+}

src/ecoparasite/input/DataParsing.java

@@ -4,7 +4,26 @@ import ecoparasite.poisson.Poisson;
 
 import java.util.HashSet;
 
+/**
+ * Interface définissant la fonction de Parsing des données
+ */
 public interface DataParsing {
 
-    public HashSet<Poisson> parse(RawData data);
+    /**
+     * Permet de parser un élément à partir d'un objet RawData.
+     * @param data l'objet RawData
+     * @param parseTypeId Permet d'indiquer le type de Parsing que l'on veut.
+     * @return Un HashSet de données T retourné.
+     * @param <T> Notre paramètre générique adaptable à plusieurs classes.
+     * @throws RawDataOverflow Si on dépasse la taille de l'objet RawData.
+     * @throws InvalidParsingException Si le type de parsing n'existe pas.
+     */
+    public static <T> HashSet<T> parse(RawData data, int parseTypeId ) throws RawDataOverflow, InvalidParsingException {
+        return null;
+    }
+
+    public static <T> HashSet<T> parse(RawData data) throws RawDataOverflow, InvalidParsingException {
+        return null;
+    }
+
 }

src/ecoparasite/input/InputFactory.java

@@ -18,6 +18,7 @@ public class InputFactory {
 
     final public static String DATA_MACKEREL = "Campagne/mackerel.97442.csv";
     final public static String DATA_MERLU = "Campagne/merlu2018_75164.csv";
+    final public static String DATA_PARASITES_PERU = "Combinés/ParasitesPeru2021.csv";
 
     /**
      * Construit le chemin vers le fichier de données voulu.

src/ecoparasite/input/InvalidParsingException.java

@@ -0,0 +1,37 @@
+package ecoparasite.input;
+
+/**
+ * Gère une exception lorsque qu'un type de parsing n'existe pas ou bien
+ * qu'une erreur est survenue durant le parsing d'une donnée.
+ */
+public class InvalidParsingException extends Exception {
+
+    /**
+     * L'ID du parsing voulant être réalisé.
+     */
+    private int parsingId;
+
+    /**
+     * De quel classe provient ce parsing.
+     */
+    private String parsingSource;
+
+    /**
+     * Constructeur.
+     * @param parsingId ID du parsing
+     * @param parsingSource La classe d'où provient ce parsing.
+     */
+    public InvalidParsingException(int parsingId, String parsingSource) {
+        this.parsingId = parsingId;
+        this.parsingSource = parsingSource;
+        super();
+    }
+
+    public int getParsingId() {
+        return parsingId;
+    }
+    public String getParsingSource() {
+        return parsingSource;
+    }
+
+}

src/ecoparasite/input/RawData.java

@@ -99,7 +99,7 @@ public class RawData {
      * Permet d'obtenir tous les champs d'une entrée.
      * @param index Entrée que vous voulez obtenir, le minimum est l'entrée 1. Le maximum dépend du Dataframe.
      * @return Une HashMap <colonne, valeur>.
-     * @throws RawDataOverflow Si vous avez dépasses le maximum d'entrées du DataFrame.
+     * @throws RawDataOverflow Si vous avez dépassé le maximum d'entrées du DataFrame.
      */
     public HashMap<String,String> getEntry(int index) throws RawDataOverflow {
 
@@ -110,7 +110,7 @@ public class RawData {
         HashMap<String,String> entry = new HashMap<>();
 
         for( ArrayList<String> row : data ){
-            if( index > row.size()){
+            if( index >= row.size()){
                 throw new RawDataOverflow( index, row.size() );
             }
             entry.put( row.getFirst(), row.get( index ) );

src/ecoparasite/nettoyage/Nettoyage.java

@@ -0,0 +1,63 @@
+package ecoparasite.nettoyage;
+
+import ecoparasite.poisson.Poisson;
+
+import java.util.HashSet;
+
+public class Nettoyage {
+
+    /**
+     *
+     * @param tablePoisson
+     * @return
+     */
+    public static HashSet<Poisson> nettoiePoisson(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+
+        double mean = mean(tablePoisson); //Moyenne
+        double ecart = ecartType(tablePoisson); // Ecart Type
+
+        double z = 0;
+
+        for (Poisson p : tablePoisson) {
+            z = ( p.getInfestation() - mean ) / ecart;
+
+            if ( z >= 3 ) {
+                p.setInfestation(mean);
+            }
+        }
+
+        return tablePoisson;
+    }
+
+    private static double mean(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+
+        double mean = 0.0;
+
+        for (Poisson p : tablePoisson){
+            mean += p.getInfestation();
+        }
+
+        return mean / tablePoisson.size();
+    }
+
+    private static double variance(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+
+        double vari = 0.0;
+        double mean = mean(tablePoisson);
+
+        for (Poisson p : tablePoisson) {
+            vari += Math.pow( (p.getInfestation() - mean), 2);
+        }
+
+        return vari / tablePoisson.size();
+    }
+
+    private static double ecartType(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+
+        double vari = variance(tablePoisson);
+
+        return Math.sqrt(vari);
+    }
+
+
+}

src/ecoparasite/poisson/Mackerel.java

@@ -1,26 +1,81 @@
 package ecoparasite.poisson;
 
 import ecoparasite.input.DataParsing;
+import ecoparasite.input.InvalidParsingException;
 import ecoparasite.input.RawData;
+import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
 
+import java.util.HashMap;
 import java.util.HashSet;
 
+import static java.lang.Double.valueOf;
+
 /**
  * Hérite de Poisson.
  * Ajoute les fonctions de Parsing liés aux données collectées sur le Mackerel.
  */
 public class Mackerel extends Poisson implements DataParsing {
-    public Mackerel(String species, Double length, Double infestation) {
-        super(species, length, null, infestation);
+
+    /**
+     * Constructeur de Mackerel
+     * @param length
+     * @param infestation
+     */
+    public Mackerel(String id, Double length, Double infestation) {
+        super(id, length, null, infestation);
     }
 
-    @Override
-    public HashSet<Poisson> parse(RawData data) {
+    /**
+     * Implémentation de la fonction parse de DataParsing.
+     * Renvoie un tableau de poissons à partir d'un RawData.
+     *
+     * @param data Notre RawData
+     * @param parseTypeId L'ID du type de parsing, ignoré ici.
+     * @return Le tableau de poissons.
+     * @throws RawDataOverflow Si on a un dépassement de données dans notre RawData.
+     * @throws InvalidParsingException
+     */
+    public static HashSet<Poisson> parse(RawData data, int parseTypeId) throws RawDataOverflow, InvalidParsingException {
+        return Mackerel.parse(data);
+    }
+
+    /**
+     * Implémentation de la fonction parse de Dataparsing
+     * @param data Notre RawData.
+     * @return tableau des poissons
+     * @throws RawDataOverflow Si on a un dépassement de données dans notre RawDataOverflow.
+     */
+    public static HashSet<Poisson> parse(RawData data) throws RawDataOverflow {
+
+        HashMap<String,String> temp = new HashMap<>();
 
         HashSet<Poisson> fishSet;
         fishSet = new HashSet<>();
 
+        for (int i = 0; i < data.getData().getFirst().size(); i++) {
+            temp = data.getEntry(i);
+            Poisson newP = new Mackerel(temp.get("Sample_code"),valueOf(temp.get("StandardLength")),valueOf(temp.get("NParasitesViscera")));
+            newP.setFishParts( Mackerel.parsePartiePoisson(temp) );
+            fishSet.add(newP);
+        }
+
 
         return fishSet;
     }
+
+    private static HashSet<PartiePoisson> parsePartiePoisson(HashMap<String,String> entry){
+
+        HashSet<PartiePoisson> response = new HashSet<>();
+
+        for( String k: entry.keySet() ){
+            if( k.contains( "Anisakis_" ) ){
+                String bodyPart = k.split( "Anisakis_" )[1];
+                Double value = valueOf(entry.get(k));
+                PartiePoisson p = new PartiePoisson(bodyPart, value);
+                response.add(p);
+            }
+        }
+
+        return response;
+    }
 }

src/ecoparasite/poisson/Merlu.java

@@ -1,10 +1,15 @@
 package ecoparasite.poisson;
 
 import ecoparasite.input.DataParsing;
+import ecoparasite.input.InvalidParsingException;
 import ecoparasite.input.RawData;
+import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
 
+import java.util.HashMap;
 import java.util.HashSet;
 
+import static java.lang.Double.valueOf;
+
 /**
  * Hérite de Poisson.
  * Ajoute les fonctions de Parsing liés aux données collectées sur le Merlu.
@@ -16,21 +21,43 @@ public class Merlu extends Poisson implements DataParsing {
      * @param length Un Wrapper Double representant la longueur/taille du poisson
      * @param infestation Un Wrapper Double representant le taux de parasite du poisson
      */
-    public Merlu(Double length, Double infestation) {
-        super("Merlu", length, null, infestation);
+    public Merlu(String id, Double length, Double infestation) {
+        super(id, length, null, infestation);
+    }
+
+    /**
+     * Implémentation de la fonction parse de DataParsing.
+     * Renvoie un tableau de poissons à partir d'un RawData.
+     *
+     * @param data Notre RawData
+     * @param parseTypeId L'ID du type de parsing, ignoré ici.
+     * @return Le tableau de poissons.
+     * @throws RawDataOverflow Si on a un dépassement de données dans notre RawData.
+     */
+    public static HashSet<Poisson> parse(RawData data, int parseTypeId) throws RawDataOverflow, InvalidParsingException {
+        return Mackerel.parse(data);
     }
 
     /**
      * Implémentation de la fonction parse de Dataparsing
-     * @param data
+     * @param data Notre RawData
      * @return tableau des poissons
+     * @throws RawDataOverflow Si on a un dépassement des données de notre objet RawData.
      */
-    @Override
-    public HashSet<Poisson> parse(RawData data) { //TODO
+    public static HashSet<Poisson> parse(RawData data) throws RawDataOverflow {
+
+        HashMap<String,String> temp = new HashMap<>();
 
         HashSet<Poisson> fishSet;
         fishSet = new HashSet<>();
 
+        for (int i = 0; i < data.getData().getFirst().size(); i++) {
+            temp = data.getEntry(i);
+            Poisson newP = new Merlu(temp.get("nom.merlu"),valueOf(temp.get("m.size (mm)")),valueOf(temp.get("number of Anisakis sp L3")));
+
+            fishSet.add(newP);
+        }
+
 
         return fishSet;
     }

src/ecoparasite/poisson/PartiePoisson.java

@@ -1,4 +1,61 @@
 package ecoparasite.poisson;
 
-public abstract class PartiePoisson {
+/**
+ * Permet d'illustrer une partie d'un poisson.
+ */
+public class PartiePoisson {
+
+    /**
+     * Nom de la partie du poisson.
+     */
+    private String name;
+
+    /**
+     * Le taux d'infestation de cette partie du poisson.
+     */
+    private Double infestation;
+
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Génère une partie complète.
+     *
+     * @param name Le nom de la partie.
+     * @param infestation Le taux d'infestation de la partie du poisson.
+     */
+    public PartiePoisson(String name, Double infestation) {
+        this.name = name;
+        this.infestation = infestation;
+    }
+
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Génère une infestation de null comme non communiqué.
+     *
+     * @param name Le nom de la partie.
+     */
+    public PartiePoisson(String name){
+        this.name = name;
+        this.infestation = null;
+    }
+
+    /*
+        GETTERS / SETTERS
+     */
+
+    public String getName() {
+        return name;
+    }
+
+    public void setName(String name) {
+        this.name = name;
+    }
+
+    public Double getInfestation() {
+        return infestation;
+    }
+
+    public void setInfestation(Double infestation) {
+        this.infestation = infestation;
+    }
+
 }

src/ecoparasite/poisson/Poisson.java

@@ -8,7 +8,7 @@ import java.util.HashSet;
  */
 public class Poisson{
 
-    private String specie;
+    private String id;
     private Double length;
     private Double weight;
     private Double infestation;
@@ -16,13 +16,13 @@ public class Poisson{
 
     /**
      * Constructeur de l'objet Poisson
-     * @param specie Une String representant l'espece du poisson
+     * @param id Une String representant l'espece du poisson
      * @param length Un Wrapper Double representant la longueur/taille du poisson
      * @param weight Un Wrapper Double representant le poids du poisson
      * @param infestation Un Wrapper Double representant le taux de parasite du poisson
      */
-    public Poisson(String specie, Double length, Double weight, Double infestation){
-        this.specie = specie;
+    public Poisson(String id, Double length, Double weight, Double infestation){
+        this.id = id;
         this.length = length;
         this.weight = weight;
         this.infestation = infestation;
@@ -30,11 +30,11 @@ public class Poisson{
     }
 
     /**
-     * Getter de l'attribut specie
-     * @return La string de l'attribut specie
+     * Getter de l'attribut Id
+     * @return La string de l'attribut Id
      */
-    public String getSpecie() {
-        return specie;
+    public String getId() {
+        return id;
     }
 
     /**
@@ -61,13 +61,29 @@ public class Poisson{
         return infestation;
     }
 
+    /**
+     * Getter de l'attribut des parties de poisson.
+     * @return Le HashSet des parties de poisson.
+     */
+    public HashSet<PartiePoisson> getFishParts() {
+        return fishParts;
+    }
+
+    /**
+     * Setter de l'attribut des parties de poisson.
+     * @param fishParts Un hashset de parties de poisson.
+     */
+    public void setFishParts(HashSet<PartiePoisson> fishParts) {
+        this.fishParts = fishParts;
+    }
+
     /**
      * Permet d'afficher les informations de notre poisson
      * @return La string contenant les informations
      */
     @Override
     public String toString(){
-        String result = "[ %5s : %4d mm, %4d g, %4d taux d'infestation ]";
-        return String.format(result, this.getClass().getSimpleName(), this.getLength(), this.getWeight(), this.getInfestation());
+        String result = "[ %5s : %4f mm, %4f g, %4f taux d'infestation ]";
+        return String.format(result, this.getClass().getSimpleName(), this.getLength(), this.getWeight(), this.getInfestation() );
     }
 }

src/ecoparasite/population/Population.java

@@ -0,0 +1,118 @@
+package ecoparasite.population;
+
+import ecoparasite.input.DataParsing;
+import ecoparasite.input.InvalidParsingException;
+import ecoparasite.input.RawData;
+import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
+
+import java.util.HashMap;
+import java.util.HashSet;
+
+/**
+ * Permet de gérer une population selon les années.
+ */
+public class Population implements DataParsing {
+
+    /**
+     * Espèce de la population.
+     */
+    private String id;
+
+    /**
+     * Les informations de la population sur le total.
+     */
+    private PopulationArgs total;
+
+    /**
+     * Les informations de la population par année.
+     * Clé : Année, Valeur : Informations de la population.
+     */
+    private HashMap<Integer,PopulationArgs> perYear;
+
+    /**
+     * Constructeur.
+     * @param id Espèce
+     * @param total Les informations totales.
+     * @param perYear  Les informations par année.
+     */
+    public Population(String id, PopulationArgs total, HashMap<Integer,PopulationArgs> perYear) {
+        this.id = id;
+        this.total = total;
+        this.perYear = perYear;
+    }
+
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Pour les informations par année, crée une HashMap vide. Devra être rempli après coup.
+     * @param id Espèce de la population.
+     * @param total Les informations totales.
+     */
+    public Population(String id, PopulationArgs total) {
+        this.id = id;
+        this.total = total;
+        this.perYear = new HashMap<>();
+    }
+
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Pour les informations du total, sont remplacés par null.
+     * Pour les informations par année, crée une HashMap vide. Devra être rempli après coup.
+     * @param id Espèce de la population.
+     */
+    public Population(String id) {
+        this.id = id;
+        this.total = null;
+        this.perYear = new HashMap<>();
+    }
+
+    /*
+        GETTERS / SETTERS
+     */
+
+    public String getId() {
+        return id;
+    }
+
+    public PopulationArgs getTotal() {
+        return total;
+    }
+
+    public HashMap<Integer,PopulationArgs> getPerYear() {
+        return perYear;
+    }
+
+    public void setTotal(PopulationArgs total) {
+        this.total = total;
+    }
+
+    public void setPerYear(HashMap<Integer,PopulationArgs> perYear) {
+        this.perYear = perYear;
+    }
+
+    /**
+     * Raccourci vers les méthodes de DataParsing.
+     * @param data Notre objet RawData.
+     * @param parseTypeId L'ID de parsing.
+     * @return
+     */
+    public static HashSet<Population> parse(RawData data, int parseTypeId ) throws RawDataOverflow, InvalidParsingException {
+        switch (parseTypeId) {
+            case 1:
+                return PopulationParsing.parseParasitesPeru(data);
+            default:
+                throw new InvalidParsingException(parseTypeId, Population.class.getSimpleName() );
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Raccourci vers les méthodes de DataParsing.
+     * Va par défaut faire ceux des parasites du Perou.
+     *
+     * @param data Notre objet RawData.
+     * @return Notre tableau de populations.
+     */
+    public static  HashSet<Population> parse(RawData data){
+        return PopulationParsing.parseParasitesPeru(data);
+    }
+
+}

src/ecoparasite/population/PopulationArgInterval.java

@@ -0,0 +1,101 @@
+package ecoparasite.population;
+
+/**
+ * Classe qui permet de gérer un intervalle de données issues d'un CSV.
+ *
+ * Trois données : minimum, maximum et moyenne entre minimum et maximum.
+ */
+public class PopulationArgInterval {
+
+    /**
+     * Valeur minimale.
+     */
+    private Double min;
+
+    /**
+     * Valeur maximale.
+     */
+    private Double max;
+
+    /**
+     * Moyenne entre la valeur minimale et maximale.
+     */
+    private Double mean;
+
+    /**
+     * Constructeur. La moyenne doit être précisée.
+     * @param min Valeur minimale
+     * @param max Valeur maximale
+     * @param mean Moyenne
+     */
+    public PopulationArgInterval(Double min, Double max, Double mean) {
+        this.min = min;
+        this.max = max;
+        this.mean = mean;
+    }
+
+    /**
+     * Constructeur. La moyenne est calculé automatiquement.
+     * @param min Valeur minimale
+     * @param max Valeur maximale.
+     */
+    public PopulationArgInterval(Double min, Double max) {
+        this.min = min;
+        this.max = max;
+        this.mean = ( this.max + this.min ) / 2;
+    }
+
+    public Double getMin() {
+        return this.min;
+    }
+    public Double getMax() {
+        return this.max;
+    }
+    public Double getMean() {
+        return this.mean;
+    }
+
+    /**
+     * Permet de transformer un intervalle en double.
+     * Si le minimum est égal au maximum, cette valeur est retourné.
+     * Sinon la moyenne est retourné.
+     *
+     * @return La valeur transformée en Double.
+     */
+    public Double transformToDouble(){
+        if( this.min == this.max )
+            return this.min;
+        return this.mean;
+    }
+
+    /**
+     * Permet de transformer une String (Extraite d'un fichier CSV) et de la transformer en Intervalle.
+     * Gère les séparateurs +/- ainsi que l'entre deux. Sinon, elle sera juste convertie avec minimum = maximum.
+     *
+     * @param rawValue La valeur brute.
+     * @return La valeur en tant qu'intervalle.
+     */
+    public static PopulationArgInterval fromString( String rawValue ){
+
+        if( rawValue.contains( "±" ) ){ // Plus ou moins.
+
+            String[] numbers = rawValue.split("±");
+            Double mean = Double.parseDouble(numbers[0].trim());
+            Double interval = Double.parseDouble(numbers[1].trim());
+            return new PopulationArgInterval(mean - interval, mean + interval, mean);
+
+        } else if( rawValue.contains( "-" ) ){ // Entre.
+
+            String[] numbers = rawValue.split("-");
+            Double min = Double.parseDouble(numbers[0].trim());
+            Double max = Double.parseDouble(numbers[1].trim());
+            return new PopulationArgInterval(min, max);
+
+        } else {
+            Double number =  Double.parseDouble(rawValue);
+            return new PopulationArgInterval(number, number);
+        }
+
+    }
+
+}

src/ecoparasite/population/PopulationArgs.java

@@ -0,0 +1,174 @@
+package ecoparasite.population;
+
+/**
+ * Permet de stocker les paramètres d'une population pour une année spécifique.
+ * Par convention, si on est sur le total, on mettra comme année 0.
+ */
+public class PopulationArgs {
+
+    /**
+     * Année de référence pour ces paramètres.
+     */
+    private int year;
+
+    /**
+     * Le nombre d'individus analysés.
+     */
+    private int number;
+    private PopulationArgInterval length;
+    private PopulationArgInterval width;
+    private PopulationArgInterval prevalence;
+    private PopulationArgInterval ic;
+    private Double intensity;
+    private Double abondance;
+
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Toutes les données peuvent être préremplis dans ce constructeur sauf l'année.
+     * L'année sera par défaut à zéro.
+     *
+     * @param N
+     * @param length
+     * @param width
+     * @param prevalence
+     * @param ic
+     * @param intensity
+     * @param abondance
+     */
+    public PopulationArgs(
+            int N,
+            PopulationArgInterval length,
+            PopulationArgInterval width,
+            PopulationArgInterval prevalence,
+            PopulationArgInterval ic,
+            Double intensity,
+            Double abondance
+    ){
+        this.year = 0;
+        this.number = N;
+        this.length = length;
+        this.width = width;
+        this.prevalence = prevalence;
+        this.ic = ic;
+        this.intensity = intensity;
+        this.abondance = abondance;
+    }
+
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Toutes les données ainsi que l'année peuvent être préremplis.
+     *
+     * @param year
+     * @param N
+     * @param length
+     * @param width
+     * @param prevalence
+     * @param ic
+     * @param intensity
+     * @param abondance
+     */
+    public PopulationArgs(
+            int year,
+            int N,
+            PopulationArgInterval length,
+            PopulationArgInterval width,
+            PopulationArgInterval prevalence,
+            PopulationArgInterval ic,
+            Double intensity,
+            Double abondance
+    ){
+        this.year = year;
+        this.number = N;
+        this.length = length;
+        this.width = width;
+        this.prevalence = prevalence;
+        this.ic = ic;
+        this.intensity = intensity;
+        this.abondance = abondance;
+    }
+
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Permet de remplir tout d'abord l'année, les autres paramètres seront remplis par les setters.
+     *
+     * @param year
+     */
+    public PopulationArgs(
+            int year
+    ){
+        this.year = year;
+    }
+
+    /**
+     * Constructeur.
+     * Initialise l'objet avec une année par défaut (0).
+     */
+    public PopulationArgs(){
+        this.year = 0;
+    }
+
+    /*
+      GETTERS / SETTERS
+     */
+
+    public int getYear() {
+        return year;
+    }
+
+    public int getNumber() {
+        return number;
+    }
+
+    public PopulationArgInterval getLength() {
+        return length;
+    }
+
+    public PopulationArgInterval getWidth() {
+        return width;
+    }
+
+    public PopulationArgInterval getPrevalence() {
+        return prevalence;
+    }
+
+    public PopulationArgInterval getIc() {
+        return ic;
+    }
+
+    public Double getIntensity() {
+        return intensity;
+    }
+
+    public Double getAbondance() {
+        return abondance;
+    }
+
+    public void setNumber(int number) {
+        this.number = number;
+    }
+
+    public void setLength(PopulationArgInterval length) {
+        this.length = length;
+    }
+
+    public void setWidth(PopulationArgInterval width) {
+        this.width = width;
+    }
+
+    public void setPrevalence(PopulationArgInterval prevalence) {
+        this.prevalence = prevalence;
+    }
+
+    public void setIc(PopulationArgInterval ic) {
+        this.ic = ic;
+    }
+
+    public void setIntensity(Double intensity) {
+        this.intensity = intensity;
+    }
+
+    public void setAbondance(Double abondance) {
+        this.abondance = abondance;
+    }
+
+}

src/ecoparasite/population/PopulationParsing.java

@@ -0,0 +1,113 @@
+package ecoparasite.population;
+
+import ecoparasite.input.RawData;
+import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
+
+import java.util.HashMap;
+import java.util.HashSet;
+
+/**
+ * Permet de parser une population spécifique via les schémas fournis.
+ */
+public class PopulationParsing {
+
+    /**
+     * Permet, à partir d'un objet RawData, de parse les données tel que le fichier parasitesPeru est structuré.
+     *
+     * @param peruRawData
+     * @return Une liste des populations incluses.
+     */
+    public static HashSet<Population> parseParasitesPeru(RawData peruRawData ){
+
+        HashMap<String,Population> response = new HashMap<>();
+
+        int index = 1;
+        try {
+            while(true){ // Tant que l'on ne fait pas de débordements d'entrées.
+
+                HashMap<String,String> fields = peruRawData.getEntry(index);
+
+                String espece = fields.get("Espèce");
+                String parametre = fields.get("Paramètre");
+
+                // Récupère la population si elle existe déjà.
+                Population population = null;
+                if( response.containsKey( espece ) ){
+                    population = response.get(espece);
+                } else {
+                    population = new Population(espece);
+                    response.put(espece, population);
+                }
+
+                // Traiter le total
+                if( fields.containsKey( "Total" ) ){
+                    if( population.getTotal() == null ){
+                        population.setTotal( new PopulationArgs() );
+                    }
+                    PopulationParsing.applyValueForParasitesPeru( population.getTotal(), parametre, fields.get("Total") );
+                }
+
+                // Traiter les années.
+                for( String k:  fields.keySet() ){
+                    if( k.equals( "Total" ) || k.equals("Paramètre") || k.equals("Espèce") ) // Déjà traité. Pas des années.
+                        continue;
+
+                    Integer year = Integer.parseInt(k);
+
+                    PopulationArgs popArgsYear = null;
+                    if( !population.getPerYear().containsKey(year) ){
+                        popArgsYear = new PopulationArgs( year );
+                        population.getPerYear().put(year, popArgsYear);
+                    } else {
+                        popArgsYear = population.getPerYear().get(year);
+                    }
+
+                    PopulationParsing.applyValueForParasitesPeru( popArgsYear, parametre, fields.get(k) );
+                }
+
+                response.put( espece, population );
+                index++;
+            }
+        } catch (RawDataOverflow e){ // Débordement, on a atteint la fin de l'objet RawData.
+            // Stop.
+        }
+
+        return new HashSet<Population>( response.values() );
+    }
+
+    /**
+     * Permet d'appliquer la valeur au paramètre respectif en se basant sur le nom de la colonne.
+     *
+     * @param populationArgs Les paramètres de la population actuelle.
+     * @param column Le nom de la colonne dans le fichier CSV
+     * @param value La valeur a affecter
+     */
+    private static void applyValueForParasitesPeru( PopulationArgs populationArgs, String column, String value ){
+        switch( column ){
+            case "N":
+                populationArgs.setNumber(Integer.parseInt(value));
+                break;
+            case "Longueur moyenne ± SD (cm)":
+                populationArgs.setLength( PopulationArgInterval.fromString( value ) );
+                break;
+            case "Poids moyen ± SD (g)":
+                populationArgs.setWidth( PopulationArgInterval.fromString( value ) );
+                break;
+            case "Prévalence (%)":
+                populationArgs.setPrevalence( PopulationArgInterval.fromString( value ) );
+                break;
+            case "IC 95%":
+                populationArgs.setIc( PopulationArgInterval.fromString( value ) );
+                break;
+            case "Intensité moyenne (étendue)":
+                populationArgs.setIntensity( Double.parseDouble( value.split( " " )[0] ) );
+                break;
+            case "Abondance moyenne":
+                populationArgs.setAbondance( Double.parseDouble( value ) );
+                break;
+            default:
+                break;
+        }
+    }
+
+}

tests/ecoparasite/completion/CompletionTest.java

@@ -0,0 +1,28 @@
+package ecoparasite.completion;
+
+import ecoparasite.input.InputFactory;
+import ecoparasite.input.InputFileException;
+import ecoparasite.input.RawData;
+import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
+import ecoparasite.poisson.Mackerel;
+import ecoparasite.poisson.Poisson;
+import org.junit.jupiter.api.Test;
+
+import java.util.HashSet;
+
+import static org.junit.jupiter.api.Assertions.*;
+
+class CompletionTest {
+
+    @org.junit.jupiter.api.Test
+    void completePoisson() throws InputFileException, RawDataOverflow {
+
+        RawData test = InputFactory.readData("test.csv");
+
+        HashSet<Poisson> testp = Mackerel.parse(test);
+
+        testp = Completion.completePoisson(testp);
+
+        System.out.println(testp);
+    }
+}

tests/ecoparasite/input/InputFactoryTest.java

@@ -1,21 +1,36 @@
 package ecoparasite.input;
 
+import static ecoparasite.input.InputFactory.*;
+import static org.junit.jupiter.api.Assertions.assertArrayEquals;
+
+import ecoparasite.input.InputFactory;
+import ecoparasite.input.InputFileException;
+import ecoparasite.input.RawData;
 import org.junit.jupiter.api.Test;
 
-import java.io.IOException;
-
-import static org.junit.jupiter.api.Assertions.*;
-
 class InputFactoryTest {
 
-    // TODO : Test a être effectué par Sébastien.
-    @Test
-    void readFile() throws InputFileException, RawDataOverflow {
-        RawData r = InputFactory.readData( InputFactory.DATA_MACKEREL );
-        System.out.println( r );
-        System.out.println( r.getColumnsNames() );
-        System.out.println( r.getDataFromColumn( "Sample_codE" ) );
-        System.out.println( r.getEntry( 2 ) );
+    @org.junit.jupiter.api.Test
+    void buildDataPath() {
+
+        String d = "data/Campagne/mackerel.97442.csv";
+        String e = "data/Campagne/merlu2018_75164.csv";
+
+        assertArrayEquals(d.toCharArray(), InputFactory.buildDataPath("Campagne/mackerel.97442.csv").toCharArray());
+        assertArrayEquals(e.toCharArray(), InputFactory.buildDataPath("Campagne/merlu2018_75164.csv").toCharArray());
+
+    }
+
+    @org.junit.jupiter.api.Test
+    void readData() throws InputFileException {
+        RawData test = InputFactory.readData("test.csv");
+
+        System.out.println(test.getData());
+
+    }
+
+    @org.junit.jupiter.api.Test
+    void testReadData() {
     }
 
 }

tests/ecoparasite/input/RawDataTest.java

@@ -0,0 +1,42 @@
+package ecoparasite.input;
+
+import org.junit.jupiter.api.Test;
+
+import static org.junit.jupiter.api.Assertions.*;
+
+import java.util.HashSet;
+
+class RawDataTest {
+
+
+    @Test
+    void getColumnsNames() throws InputFileException {
+        RawData test = InputFactory.readData("test.csv");
+
+        HashSet<String> d = new HashSet<>();
+
+        for (int i = 0; i < test.getData().size(); i++){
+            d.add(test.getData().get(i).getFirst());
+        }
+
+        System.out.println(test.getColumnsNames());
+        System.out.println(d);
+
+        assertIterableEquals(test.getColumnsNames(),d);
+    }
+
+    @Test
+    void getDataFromColumn() throws InputFileException {
+        RawData test = InputFactory.readData("test.csv");
+
+        System.out.println(test.getDataFromColumn("Sample_code"));
+
+    }
+
+    @Test
+    void getEntry() throws InputFileException, RawDataOverflow {
+        RawData test = InputFactory.readData("test.csv");
+
+        System.out.println(test.getEntry(2));
+    }
+}

tests/ecoparasite/poisson/MackerelTest.java

@@ -0,0 +1,24 @@
+package ecoparasite.poisson;
+
+import ecoparasite.input.InputFactory;
+import ecoparasite.input.InputFileException;
+import ecoparasite.input.RawData;
+import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
+import org.junit.jupiter.api.Test;
+
+import java.util.HashSet;
+
+class MackerelTest {
+
+    @Test
+    void parse() throws InputFileException, RawDataOverflow {
+
+        RawData test = InputFactory.readData( InputFactory.DATA_MACKEREL );
+        HashSet<Poisson> fishs = Mackerel.parse( test );
+
+        for( Poisson poisson : fishs){
+            System.out.println(poisson);
+        }
+    }
+
+}

tests/ecoparasite/poisson/MerluTest.java

@@ -0,0 +1,26 @@
+package ecoparasite.poisson;
+
+import ecoparasite.input.InputFactory;
+import ecoparasite.input.InputFileException;
+import ecoparasite.input.RawData;
+import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
+import org.junit.jupiter.api.Test;
+
+import java.util.HashSet;
+
+import static org.junit.jupiter.api.Assertions.*;
+
+class MerluTest {
+
+    @Test
+    void parse() throws InputFileException, RawDataOverflow {
+
+        RawData test = InputFactory.readData( InputFactory.DATA_MERLU );
+        HashSet<Poisson> fishs = Merlu.parse( test );
+
+        for( Poisson poisson : fishs){
+            System.out.println(poisson);
+        }
+    }
+
+}

tests/ecoparasite/population/PopulationParsingTest.java

@@ -0,0 +1,23 @@
+package ecoparasite.population;
+
+import ecoparasite.input.InputFactory;
+import ecoparasite.input.InputFileException;
+import ecoparasite.input.RawData;
+import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
+import org.junit.jupiter.api.Test;
+
+import java.util.HashSet;
+
+import static org.junit.jupiter.api.Assertions.*;
+
+class PopulationParsingTest {
+
+    @Test
+    void parseParasitesPeru() throws InputFileException, RawDataOverflow {
+
+        RawData parasitesPeru = InputFactory.readData( InputFactory.DATA_PARASITES_PERU, "," );
+        HashSet<Population> populations = Population.parse( parasitesPeru );
+        System.out.println( populations);
+    }
+
+}