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UML/classes.puml

@@ -117,6 +117,12 @@ namespace ecoparasite {
         }
     }
 
+    namespace ecoparasite.completion {
+        class Completion {
+            + {static} completeColumnsMoyenne
+        }
+    }
+
     namespace ecoparasite.unknown {
 
         note top of ecoparasite.unknown : Ce paquet est temporaire pour des classes / interfaces qui devront avoir plus de déclinaisons.

data/test2.csv

@@ -0,0 +1,30 @@
+id,Especes,LT,Abdomen,Foie,Visceres,Autres,Total
+1,Serra Spanish mackerel,257,7,1,0,18,26
+2,Serra Spanish mackerel,252,263,5,0,356,624
+3,Serra Spanish mackerel,254,51,1,12,76,140
+4,Serra Spanish mackerel,242,158,6,0,222,386
+5,Serra Spanish mackerel,254,67,1,10,94,172
+6,Serra Spanish mackerel,251,140,1,0,159,300
+7,Serra Spanish mackerel,258,281,5,0,310,596
+8,Serra Spanish mackerel,250,113,2,6,153,274
+9,Serra Spanish mackerel,244,81,2,0,89,172
+10,Serra Spanish mackerel,244,,0,1,,247
+11,Serra Spanish mackerel,-200,23,0,0,25,48
+12,Serra Spanish mackerel,247,53,0,0,75,
+13,Serra Spanish mackerel,250,11,0,0,19,30
+14,Serra Spanish mackerel,264,72,7,0,105,184
+15,Serra Spanish mackerel,258,18,2,0,38,58
+16,Serra Spanish mackerel,268,3,0,2,7,12
+17,Serra Spanish mackerel,244,5,0,0,5,10
+18,Serra Spanish mackerel,236,18,0,0,22,40
+19,Serra Spanish mackerel,,46,0,0,64,110
+20,Serra Spanish mackerel,251,-5,0,0,162,268
+21,Serra Spanish mackerel,166,0,0,0,0,0
+22,Serra Spanish mackerel,166,1,0,0,1,2
+23,Serra Spanish mackerel,162,4,1,0,7,12
+24,Serra Spanish mackerel,169,0,0,0,0,0
+25,Serra Spanish mackerel,170,0,0,0,0,0
+26,Serra Spanish mackerel,176,0,0,,0,0
+27,Serra Spanish mackerel,165,4,0,0,6,10
+28,Serra Spanish mackerel,193,4,0,0,4,8
+29,Serra Spanish mackerel,165,1,0,0,1,2

data/test3.csv

@@ -0,0 +1,7 @@
+Espèce,zone,N,Prevalence,LT mm,Masse g
+Salmo salar,Atlantique Ouest,21,100,210,-3
+Clupea harengus,Atlantique Nord,10,80,150,200
+Merluccius,Atlantique Nord,5,90,750,
+Dicentrarchus labrax,Atlantique Nord,12,65,680,
+Scomber scombrus,Atlantique Nord,6,30,280,630
+Merluccius,Atlantique Nord,2,100,720,1720

data/testNettoie.csv

@@ -0,0 +1,112 @@
+Sample_code;Station;Latitude;Longitude;Depth;d13C_raw;d13C_corr;d15N;C_N;StandardLength;TrophicLevel;Anisakis_abdominalcavity;Anisakis_Liver;Anisakis_gonads;Anisakis_stomach;NParasitesViscera;Anisakis_Muscle_Right;Anisakis_Muscle_Left;Aniskis_Muscle_total;NParasitesTotal
+TRACTRA_S0575_A0439;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-20.09735065;-19.14374028;12.52361179;4.316778148;257;3.117572211;7;1;0;1;9;1;3;4;13
+TRACTRA_S0575_A0440;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-20.02738845;-19.42703789;12.25444555;3.959950061;252;3.038405671;263;5;0;21;289;12;11;23;312
+TRACTRA_S0575_A0441;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-19.82735569;-18.83090708;12.97020596;4.360049101;254;3.248923438;51;1;12;1;65;2;3;5;70
+TRACTRA_S0575_A0442;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-19.37802102;-18.26777864;13.43393806;4.4749923;242;3.385315231;158;6;0;1;165;9;19;28;193
+TRACTRA_S0575_A0443;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-18.20541518;-18.20541518;12.68793425;3.369189318;254;3.165902347;67;1;10;1;79;1;6;7;86
+TRACTRA_S0575_A0444;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-20.21559661;-18.91007641;12.62442312;4.672242625;251;3.147222601;140;1;0;0;141;3;6;9;150
+TRACTRA_S0575_A0445;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-19.43517323;-19.13886211;11.25439721;3.65283952;258;2.744273805;281;5;0;3;289;1;8;9;298
+TRACTRA_S0575_A0446;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-19.98304621;-19.35255493;11.69796704;3.990395229;250;2.87473552;113;2;6;5;126;2;9;11;137
+TRACTRA_S0575_A0447;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-19.4952816;-18.88631609;11.96007648;3.968652028;244;2.951826533;81;2;0;0;83;0;3;3;86
+TRACTRA_S0575_A0448;S0575;48.8692264;-4.3976635;96.84;-19.94560166;-19.34814395;11.90664648;3.957027986;244;2.936111826;182;0;1;4;187;10;20;30;217
+TRACTRA_S0577_A0454;S0577;49.2061879;-4.3343404;94.02;-19.0301808;-18.69065175;12.62744746;3.696493987;230;3.212854832;23;0;0;1;24;0;0;0;24
+TRACTRA_S0577_A0455;S0577;49.2061879;-4.3343404;94.02;-20.15942978;-19.22294902;12.21916159;4.299475509;247;3.092770753;53;0;0;1;54;4;6;10;64
+TRACTRA_S0577_A0456;S0577;49.2061879;-4.3343404;94.02;-21.11919287;-19.10756928;13.20207201;5.38547838;250;3.381862053;11;0;0;1;12;0;3;3;15
+TRACTRA_S0577_A0457;S0577;49.2061879;-4.3343404;94.02;-20.47770851;-19.25004326;11.60824496;4.593601258;264;2.913089392;72;7;0;3;82;3;7;10;92
+TRACTRA_S0577_A0458;S0577;49.2061879;-4.3343404;94.02;-18.80551346;-18.80551346;11.29371363;3.405172632;258;2.820580176;18;2;0;5;25;0;4;4;29
+TRACTRA_S0577_A0459;S0577;49.2061879;-4.3343404;94.02;-18.55424078;-18.55424078;11.99334422;3.368856741;268;3.02635388;3;0;2;0;5;0;1;1;6
+TRACTRA_S0577_A0460;S0577;49.2061879;-4.3343404;94.02;-20.65507746;-18.90565571;12.2504131;5.120628022;244;3.101962374;5;0;0;0;5;0;0;0;5
+TRACTRA_S0577_A0461;S0577;49.2061879;-4.3343404;94.02;-20.2747196;-19.30665873;13.06496861;4.331374612;236;3.341537523;18;0;0;0;18;1;1;2;20
+TRACTRA_S0577_A0462;S0577;49.2061879;-4.3343404;94.02;-20.4373078;-19.16897407;12.28972952;4.634680534;258;3.113526026;46;0;0;0;46;0;9;9;55
+TRACTRA_S0577_A0463;S0577;49.2061879;-4.3343404;94.02;-19.45685166;-19.11472538;12.60426085;3.699117451;251;3.206035242;106;0;0;3;109;6;19;25;134
+TRACTRA_S0754_A0805;S0754;49.6547785;-0.1474217;37.3;-17.83990445;-17.83990445;13.08890102;3.215085281;166;3.453596065;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0754_A0806;S0754;49.6547785;-0.1474217;37.3;-20.15486746;-18.67023918;12.91860136;4.853159877;166;3.403507929;1;0;0;0;1;0;0;0;1
+TRACTRA_S0754_A0807;S0754;49.6547785;-0.1474217;37.3;-18.26558775;-18.26558775;12.73923249;3.355335311;162;3.350752377;4;1;0;1;6;0;0;0;6
+TRACTRA_S0754_A0808;S0754;49.6547785;-0.1474217;37.3;-18.30726304;-18.09681562;13.04657803;3.566108505;169;3.441148126;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0754_A0809;S0754;49.6547785;-0.1474217;37.3;-17.48070316;-17.48070316;13.28439294;3.361704857;170;3.511093688;0;0;0;0;0;0;0;0;151
+TRACTRA_S0754_A0810;S0754;49.6547785;-0.1474217;37.3;-17.78334513;-17.78334513;13.07882412;3.489125859;176;3.45063227;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0754_A0811;S0754;49.6547785;-0.1474217;37.3;-18.28047178;-18.12027726;12.87224761;3.515348002;165;3.389874472;4;0;0;0;4;1;0;1;5
+TRACTRA_S0754_A0812;S0754;49.6547785;-0.1474217;37.3;-20.27989332;-18.492208;13.65522298;5.159278103;193;3.620161346;4;0;0;0;4;0;0;0;4
+TRACTRA_S0754_A0813;S0754;49.6547785;-0.1474217;37.3;-18.35389967;-18.35389967;12.72814789;3.262758686;165;3.347492203;1;0;0;0;1;0;0;0;1
+TRACTRA_S0754_A0814;S0754;49.6547785;-0.1474217;37.3;-18.87880984;-18.22558141;13.21587;4.013362047;166;3.490939882;1;0;0;2;3;0;0;0;3
+TRACTRA_S0613_A0725;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-20.02823743;-19.77660999;13.31184525;3.607704481;108;3.386206548;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0613_A0726;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-19.51899808;-19.51899808;13.58432266;3.286796067;109;3.466346962;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0613_A0727;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-20.25818465;-19.92813931;13.27363809;3.686914482;112;3.374969147;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0613_A0728;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-19.89105861;-19.61530935;13.69693325;3.632069961;110;3.499467723;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0613_A0729;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-20.56708371;-20.05444437;13.52500101;3.871352865;105;3.448899418;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0613_A0730;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-19.84072681;-19.65364002;13.56220272;3.542511911;102;3.459841098;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0613_A0731;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-19.40353102;-19.40353102;13.7894348;3.4531337;112;3.526674063;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0613_A0732;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-19.72032526;-19.72032526;13.78440755;3.440747909;108;3.525195458;0;0;0;1;1;0;0;0;1
+TRACTRA_S0613_A0733;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-20.51675191;-20.25700129;13.69190599;3.615909722;108;3.497989118;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0613_A0734;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-19.85158269;-19.85158269;13.74821128;3.427824163;105;3.514549498;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0613_A0735;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-19.52985396;-18.77319749;12.19277752;4.117834812;155;3.057068981;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0613_A0736;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-18.71566314;-18.30038536;12.72566692;3.773007861;151;3.213801156;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0613_A0737;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-18.55578567;-18.55578567;12.52055477;3.488579888;148;3.153474054;1;0;0;0;1;0;0;0;1
+TRACTRA_S0613_A0738;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-18.64559339;-18.23789283;12.46525493;3.765354093;159;3.137209395;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0613_A0739;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-18.41367237;-18.41367237;12.2078593;3.420834314;152;3.061504797;0;0;0;1;1;0;0;0;1
+TRACTRA_S0613_A0740;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-19.79532951;-18.68335824;12.39487331;4.476738651;152;3.116508919;2;0;0;0;2;0;0;0;2
+TRACTRA_S0613_A0741;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-19.33543506;-18.69166914;12.3576716;4.003803955;168;3.105567239;1;0;0;0;1;0;0;0;1
+TRACTRA_S0613_A0742;S0613;49.6962144;-3.7446409;77.61;-18.99002077;-18.43223945;12.39386786;3.916950835;155;3.116213198;0;0;0;0;0;0;0;0;0
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+TRACTRA_S0648_A0761;S0648;50.1032755;-2.8780274;65.63;-18.58509829;-18.15123475;12.93673979;3.791781348;158;3.282605629;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0648_A0762;S0648;50.1032755;-2.8780274;65.63;-19.22411937;-18.51036414;13.00526273;4.074500229;156;3.302759436;0;0;0;0;0;0;0;0;0
+TRACTRA_S0648_A0763;S0648;50.1032755;-2.8780274;65.63;-20.13006074;-17.89104792;12.99518582;5.615164463;152;3.299795641;0;0;0;0;0;0;0;0;50000
+TRACTRA_S0648_A0764;S0648;50.1032755;-2.8780274;65.63;-17.69007187;-17.69007187;12.89139372;3.154829903;144;3.269268552;21;0;0;0;21;0;0;0;21

src/ecoparasite/completion/Completion.java

@@ -1,35 +1,67 @@
 package ecoparasite.completion;
 
+import ecoparasite.input.InputFactory;
+import ecoparasite.input.InputFileException;
+import ecoparasite.input.RawData;
+import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
+import ecoparasite.poisson.Mackerel;
 import ecoparasite.poisson.Poisson;
 
 import java.util.HashSet;
+import java.util.concurrent.Callable;
+import java.util.function.*;
 
+/**
+ * Permet de faire de la complétion de données.
+ * Si une valeur est manquante, elle sera remplacé par la moyenne ou par regression linéaire.
+ */
 public class Completion {
 
-    public static HashSet<Poisson> completePoisson(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+    /**
+     * Permet de remplacer les valeurs inexistantes d'un paramètre d'un HashSet par la moyenne des autres valeurs (non nulles).
+     * Exemple d'utilisation : T = Poisson, V = Double, getValue = Poisson::getInfestation, setValue = Poisson::setInfestation.
+     *
+     * @param list La liste de données cobaye.
+     * @param getValue La fonction (Getter) qui permet d'obtenir la valeur que l'on veut vérifier
+     * @param setValue La fonction (Setter) qui permet de remplacer la valeur si null.
+     * @return Le HashSet avec les valeurs remplacés.
+     * @param <T> Le type de données cobaye. Exemple : Poisson, Population
+     * @param <V> Le type de la donnée à vérifier, doit être un Wrapper Number. Exemple : Double.
+     */
+    public static <T,V extends Number> HashSet<T> completeColumnsMoyenne(HashSet<T> list, Function<T,V> getValue, BiConsumer<T,V> setValue ){
 
-        double mean = mean(tablePoisson);
+        Double mean = calculateMean(list, getValue);
-
+        for(T item : list){
-        for (Poisson p : tablePoisson) {
+            if( getValue.apply(item) == null ){
-
+                setValue.accept( item, (V) mean);
-            if ( p.getInfestation().isNaN() ) {
-                p.setInfestation(mean);
             }
         }
 
-        return tablePoisson;
+        return list;
     }
 
-    private static double mean(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+    /**
+     * Permet de calculer la moyenne d'une donnée des valeurs non nulles.
+     * @param list La liste de données cobaye.
+     * @param getValue La fonction qui permet d'obtenir la valeur de notre champ.
+     * @return La moyenne calculé.
+     * @param <T> Le type de données cobaye/ Exemple : Poisson
+     * @param <V> Le type de la donnée à vérifier, doit être un wrapper Number. Exemple : Double.
+     */
+    public static <T,V extends Number> double calculateMean(HashSet<T> list, Function<T,V> getValue ){
 
         double mean = 0.0;
+        int i = 0;
 
-        for (Poisson p : tablePoisson){
+        for( T item : list ){
-            mean += p.getInfestation();
+            V value = getValue.apply(item);
+            if( value != null) {
+                mean += value.doubleValue();
+                i++;
+            }
         }
 
-        return mean / tablePoisson.size();
+        return mean / i;
     }
 
-
 }

src/ecoparasite/nettoyage/Nettoyage.java

@@ -1,62 +1,93 @@
 package ecoparasite.nettoyage;
 
+import ecoparasite.completion.Completion;
 import ecoparasite.poisson.Poisson;
 
+import java.util.ArrayList;
+import java.util.Collections;
 import java.util.HashSet;
+import java.util.function.BiConsumer;
+import java.util.function.Function;
 
+/**
+ * Class Définissant les méthodes statics de Nettoyage des données
+ */
 public class Nettoyage {
 
     /**
-     *
+     * Methode Static de nettoyage des valeurs abérrante et absurde
-     * @param tablePoisson
+     * @param tablePoisson Un Hashset de Poisson contenant nos données
-     * @return
+     * @return Le Hashset de Poisson une fois qu'il est nettoyé
      */
-    public static HashSet<Poisson> nettoiePoisson(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+    public static HashSet<Poisson> nettoiePoissonMean(HashSet<Poisson> tablePoisson){
 
-        double mean = mean(tablePoisson); //Moyenne
+        Double mean = Completion.calculateMean(tablePoisson,Poisson::getInfestation); //Moyenne
-        double ecart = ecartType(tablePoisson); // Ecart Type
 
-        double z = 0;
+        ArrayList<Double> infest = new ArrayList<>();
+        for (Poisson p : tablePoisson) {
+            if (p.getInfestation() != null){ //Test des valeurs null pour les Tests Unitaires. Je ne devrais pas en avoir.
+                infest.add(p.getInfestation());
+            }
+        }
+
+        Collections.sort(infest);
+
+        int quartIndex = infest.size()/4;
+        Double firstQuart = infest.get(quartIndex);
+        Double thirdQuart = infest.get(quartIndex *3);
+        Double IQR =  thirdQuart - firstQuart;
 
         for (Poisson p : tablePoisson) {
-            z = ( p.getInfestation() - mean ) / ecart;
 
-            if ( z >= 3 ) {
+            if (p.getInfestation() == null) {
+                p.setInfestation(mean); //Fonction codé en dur pour éviter des problèmes dans les Tests Unitaires : Completion devrais etre fait et valeur null ne devrait pas exister
+            }
+            else {
+                if (p.getInfestation() < firstQuart - (IQR * 1.5) || p.getInfestation() > thirdQuart + (IQR * 1.5)) {
                     p.setInfestation(mean);
                 }
             }
+        }
 
         return tablePoisson;
     }
 
-    private static double mean(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+    /**
+     * Permet de remplacer les valeurs inexistantes d'un paramètre d'un HashSet par la moyenne des autres valeurs (non nulles).
+     * Exemple d'utilisation : T = Poisson, V = Double, getValue = Poisson::getInfestation, setValue = Poisson::setInfestation.
+     *
+     * @param list La liste de données cobaye.
+     * @param getValue La fonction (Getter) qui permet d'obtenir la valeur que l'on veut vérifier
+     * @param setValue La fonction (Setter) qui permet de remplacer la valeur si null.
+     * @return Le HashSet avec les valeurs remplacés.
+     * @param <T> Le type de données cobaye. Exemple : Poisson, Population
+     * @param <V> Le type de la donnée à vérifier, doit être un Wrapper Number. Exemple : Double.
+     */
+    public static <T,V extends Number> HashSet<T> nettoieColumnsMoyenne(HashSet<T> list, Function<T,V> getValue, BiConsumer<T,V> setValue ){
 
-        double mean = 0.0;
+        Double mean = Completion.calculateMean(list, getValue);
 
-        for (Poisson p : tablePoisson){
+        ArrayList<Double> array = new ArrayList<>();
-            mean += p.getInfestation();
+        for ( T item : list) {
+            if (getValue.apply(item)!= null){ //Test des valeurs null pour les Tests Unitaires. Je ne devrais pas en avoir.
+                array.add(getValue.apply(item));
+            }
         }
 
-        return mean / tablePoisson.size();
+        Collections.sort(array);
+
+        int quartIndex = array.size()/4;
+        Double firstQuart = array.get(quartIndex);
+        Double thirdQuart = array.get(quartIndex *3);
+        Double IQR =  thirdQuart - firstQuart;
+
+        for(T item : list){
+            if( getValue.apply(item) < firstQuart - (IQR * 1.5) || getValue.apply(item) > thirdQuart + (IQR * 1.5)){
+                setValue.accept( item, (V) mean);
+            }
         }
 
-    private static double variance(HashSet<Poisson> tablePoisson){
+        return list;
-
-        double vari = 0.0;
-        double mean = mean(tablePoisson);
-
-        for (Poisson p : tablePoisson) {
-            vari += Math.pow( (p.getInfestation() - mean), 2);
-        }
-
-        return vari / tablePoisson.size();
-    }
-
-    private static double ecartType(HashSet<Poisson> tablePoisson){
-
-        double vari = variance(tablePoisson);
-
-        return Math.sqrt(vari);
     }
 
 

src/ecoparasite/poisson/Mackerel.java

@@ -7,6 +7,7 @@ import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
 
 import java.util.HashMap;
 import java.util.HashSet;
+import java.util.Objects;
 
 import static java.lang.Double.valueOf;
 
@@ -54,7 +55,12 @@ public class Mackerel extends Poisson implements DataParsing {
 
         for (int i = 0; i < data.getData().getFirst().size(); i++) {
             temp = data.getEntry(i);
-            Poisson newP = new Mackerel(temp.get("Sample_code"),valueOf(temp.get("StandardLength")),valueOf(temp.get("NParasitesViscera")));
+
+            String id = !Objects.equals(temp.get("Sample_code"), "") ? temp.get("Sample_code") : null;
+            Double size = !Objects.equals(temp.get("StandardLength"), "") ? valueOf(temp.get("StandardLength")) : null;
+            Double infes = !Objects.equals(temp.get("NParasitesTotal"), "") ? valueOf(temp.get("NParasitesTotal")) : null;
+
+            Poisson newP = new Mackerel(id,size,infes);
             newP.setFishParts( Mackerel.parsePartiePoisson(temp) );
             fishSet.add(newP);
         }
@@ -63,6 +69,11 @@ public class Mackerel extends Poisson implements DataParsing {
         return fishSet;
     }
 
+    /**
+     *
+     * @param entry
+     * @return
+     */
     private static HashSet<PartiePoisson> parsePartiePoisson(HashMap<String,String> entry){
 
         HashSet<PartiePoisson> response = new HashSet<>();
@@ -70,7 +81,7 @@ public class Mackerel extends Poisson implements DataParsing {
         for( String k: entry.keySet() ){
             if( k.contains( "Anisakis_" ) ){
                 String bodyPart = k.split( "Anisakis_" )[1];
-                Double value = valueOf(entry.get(k));
+                Double value = !Objects.equals(entry.get(k), "") ? valueOf(entry.get(k)) : null;
                 PartiePoisson p = new PartiePoisson(bodyPart, value);
                 response.add(p);
             }

src/ecoparasite/poisson/MackerelSerra.java

@@ -0,0 +1,91 @@
+package ecoparasite.poisson;
+
+import ecoparasite.input.DataParsing;
+import ecoparasite.input.InvalidParsingException;
+import ecoparasite.input.RawData;
+import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
+
+import java.util.HashMap;
+import java.util.HashSet;
+import java.util.Objects;
+
+import static java.lang.Double.valueOf;
+
+public class MackerelSerra extends Poisson implements DataParsing {
+
+    /**
+     * Constructeur de MackerelSerra
+     * @param length
+     * @param infestation
+     */
+    public MackerelSerra(String id, Double length, Double infestation) {
+        super(id, length, null, infestation);
+    }
+
+    /**
+     * Implémentation de la fonction parse de DataParsing.
+     * Renvoie un tableau de poissons à partir d'un RawData.
+     *
+     * @param data Notre RawData
+     * @param parseTypeId L'ID du type de parsing, ignoré ici.
+     * @return Le tableau de poissons.
+     * @throws RawDataOverflow Si on a un dépassement de données dans notre RawData.
+     * @throws InvalidParsingException
+     */
+    public static HashSet<Poisson> parse(RawData data, int parseTypeId) throws RawDataOverflow, InvalidParsingException {
+        return MackerelSerra.parse(data);
+    }
+
+    /**
+     * Implémentation de la fonction parse de Dataparsing
+     * @param data Notre RawData.
+     * @return tableau des poissons
+     * @throws RawDataOverflow Si on a un dépassement de données dans notre RawDataOverflow.
+     */
+    public static HashSet<Poisson> parse(RawData data) throws RawDataOverflow {
+
+        HashMap<String,String> temp = new HashMap<>();
+
+        HashSet<Poisson> fishSet;
+        fishSet = new HashSet<>();
+
+        for (int i = 0; i < data.getData().getFirst().size(); i++) {
+
+            temp = data.getEntry(i);
+
+            String id = !Objects.equals(temp.get("id"), "") ? (temp.get("id")) : null;
+            Double size = !Objects.equals(temp.get("LT"), "") ? valueOf(temp.get("LT")) : null;
+            Double infes = !Objects.equals(temp.get("Total"), "") ? valueOf(temp.get("Total")) : null;
+
+            Poisson newP = new MackerelSerra(id,size,infes);
+            newP.setFishParts( MackerelSerra.parsePartiePoisson(temp) );
+            fishSet.add(newP);
+        }
+
+
+        return fishSet;
+    }
+
+    /**
+     *
+     * @param entry
+     * @return
+     */
+    private static HashSet<PartiePoisson> parsePartiePoisson(HashMap<String,String> entry){
+
+        HashSet<PartiePoisson> response = new HashSet<>();
+
+
+        for( String k: entry.keySet() ){
+            if( k.contains("Foie") || k.contains("Abdomen") || k.contains("Visceres") || k.contains("Autres")){
+                String bodyPart = k;
+                Double value = !Objects.equals(entry.get(k), "") ? valueOf(entry.get(k)) : null;
+                PartiePoisson p = new PartiePoisson(bodyPart, value);
+                response.add(p);
+            }
+        }
+
+        return response;
+    }
+
+}

tests/ecoparasite/completion/CompletionTest.java

@@ -9,20 +9,26 @@ import ecoparasite.poisson.Poisson;
 import org.junit.jupiter.api.Test;
 
 import java.util.HashSet;
+import java.util.function.BiConsumer;
+import java.util.function.Function;
 
 import static org.junit.jupiter.api.Assertions.*;
 
 class CompletionTest {
 
     @org.junit.jupiter.api.Test
-    void completePoisson() throws InputFileException, RawDataOverflow {
+    void completePoissonMean() throws InputFileException, RawDataOverflow {
 
-        RawData test = InputFactory.readData("test.csv");
+        RawData test = InputFactory.readData("testComplete.csv");
 
         HashSet<Poisson> testp = Mackerel.parse(test);
 
-        testp = Completion.completePoisson(testp);
+        System.out.println(testp);
 
+        Function<Poisson,Double> getInfes = Poisson::getInfestation;
+        BiConsumer<Poisson,Double> setInfes = Poisson::setInfestation;
+
+        testp = Completion.completeColumnsMoyenne(testp,getInfes,setInfes);
         System.out.println(testp);
     }
 }

tests/ecoparasite/input/InputFactoryTest.java

@@ -23,7 +23,7 @@ class InputFactoryTest {
 
     @org.junit.jupiter.api.Test
     void readData() throws InputFileException {
-        RawData test = InputFactory.readData("test.csv");
+        RawData test = InputFactory.readData("testComplete.csv");
 
         System.out.println(test.getData());
 

tests/ecoparasite/input/RawDataTest.java

@@ -11,7 +11,7 @@ class RawDataTest {
 
     @Test
     void getColumnsNames() throws InputFileException {
-        RawData test = InputFactory.readData("test.csv");
+        RawData test = InputFactory.readData("testComplete.csv");
 
         HashSet<String> d = new HashSet<>();
 
@@ -27,7 +27,7 @@ class RawDataTest {
 
     @Test
     void getDataFromColumn() throws InputFileException {
-        RawData test = InputFactory.readData("test.csv");
+        RawData test = InputFactory.readData("testComplete.csv");
 
         System.out.println(test.getDataFromColumn("Sample_code"));
 
@@ -35,7 +35,7 @@ class RawDataTest {
 
     @Test
     void getEntry() throws InputFileException, RawDataOverflow {
-        RawData test = InputFactory.readData("test.csv");
+        RawData test = InputFactory.readData("testComplete.csv");
 
         System.out.println(test.getEntry(2));
     }

tests/ecoparasite/nettoyage/NettoyageTest.java

@@ -0,0 +1,31 @@
+package ecoparasite.nettoyage;
+
+import ecoparasite.completion.Completion;
+import ecoparasite.input.InputFactory;
+import ecoparasite.input.InputFileException;
+import ecoparasite.input.RawData;
+import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
+import ecoparasite.poisson.Mackerel;
+import ecoparasite.poisson.MackerelSerra;
+import ecoparasite.poisson.Poisson;
+import org.junit.jupiter.api.Test;
+
+import java.util.HashSet;
+
+class NettoyageTest {
+
+    @org.junit.jupiter.api.Test
+    void nettoiePoissonMean() throws InputFileException, RawDataOverflow {
+
+        RawData test = InputFactory.readData("test2.csv", ",");
+
+        HashSet<Poisson> testp = MackerelSerra.parse(test);
+
+        System.out.println(testp);
+
+        testp = Nettoyage.nettoiePoissonMean(testp);
+
+        System.out.println(testp);
+    }
+
+}

tests/ecoparasite/poisson/MackerelSerraTest.java

@@ -0,0 +1,25 @@
+package ecoparasite.poisson;
+
+import ecoparasite.input.InputFactory;
+import ecoparasite.input.InputFileException;
+import ecoparasite.input.RawData;
+import ecoparasite.input.RawDataOverflow;
+import org.junit.jupiter.api.Test;
+
+import java.util.HashSet;
+
+import static org.junit.jupiter.api.Assertions.*;
+
+class MackerelSerraTest {
+
+    @Test
+    void parse() throws InputFileException, RawDataOverflow {
+
+        RawData test = InputFactory.readData( "test2.csv" , ",");
+        HashSet<Poisson> fishs = MackerelSerra.parse( test );
+
+        for( Poisson poisson : fishs){
+            System.out.println(poisson);
+        }
+    }
+}